Genetic Regulation of Fluxes: Iron Homeostasis of Escherichia coli
铁是大多数生物体必需的微量元素。然而，由于高浓度的游离细胞内铁是细胞毒性的，细胞已经形成了复杂的调控网络，其将游离细胞内铁浓度保持在最佳范围，允许金属掺入到利用铁的酶中并使对细胞的损伤最小化。我们建立了一个数学模型的网络，控制铁的吸收和使用的细菌大肠杆菌，探索铁流动的动力学。我们模拟细胞外铁水平突然降低或升高对细胞内铁分布的影响。基于模拟结果，我们讨论了小RNA RyhB和Fe-S簇组装系统在最佳铁流再分配中的可能作用。我们认为，Fe-S簇组装是至关重要的，以防止积累的毒性水平的游离细胞内铁时，环境突然变得富含铁。
2006-09-26 q-bio.MN
Cell responses only partially shape cell-to-cell variations in protein abundances in Escherichia coli chemotaxis
克隆细胞群中蛋白质丰度的细胞间差异在生命系统中普遍存在。由于蛋白质组成决定了单个细胞的反应，因此这些变化本身受到选择压力的影响是理所当然的。但是这些细胞间差异的功能作用还没有得到很好的理解。解决形式和功能之间关系的一种方法是扰动形式（例如，改变蛋白质丰度）并观察某些功能的变化。在这里，我们采取的形式功能关系从相反的角度来看，而不是问什么特定的限制细胞间的蛋白质丰度的变化是由一个给定的功能表型。我们开发了一种基于最大熵（MaxEnt）的方法来提出这种类型的问题，并通过应用于大肠杆菌（E。coli）。我们发现，观察到的蛋白质丰度的细胞间变化的完全确定不是趋化性本身所固有的，但事实上似乎是由趋化性程序与其他因素联合施加的，例如，蛋白质合成机制和/或额外的非趋化性细胞功能如细胞代谢。这些结果说明了MaxEnt作为生物形式和功能之间关系的调查工具的力量。
2013-10-29 cond-mat.stat-mech q-bio.CB q-bio.MN
Boolean models of the transport, synthesis, and metabolism of tryptophan in Escherichia Coli
色氨酸（trp）操纵子在E.大肠杆菌编码负责从谷氨酸合成氨基酸色氨酸的蛋白质，并且自20世纪60年代发现以来一直是研究最充分的基因网络之一。在质量作用动力学的假设下，用延迟微分方程分别对转运和代谢所需的蛋白质进行了建模。最近的工作为tna操纵子的行为提供了强有力的证据。（Orozco，2019）的作者确定了色氨酸的中等范围，其中系统具有两个稳定的稳态，他们通过实验重现了这些稳态。在本文中，我们将展示如何布尔模型可以捕捉这种双稳态。我们还将开发和分析一个布尔模型的色氨酸操纵子。最后，我们将结合这两个创建一个单一的布尔模型的运输，合成和代谢的色氨酸。在这个混合模型中，双稳态消失了，大概反映了色氨酸操纵子产生色氨酸并驱动系统趋向稳态的能力。所有这些模型都有更长的吸引子，我们称之为“同步工件”，它们在异步自动机中消失。这与最近E.大肠杆菌，我们讨论了一些开放式的问题，沿着这些路线出现。
2022-02-22 q-bio.MN
Model of Transcriptional Activation by MarA in Escherichia coli
我们已经开发了一个数学模型的转录激活的MarA在大肠杆菌中，并使用该模型来分析测量的marRAB，sodA，micF启动子在mar-rob-细胞中的MarA依赖的活性。该模型合理化一个意想不到的穷人之间的相关性中点的体内启动子活性曲线和体外平衡常数MarA结合启动子序列。使用该模型分析启动子活性数据，得到关于激活机制的以下预测：（1）marRAB、sodA和micF启动子的MarA激活涉及RNA聚合酶结合后转换动力学的净加速，直至并包括启动子逃逸和信息延伸;（2）RNA聚合酶在没有MarA的情况下几乎以单位占有率与这些启动子结合，使得聚合酶的募集在这些启动子的激活中是不重要的因素;和（3）micF启动子的激活可能涉及聚合酶的排斥和聚合酶活性动力学的大幅加速，而不是募集。这些预测与已发表的聚合酶和大肠杆菌之间相互作用的染色质免疫沉淀试验一致。coli染色体。转录激活中缺乏募集代表了教科书中对细菌0 -70启动子激活的描述的例外。然而，使用加速聚合酶动力学而不是募集可能赋予E.大肠杆菌中通过减少基因调控的潜伏期。
2009-02-05 q-bio.MN
Patterns of subnet usage reveal distinct scales of regulation in the transcriptional regulatory network of Escherichia coli
由转录因子介导的基因间的调控相互作用形成了物种的转录调控网络（TRN）。通过将该网络与测量的基因表达数据进行比较，可以识别TRN的功能特性并获得对转录控制的一般了解。我们定义一个节点的子网为子图，由该节点拓扑下游的所有节点组成，包括它自己。利用大肠杆菌的大量微阵列表达数据，我们发现不同大肠杆菌中的基因表达在响应环境变化和基因型突变时表现出结构化的模式。表达模式变化较小的亚群具有较高比例的前馈环基序和较低比例的小RNA靶标。我们的研究表明，TRN由几个规模的调节组织：1）与更多的不同的基因表达控制的转录因子和转录后RNA调控，和2）与较少的变化基因表达有更多的前馈环和较少的转录后RNA调控的TRN。
2010-05-24 q-bio.MN
Metabolite essentiality elucidates robustness of Escherichia coli metabolism
复杂的生物系统在组织的各个层面上对遗传和环境的变化都非常强大。大肠杆菌代谢的许多生物学功能可以通过使用冗余或替代途径来抵抗单基因甚至多基因突变。因此，只有有限数量的基因被鉴定为对细胞是致命的。在这方面，以反应为中心的基因缺失研究在理解代谢稳健性方面具有局限性。在这里，我们报告使用通量总和，这是一个特定的代谢物周围的所有传入或传出通量在伪稳态条件下的总和，作为一个很好的保守属性，阐明这种鲁棒性的E。从代谢物的角度来看。的功能行为，以及对细胞生存至关重要的代谢产物的结构和进化特性，通过基于约束的通量分析扰动条件下进行了研究。必需代谢物能够保持稳定的通量总和，即使对严重的扰动，积极重新分配相关的通量。发现破坏通量和维持抑制细胞生长。这种分析代谢物必要性的方法提供了对细胞稳健性和伴随的脆弱性的深入了解，其可用于多种应用，包括用于治疗病原体的新药的开发。
2007-08-14 physics.bio-ph q-bio.MN q-bio.QM
UV-induced mutagenesis in Escherichia coli SOS response: A quantitative model
大肠杆菌通过一系列被称为SOS反应的高度协调的事件来响应DNA损伤，SOS反应受转录因子、蛋白质-蛋白质结合和活性蛋白质降解的调节。我们提出了一个动态模型的紫外线诱导的SOS响应，纳入诱变的易错聚合酶，Pol V。在我们的模型中，诱变取决于两个关键过程的组合：损伤计数的复制叉和长期记忆与积累的UmuD '。总之，这些提供了一个严格的调控诱变结果，我们显示，在一个“数字”的打开和关闭的Pol V。我们的模型提供了一个紧凑的视图的拓扑结构和SOS网络的设计，精确定位的特定功能的作用，每个监管过程。特别地，我们认为最近观察到的SOS调节子中启动子活性的第二个峰（Friedman等人，2005，PLoS Biol.3，e238）是从Pol V到RecA细丝的正反馈的结果。
2007-01-06 cond-mat.other q-bio.MN
Global organization of metabolic fluxes in the bacterium, Escherichia coli
细胞代谢是成千上万种代谢底物通过酶催化的生化反应相互转化的过程，是研究最多的复杂的细胞间分子相互作用网络。虽然个体反应到代谢网络的拓扑组织越来越好地理解，在不同的生长条件下，它们的全局功能利用的原则提出了许多悬而未决的问题。我们实现了一个通量平衡分析的E。大肠杆菌MG 1655代谢，发现网络利用是高度不均匀的：虽然大多数代谢反应有小通量，代谢的活动是由几个反应具有非常高的通量占主导地位。E.大肠杆菌通过重组主要在该高通量主干内的选择通量的速率来响应生长条件的变化。所确定的行为可能代表了所有细胞中代谢活动的普遍特征，对代谢工程具有潜在的影响。
2004-02-28 cond-mat.dis-nn q-bio.CB q-bio.MN
Synchrony in a Boolean network model of the L-arabinose operon in Escherichia coli
大肠杆菌中的乳糖操纵子是第一个已知的基因调控网络，并且它经常被用作新建模范例的原型。从历史上看，许多这些建模框架使用微分方程。最近，Stigler和Veliz-Cuba提出了一个布尔网络模型，该模型捕捉了系统的双稳态和所有生物稳态。在本文中，我们模拟了著名的阿拉伯糖操纵子在E。一个布尔网络。这有几个复杂的功能，没有发现在乳糖操纵子，如蛋白质，既是一个激活剂和阻遏物，DNA循环机制的基因阻遏，和缺乏诱导剂排除葡萄糖。对于12个初始条件中的11个，我们使用计算代数和Sage来验证状态空间包含一个与生物学正确匹配的固定点。最终的初始条件，中等水平的阿拉伯糖和无葡萄糖，成功地预测系统的双稳态。最后，我们比较了同步更新和异步更新下的状态空间，发现前者有几个人工循环，在一般的异步更新下消失。
2016-11-08 math.AG math.DS q-bio.MN
Dispensability of Escherichia coli's latent pathways
在单细胞生物体上进行的基因敲除实验已经确定，对于最佳生长，不需要表达相当大一部分基因。这个问题获得了一个新的层面，最近发现，环境和遗传扰动的细菌大肠杆菌是由大量的潜伏代谢途径的临时激活，这表明假设，临时激活的反应影响生长，从而促进适应扰动的存在。在这里，我们测试这一假设计算和发现，令人惊讶的是，潜在途径的可用性始终没有提供增长的优势，事实上，往往会抑制遗传扰动后的增长。这被证明是真实的，即使是在交替条件下具有已知功能的潜在途径，从而将这种不利影响的意义扩展到明显的非必需基因之外。这些发现提出了潜在通路激活实际上是另一种潜在次优适应性反应的衍生物的可能性。
2011-03-27 cond-mat.dis-nn nlin.AO physics.bio-ph
A compact model of Escherichia coli core and biosynthetic metabolism
本文提出了针对大肠杆菌K-12 MG1655的手动精选中等规模代谢模型iCH360，聚焦核心能量与生物合成代谢，克服了基因组规模模型难分析的问题，并展示了其在多种分析场景中的实用潜力。
2025-04-19 q-bio.MN q-bio.QM
Induction kinetics of a conditional pH stress response system in Escherichia coli
微生物应激反应系统的分析可以揭示调控和适应的分子策略。本文重点介绍了E.大肠杆菌对酸性胁迫的反应，只有当赖氨酸可用时，它才能在低pH条件下被激活。当表达时，Cad系统通过在H+消耗下将赖氨酸转化为尸胺并输出尸胺以交换外部赖氨酸来抵消升高的H+浓度。令人惊讶的是，即使其诱导条件持续存在，cad操纵子也会显示出短暂的反应。为了定量表征的CAD模块的调节，我们已经实验记录和理论建模的重要系统变量的动态。我们建立了一个定量模型，充分描述和预测的瞬态表达行为的各种初始条件。我们对Cad系统的定量分析支持由外部尸胺作为瞬态响应的起源的负反馈。此外，该分析通过调节蛋白CadC对信号转导的精确机制提出了因果约束。
2010-09-16 q-bio.MN
Information content based model for the topological properties of the gene regulatory network of Escherichia coli
基因调控网络（GRN）正在研究越来越精确的定量工具，并可以提供一个试验场的想法，关于复杂的生物网络的出现和进化。我们分析了原核生物大肠杆菌的转录调控网络的全局统计特性，确定了每个操纵子与网络的一个节点。我们提出了一个空模型，这个网络使用基于内容的方法应用于真核生物酿酒酵母。（Balcan等人，代表启动子区域和结合序列的随机序列与节点相关联。从相关数据库中提取这些序列的长度分布。通过测试启动子区域内结合序列的出现来构建网络。涌现网络的集合产生指数衰减的入度分布和假定的幂律依赖的出度分布与平尾，与数据一致。聚类系数，度度相关性，丰富的俱乐部系数和k-核心可视化都同意定性与经验网络的程度尚未达到任何其他计算模型，据我们所知。这些显著的统计差异为进一步研究E. coli GRN。
2009-12-29 q-bio.MN q-bio.QM
Determinants of bistability in induction of the Escherichia coli lac operon
我们已经开发了一个数学模型的大肠杆菌乳糖操纵子的表达调控，并研究了在没有外部葡萄糖的情况下，其稳态诱导行为的双稳态。数值分析方程描述人工诱导剂调节揭示了两个自然的双稳态参数，可用于控制诱导剂浓度的范围内，该模型表现出双稳态。通过调整这些双稳态参数，我们发现了一系列生物药理学上合理的系统，其与实验确定的硫代甲基半乳糖苷诱导的β-区域一致（Ozbudak等人，Nature 427：737，2004）。该模型预测，双稳态可以被废除时，被动运输或通透出口变得足够大，前一种情况下是特别相关的诱导异丙基-β，D-硫代半乳糖苷。为了模拟乳糖的调节，我们开发了类似的方程，其中异乳糖是乳糖代谢中的代谢中间体，也是乳糖的天然诱导物。对于生物药理学合理的参数值，这些方程不产生双稳态响应乳糖诱导，但是，系统与非物理小渗透依赖性的出口效应可以表现出少量的双稳态参数值的有限范围。这些结果对乳糖操纵子在大肠杆菌自然环境中的双稳态的相关性提出了质疑。大肠杆菌，并有助于阐明现有的理论研究，解决这个问题之间的争议。这些结果也表明了一种实验方法来解决的相关性，乳糖操纵子中的双稳态在自然环境中的E。杆菌
2008-02-08 q-bio.CB q-bio.MN
Dynamic modeling of gene expression in prokaryotes: application to glucose-lactose diauxie in Escherichia coli
基因的共表达，或者更一般地说，表达谱的相似性，对仅基于DNA微阵列时间序列的数据推断基因调控网络（GRN）构成了不可逾越的障碍。具有相似表达谱的基因的聚类允许GRN的粗粒度视图和聚类之间的连通性的概率确定。我们提出了一个基因簇网络的时间演化模型，该模型考虑了基因产物与基因的相互作用，并通过非恒定的降解速率与其他基因产物的相互作用。通过使用多项式函数插值时间数据点，减少了模型参数的数量。以这种方式，参数估计的任务被简化为线性代数方程组，从而使计算时间缩短了几个数量级。为了消除不相关的网络，我们测试每个GRN相对于参数变化的稳定性，并对其在稳态附近的行为施加限制。我们将我们的模型和方法应用于在葡萄糖-乳糖二倍性期间收集的大肠杆菌上的DNA微阵列时间序列数据，并推断实验的不同阶段的最可能的聚类网络。
2011-06-01 q-bio.MN q-bio.QM q-bio.SC
Cost and Capacity of Signaling in the Escherichia coli Protein Reaction Network
在系统生物学中，需要新的方法来分析大量关于细胞过程调节的现有数据。最近的工作可以粗略地分为两类：一类是描述良好的子系统的动力学模型，另一类是在整个生物体尺度上对分子网络拓扑结构的粗粒度描述。为了弥合这两个不同的方法，需要开发简化的动力学和拓扑措施，解决信号在分子网络中的传播的描述。在这里，我们考虑蛋白质调控的有向网络在大肠杆菌。大肠杆菌，其特点是其模块性方面的潜力，以传输信号。我们证明，最简单的措施的基础上确定子网络的强组件，其中每个节点可以发送信号到其他节点，确实划分网络功能模块。然后，我们建议采取措施来量化与任何特定蛋白质对之间发送信号相关的成本和传播。因此，我们解决了模块内和模块之间的信号传导特异性，并表明在大肠杆菌的调节中，通过两个以上的中间反应传播的信号的成本和传播有系统的降低。
2007-11-03 cond-mat.soft q-bio.MN
Identifying all irreducible conserved metabolite pools in genome-scale metabolic networks: a general method and the case of Escherichia coli
代谢网络的化学计量通常会产生一系列特定代谢物集合的聚集浓度守恒定律，这不仅限制了网络的动力学，而且还提供了对细胞生产能力的关键见解。当守恒量与一个化学部分相同时，从化学计量学中提取所有这些守恒定律相当于找到NP-难规划问题的所有整数解。在这里，我们提出了一种新的和有效的计算策略，结合蒙特卡罗，消息传递，和松弛算法来计算一个给定的化学计量矩阵的完整的一套不可约整数守恒律，也提供了一个证书的正确性和最大值的解决方案。该方法部署在不同的生长介质中的细菌大肠杆菌的代谢的两个大规模重建的完整的一套不可约的整数池的分析。此外，我们发现了一个缩放关系，链接的大小不可约池的基础上的代谢物的数量，我们提出了一个分析解释。
2013-09-10 cond-mat.dis-nn physics.bio-ph physics.chem-ph
Experimental evolution of diverse Escherichia coli metabolic mutants identifies genetic loci for convergent adaptation of growth rate
细胞生长取决于底物的可用性和细胞将底物同化成结构单元的代谢能力。决定生长速率的代谢基因可能协同或拮抗地相互作用，并且可以加速或减缓生长，这取决于遗传背景和环境条件。我们进化了一组不同的大肠杆菌单基因缺失突变体，具有一系列的生长速率，并确定了通常增加生长速率的突变。尽管亲本菌株之间存在代谢差异，但增强生长的突变主要定位于核心转录机制，包括RNA聚合酶（RNAP）的$β$和$β'$亚基以及转录延伸因子NusA。RNAP的决定增强生长的结构片段先前已经涉及抗生素抗性和转录延长和暂停的控制。我们进一步开发了一个计算框架来表征在获得这些突变后发生的转录变化如何影响菌株的生长速率。我们的实验和计算结果为RNAP突变改变活性转录和基因沉默之间的竞争平衡提供了证据。这项研究表明，RNAP特定区域的突变是一种收敛的自适应解决方案，可以提高不同代谢状态细胞的生长速度。
2018-12-13 physics.bio-ph q-bio.MN
A yield-cost tradeoff governs Escherichia coli's decision between fermentation and respiration in carbon-limited growth
已知许多微生物系统响应于例如由营养应激或抗生素诱导的生长条件的变化而主动重塑其蛋白质组。这种重新分配的部分原因是，由于生长速率受到特定代谢活动的限制，细胞只是通过微调蛋白质组来做出反应，将更多的资源投入到限制性活动中（即合成更多的蛋白质）。然而，这通常伴随着代谢的全面重组，旨在通过不同途径重新布线资源来提高限制下的生长产量。虽然这两种效应都会影响蛋白质组的组成，但后者是对应激的更复杂的全身反应的基础。通过对E.大肠杆菌的“乙酸开关”，我们使用数学建模和重新分析的经验数据表明，从一个主要的发酵过渡到一个主要的呼吸代谢在碳限制生长的结果之间的权衡最大化的生长产量和最小化其成本方面所需的蛋白质组份额。特别是E.大肠杆菌的代谢表型似乎是帕累托最优的这些目标函数在广泛的稀释度。
2017-03-02 cond-mat.dis-nn physics.bio-ph q-bio.MN
Growth against entropy in bacterial metabolism: the phenotypic trade-off behind empirical growth rate distributions in E. coli
细胞代谢的基因组规模模型的解决方案空间提供了物理上可行的通量配置和细胞代谢表型之间的映射，在最基本的水平上，由相应的生长速率。通过对E.大肠杆菌的代谢网络，我们表明，最近在实验中获得的经验增长率分布在单细胞分辨率可以解释在快速增长的表型和缓慢增长的较高的熵的较高的健身之间的权衡。在此基础上，我们提出了一个最小的模型，一个大的细菌种群的进化，捕捉这种权衡。在这样的框架中，在实验中观察到的缩放关系编码为与最大可实现生长速率的相同距离、相同的生长速率最大化程度和/或相同的表型变化速率。基于基因组尺度的代谢网络重建，这些结果允许多个含义和扩展，尽管基本的概念简单。
2016-05-27 cond-mat.dis-nn physics.bio-ph q-bio.MN
The regulatory network of E. coli metabolism as a boolean dynamical system exhibits both homeostasis and flexibility of response
阐明细胞的大规模遗传调控网络的结构和动力学是系统生物学的重要目标。我们研究了大肠杆菌的遗传网络，调节其代谢的系统级动力学特性，并展示了它的设计如何导致生物有用的细胞特性。我们的研究使用数据库（Covert et al.，Nature 2004），包含583个基因和96个外部代谢物，它不仅描述了网络连接，还描述了每个基因节点处的布尔规则，该规则控制基因的开关作为其输入的函数。我们已经研究了如何从这个数据库构建的布尔动力系统的吸引子依赖于基因的初始条件和各种环境条件对应的缓冲最小媒体。我们发现，该系统表现出稳态，它的吸引子，原来是固定点或低周期周期，是高度不敏感的初始条件或扰动的基因配置为任何给定的固定环境。同时，当外部介质变化时，吸引子显示出很大的变化，这意味着系统对变化的环境条件具有高度灵活的响应。调节动力学作用于在改变的培养基下提高细胞生长速率。我们的研究表明，在{ \it E. coli}是分层的、模块化的，并且在很大程度上是非循环的，环境变量控制层次结构的根。这种结构使细胞对基因构型的扰动具有高度鲁棒性，并对环境变化具有高度响应性。该动力系统虽然没有接近混沌的边缘，但仍然具有稳态和响应灵活性的双重特性。
2007-10-05 q-bio.MN
The diffusive influx and carrier efflux have a strong effect on the bistability of the lac operon in Escherichia coli
大肠杆菌的乳糖操纵子在有无诱导物存在时表现出双稳态。文献中的大多数模型假设诱导剂通过载体（通透酶）进入细胞，并通过扩散样过程退出。忽略扩散流入和载流子流出。然而，数据分析表明，在非诱导细胞中，扩散流入与载体流入相当，而在诱导细胞中，载体流出是扩散流出的7倍。由于双稳态需要共存的稳态对应于非诱导和诱导细胞，这些通量都不能忽略。在这里，我们制定了一个模型占两个通量。我们发现：（a）双稳态的阈值都深刻地影响这两个通量。扩散流入通过增强诱导物在非诱导细胞中的积累来降低开启阈值。载体外排通过减少诱导细胞中诱导物的积累来增加关闭阈值。(b)用实验测得的参数值对模型进行的模拟与IPTG的数据吻合良好。然而，TMG的数据存在差异。它们最有可能是由于模型中缺少两个特征，即诱导物排除效应和特定生长速率随乳糖酶水平的变化。(c)在两种通量存在下得到的稳态和阈值很好地近似由简单的解析表达式，这可能是有用的，在合成生物学的乳糖基因开关的初步设计。
2008-02-09 q-bio.CB q-bio.MN
Bistability of the lac operon during growth of Escherichia coli on lactose and lactose + glucose
大肠杆菌的乳糖操纵子具有双稳定性。早期的研究表明，在TMG/琥珀酸盐和乳糖+葡萄糖上生长期间发生双稳态，但在乳糖上生长期间不发生双稳态。最近对lacGFP转染的细胞的研究显示了与TMG/琥珀酸盐的双稳定性，但与乳糖和乳糖+葡萄糖的双稳定性不一致。在文献中，这些结果归因于诱导产生的正反馈的变化。具体地，在TMG/琥珀酸盐上生长期间，诱导产生正反馈，因为通透酶刺激TMG的积累，这反过来促进更多通透酶的合成。这种正反馈在乳糖生长过程中减弱，因为半乳糖苷酶对乳糖的水解抑制了通透酶的刺激作用。但稀释的稳定效果也会随着培养基成分的变化而发生显著变化。例如，在TMG/琥珀酸盐上生长期间，通透酶的稀释速率与其活性$e$成比例，因为比生长速率与$e$无关。然而，在乳糖上生长期间，通透酶稀释速率与$e^2$成比例，因为比生长速率与比乳糖摄取速率成比例，而比乳糖摄取速率又与$e$成比例。在这里，我们表明：（a）这种对$e^2$的依赖性产生了如此强的稳定作用，以至于在乳糖上生长期间，即使面对正反馈，双稳态也几乎是不可能的。(b)在乳糖+葡萄糖上生长期间，这种稳定作用减弱，因为葡萄糖上的比生长速率与$e$无关，因此稀释速率再次包含与$e$成比例的项。我们根据这些结果讨论了实验数据。
2007-07-09 q-bio.CB q-bio.MN
Functional architecture of Escherichia coli: new insights provided by a natural decomposition approach
背景资料：先前的研究使用了不同的方法，试图提取转录调控网络（TRN）的模块化组织。然而，这些方法并不自然，因为它们试图将高度连接的基因聚集到一个模块中，或者将已知的多效性转录因子定位在较低的层次中。在这里，我们通过将大肠杆菌的TRN分离成其关键元件来解开它，从而揭示其自然组织。我们还提出了一个数学标准，基于TRN的拓扑特征，将网络元素分为两个可能的类之一：层次或模块化基因。结果如下：我们发现，模块化的基因聚集成生理相关的组验证的功能类的富集的统计分析。分级基因编码负责基于一般感兴趣信号协调模块响应的转录因子。层次元素与先前研究的全球监管机构高度相关，这表明这可能是第一个数学方法来确定全球监管机构。我们在TRN中发现了一个以前从未描述过的新元素：模块间基因。这些结构基因在启动子水平上整合了来自不同模块的信号，因此来自不同的生理反应。利用多效性的概念，我们已经重建了网络的层次结构，并讨论了前馈图案在塑造层次骨干的TRN的作用。结论：这项研究揭示了新的设计原则的组织TRN的基础上，显示了一种新的非金字塔结构组成的独立模块的全球管理的分层转录因子，其响应集成模块间的基因。
2014-05-23 q-bio.GN q-bio.MN
Ultrasensitivity and Fluctuations in the Barkai-Leibler Model of Chemotaxis Receptors in {\it Escherichia coli}
用Barkai-Leibler模型的随机形式描述了{ \it E.大肠杆菌}的构象动力学研究，阐明内在网络噪声的影响。它最初被提出来解释{ \it E.大肠杆菌}中观察到的广泛的空间均匀的引诱剂/驱避剂（配体）浓度。受体可以是活性的，也可以是非活性的，并且可以在两种状态之间随机切换。酶CheR使非活性受体甲基化，而CheB使活性受体去甲基化，其活性的可能性取决于其甲基化和配体化的水平。每个受体具有两个甲基化位点（M=2）的模型的简单版本显示出零级超灵敏度（ZERO），类似于Goldbeter和Koshland（GK）研究的共价修饰的经典2态模型。对于非常小和大的配体浓度，该系统减少到两个2状态GK模块。在线性噪声近似（LNA）下的数学估计的活性（方差）的自发波动的定量测量发现峰值附近的Zynga过渡。方差是配体和受体浓度的弱、非单调和递减函数。Gillespie模拟M=2下得到的LNA的分析结果显示出良好的协议。M=2、3和4的数值结果表明，平均活度中的Z是零，M越大，方差越小。从现有的实验数据推导出的受体噪声的大小与我们的预测是一致的。对下游信号通路的简单分析表明，这种噪音足够大，对生物体的运动性有有益的影响。平均受体活性的响应小的时间依赖性变化的外部配体浓度，线性响应理论内计算，被发现有一个双叶的形式。
2017-03-31 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Transcriptional and translational regulation in Arc protein network of Escherichia coli's stress response
最近，人们在理解sRNA介导的基因表达调控以及这种调控模式与转录调控的不同方面做了大量的努力。在大肠杆菌中，在氧化应激的存在下，sigma^s的合成通过一种有趣的机制进行调控，该机制涉及转录和sRNA介导的翻译调控。参与转录和翻译调控的关键调控因子分别是ArcA和ArcB蛋白以及ArcZ sRNA。磷酸化的ArcA在前馈机制中抑制转录因子sigma和ArcZ sRNA，后者是sigma的转录后激活因子。通过反馈机制，ArcZ sRNA使ArcB mRNA不稳定并调节ArcB蛋白（一种使ArcA磷酸化的激酶）的水平。氧气和能量的可用性预计会影响ArcA磷酸化速率，因此，在平衡状态下，系统可能处于高ArcB（低ArcZ）或低ArcB（高ArcZ）状态。动力学建模研究表明，ArcZ sRNA对ArcB mRNA的去稳定化速率必须适当调整，以达到所需的状态。特别是，对于高磷酸化率，从低到高的ArcZ合成制度的过渡与sRNA-mRNA相互作用的增加是类似的阈值线性响应观察到较早。此外，我们表明，mRNA不稳定的sRNA可能是，特别是，在低磷酸化状态下，具有正确的浓度水平的ArcZ和ArcB是有益的。随机模拟结果表明，随着ArcZ-ArcB结合亲和力的增加，ArcZ分子数量的概率分布变得更平坦，表明频繁发生的不同强度的转录爆发。
2016-09-29 q-bio.MN
Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach
大肠杆菌和枯草芽孢杆菌是两种研究得最好的原核模式生物。先前对它们的转录调控网络的分析表明，它们在进化过程中表现出高度的可塑性，并表明两者都收敛到无标度样结构。然而，除了这一建议之外，没有进行任何分析，以确定管理这些有机体的系统一级的共同组成部分和原则。在这里，我们表明，这两个遗传学上遥远的生物遵循一套共同的新的生物一致的系统的原则，揭示了数学和生物学上成立的自然分解方法。所发现的共同功能架构是一个菱形的，matryoshka样的，三层（协调，处理和整合）的层次结构，表现出反馈，这是由四个系统水平的组件：全球转录因子（全球TF），局部自治模块，基础机械和模块间基因。在B上重新评估了识别全局TF的第一个数学标准，即$κ$值。枯草芽孢杆菌，并确认其高预测能力，确定所有以前报道的，加上三个潜在的，主调节器和八西格玛因素。通过直向同源基因和非直向同源保守功能，确定了模块的功能保守核心、基底细胞机制和一组非直向同源共同生理全局响应。这项研究揭示了两种遗传学上遥远的生物体之间保持的新的共同系统原则，并提供了他们的生活方式适应的比较。我们的研究结果揭示了细菌维持生命所需的系统级原理和基本功能。
2014-05-23 q-bio.GN q-bio.MN q-bio.PE
Identifying essential genes in E. coli from a metabolic optimization principle
从化学计量学和基本生化网络的拓扑结构来理解细胞代谢中反应通量的组织是系统生物学的中心问题。在这项任务中，重要的是设计合理的近似方案，只依赖于化学计量数据，因为全尺度动力学方法是计算负担得起的，只有小网络（例如红细胞，约50个反应）。通常采用的方法是基于找到满足代谢物质量平衡条件的固定通量配置，通常将它们与局部优化规则（例如生物质产量的最大化）耦合，以将解空间的大小减小到单个点。这些方法已被广泛应用，并已证明能够在特定条件下重现相对简单的生物体的实验结果。在这里，我们定义和研究一个基于约束的细胞代谢模型，其中既不假设质量平衡，也不假设通量平稳性，并且相关的通量配置优化了系统的全局增长。在E.大肠杆菌，稳定的通量状态恢复的解决方案，虽然质量平衡的条件被违反了一些代谢物，这意味着后者的非零净生产。这样的解决方案进一步证明提供了正确的统计流量的细菌E。大肠杆菌在不同的环境中，并比较以及与现有的实验证据的个人通量。保守代谢池在确定生长速率和通量变异性方面起着关键作用。最后，我们能够连接现象学基因的本质与'冻结'通量（即通量与较小的允许变异）在E。大肠杆菌代谢
2009-02-06 cond-mat.dis-nn cond-mat.stat-mech q-bio.MN
Essential plasticity and redundancy of metabolism unveiled by synthetic lethality analysis
我们揭示了功能可塑性和冗余是代谢网络生存能力的基本机制。我们进行了详尽的计算筛选大肠杆菌中的合成致死反应对在最小培养基中，我们发现，合成致死对分为两个不同的群体，这取决于合成致死的相互作用是否作为备份或作为一个并行使用的机制，第一个对应于必要的可塑性和第二个必要的冗余。在大肠大肠杆菌中，通过基本冗余的途径纠缠的分析支持这样的观点，即合成致死性优先影响单个功能或途径。相比之下，基本可塑性，占主导地位的类别，往往是途径间的，但强烈的本地化和揭示细胞包膜生物合成作为膜脂质代谢的重要备份。比较E. coli和Mycoplasma pneumoniae，我们发现这两种生物体的代谢网络在可塑性和冗余性的相对重要性方面表现出很大的差异，这与可塑性是一种复杂的机制，需要复杂的组织的推测是一致的。最后，在不同的环境条件下，探索同质反应对，以揭示这两种机制之间的相互作用。我们发现，合成的致命的相互作用和它们的分类可塑性和冗余基本上是不敏感的介质组成，并高度保守，即使当环境中富含非必需的化合物或过度约束，以减少最大的生物量形成。
2014-04-01 q-bio.MN
Stability and chaos in coupled two-dimensional maps on Gene Regulatory Network of bacterium E.Coli
复杂网络上耦合二维混沌映射的集体动力学表现出丰富多样的涌现特性，这些特性在很大程度上取决于底层网络拓扑结构。我们研究了大肠杆菌基因调控网络的有向链接与时滞相互作用的Chirikov标准映射的集体运动。研究了孤立映射在不同耦合形式和耦合强度下的强混沌行为。在较小的耦合强度，网络诱导稳定和连贯的涌现动力学。随着耦合强度的增加，出现的不稳定行为仍然局限于一个连通的子网络。对于适当的耦合，网络表现出统计鲁棒的自组织动力学弱混沌政权。
2010-07-21 cond-mat.stat-mech nlin.AO physics.bio-ph
Spin Glass Theory of Interacting Metabolic Networks
我们在一个统计力学的框架内，考虑到每个细胞的实际表型能力及其与邻居的相互作用，铸造相互作用的细胞的代谢。反应通量将是高维自旋矢量的分量，其值将受到化学计量学和代谢的能量需求的约束。在这幅图中，找到种群的表型状态就相当于寻找无序自旋模型的平衡状态。我们为任意代谢网络和相互作用提供了这个问题的一般解决方案。我们将此解决方案应用于代谢的简化模型和复杂的代谢网络，\emph{E. coli}的中心核心，并证明选择压力和相互作用的组合定义了一个复杂的表型空间。细胞可以专门生产或消耗在群体水平上相互补充的代谢物，这可以通过具有多个最小值的平衡相空间来描述，就像自旋玻璃模型一样。
2019-09-24 cond-mat.stat-mech q-bio.MN
Comparative study of the transcriptional regulatory networks of E. coli and yeast: Structural characteristics leading to marginal dynamic stability
在随机布尔函数的框架下研究了{ \it Escherichia coli}和{ \it Saccharomyces cerevisiae}转录调控网络的动力学性质。这些网络对单点突变的动态响应的特征在于突变元素的数量作为时间的函数和弛豫时间到新的稳态的分布，这在两个网络中是不同的。与随机网络的行为比较，揭示了除平均连通性之外的相关结构特征，即电路的组织和入度分布的函数形式。在{ \it E. coli}和{ \it S. cerevisiae}将它们的动力学转向边缘稳定性，克服了它们的平均连通性所施加的限制，这被认为与活生物体中鲁棒性和适应性的同时存在有关。
2006-09-22 q-bio.MN
The interdependent network of gene regulation and metabolism is robust where it needs to be
活细胞的主要生物化学网络，相互作用的基因网络和生物化学反应网络，是高度相互依赖的，然而，迄今为止，它们大多作为独立的系统进行研究。在过去的几年中，一个适当的理论框架，研究相互依存的网络已经发展的统计物理学的背景下。在这里，我们研究的相互依存网络的基因调控和代谢的模式生物大肠杆菌使用的理论框架，相互依存的网络。特别是，我们的目标是了解生物系统如何能够巩固冲突的任务，快速反应（内部和外部）的扰动，同时是强大的微小的环境波动，在同一时间。为此，我们研究了网络对局部扰动的响应，发现相互依赖的网络对基因调控和蛋白质水平的扰动敏感，但对代谢变化具有鲁棒性。相互依赖网络理论在系统生物学中的首次定量应用表明，研究网络对局部扰动的反应可以作为分析广泛的其他相互依赖网络的有用策略。
2017-01-31 physics.bio-ph q-bio.CB q-bio.MN
Genome-scale estimate of the metabolic turnover of E. Coli from the energy balance analysis
在这篇文章中，代谢营业额的概念是根据最近的结果重新平衡热力学。通过蒙特卡罗方法，我们执行一个精确的均匀采样的稳态通量在基因组规模的大肠杆菌代谢网络，我们推断代谢物周转时间。然而，后者是从净通量推断，我们认为，这种近似是无效的酶附近的热力学平衡。我们重新计算周转时间从总通量进行能量平衡分析的网络和经常性的波动定理。我们发现，在许多情况下，值的数量级较低，这意味着一个更快的图片中间代谢。
2015-05-18 physics.bio-ph q-bio.MN
Modeling network dynamics: the lac operon, a case study
我们使用大肠杆菌中的乳糖操纵子作为原型系统来说明细胞网络动态建模的当前状态、适用性和局限性。我们整合了三个不同层次的描述-分子，细胞，和细胞群体-到一个单一的模型，这似乎捕捉到许多实验方面的系统。
2004-11-17 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.CB
Statistical mechanics for metabolic networks during steady-state growth
代谢网络的哪些性质可以仅仅从网络组成反应的化学计量信息中推导出来？通过通量平衡分析（FBA），通过假定细胞在允许的化学计量内设定代谢通量以使其生长最大化，已经获得了预测结果。在这里，我们将这个框架推广到单细胞水平，使用统计物理学中的最大熵模型。我们定义和计算，大肠杆菌的核心代谢，在所有通量的联合分布，产生实验观察到的增长率。这种解决方案，含有FBA作为限制性的情况下，提供了一个更好的匹配，在野生型和几个突变体中测得的通量。我们发现E.大肠杆菌代谢接近，但不是在，由FBA假设的最优。此外，我们的模型进行了广泛的预测：（i）通量变化，其调节，以及各个细胞之间的通量相关性;（ii）化学计量约束与生长速率优化的相对重要性;（iii）单细胞生长速率分布的定量缩放关系。我们使用来自在不同亚抑制抗生素浓度下在微流体装置中生长的单个细菌细胞的数据来验证这些缩放预测。在温和的动力学假设下，波动响应关系进一步预测的自相关时间尺度的增长数据和增长率适应时间的环境扰动。
2017-03-06 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.MN
Under-dominance constrains the evolution of negative autoregulation in diploids
调控网络已经进化到允许基因表达快速跟踪环境中的变化，以及在没有变化的情况下缓冲扰动和维持细胞内稳态。在大肠杆菌中的理论工作和实验研究表明，负性自调节赋予快速的响应时间和降低的内在噪音，这反映在几乎一半的大肠杆菌转录因子是负性自调节的事实上。然而，在酿酒酵母的转录因子中，负自调节是极其罕见的。这种差异是更令人惊讶的，因为E。coli和革兰氏阳性菌S.酿酒酵母具有非常相似的网络模体序分布。在本研究中，我们首次发现果蝇和人类转录因子之间的调节相互作用具有与果蝇相似的缺乏负自调节的现象。啤酒。然后，我们提出了一个模型，证明了在物种之间使用的降噪策略的这种基本差异可以通过对二倍体中负自调节进化的限制来解释。我们发现，同一细胞内同源基因对之间的调控相互作用可导致显性不足突变，从而导致更强的自动调节，并降低纯合子中的噪声，矛盾的是，可导致杂合子中的噪声增加。这严重限制了二倍体进化负性自动调节作为降噪机制的能力。我们的工作提供了一个简单和一般的解释以前无法解释的差异，调节结构之间的E。大肠杆菌和酵母，果蝇和人类。它还表明，基因网络中的二倍体效应可能会产生违反直觉的后果，可能会深刻地影响进化的进程。
2012-12-05 q-bio.GN q-bio.MN q-bio.PE
Control principles of metabolic networks
破译代谢的控制原则及其与其他细胞功能的相互作用是生物医学和生物技术的核心。然而，理解代谢通量的有效控制对于大规模代谢网络仍然是难以捉摸的。现有的方法要么需要指定一个蜂窝目标，或者由于计算复杂性而限于小型网络。在这里，我们开发了一个有效的计算框架，通过引入一套完整的磁通耦合关系的磁通控制。我们分析了来自所有生命王国的23个代谢网络，并确定了促进其大规模控制的驱动反应。我们发现大多数单细胞生物比多细胞生物需要更少的控制。鉴定的驱动反应在大肠杆菌中处于强转录调控下。在人类癌细胞中，驱动反应在肿瘤发展中起着关键作用，代表着潜在的治疗靶点。所提出的框架有助于我们解开复杂疾病的调控原则，并在基因调控、信号传导和代谢的界面设计新的工程策略。
2015-08-17 q-bio.MN
Predicting effects of structural stress in a genome-reduced model bacterial metabolism
我们通过跟踪有害扰动后在其代谢网络上传播的损伤，研究了基因组减少的模式细菌生物肺炎支原体中结构应力的计算机效应。首先，我们分析了从单个反应和成对反应传播的失败级联，并将结果与金黄色葡萄球菌和大肠杆菌中的结果进行了比较。为了提醒潜在的损害所造成的个别反应的失败，我们提出了一个通用的预测的基础上，确定目标反应的结构脆弱性的本地信息。相对于反应对的同时失败，我们检测到强的非线性放大效应，可以通过在单级联的交叉点中存在特定的基序来预测。我们进一步连接了M. pneumoniae通过酶活性，并研究了敲除单个基因和基因簇的后果。单基因敲除造成的损害揭示了基因组规模的级联大的影响和基因的重要性之间的强相关性。与此同时，我们发现控制高损伤反应的基因倾向于在功能隔离中运作，作为一种代谢保护机制。我们的结论是M.与其它更复杂的模式细菌生物体类似，肺炎克雷伯氏菌在代谢和基因组水平上似乎已经朝着增加的结构稳健性进化，尽管其基因组大小减小并且其代谢网络线性更大。我们的方法，虽然动机生化，是通用的，足以对任何二分复杂网络的结构应力的分析和预测传播的潜在用途。
2012-02-27 cond-mat.dis-nn physics.bio-ph q-bio.MN
The Activity Reaction Core and Plasticity of Metabolic Networks
了解系统水平的适应性变化发生在一个有机体在响应环境的变化是当代生物学的一个关键问题。目前的建模方法，如基于约束的通量平衡分析（FBA）已被证明是非常成功的分析细胞代谢的能力，包括其能力，预测删除表型，代谢反应的相对通量值的计算能力和交替的最佳生长状态的属性。在这里，我们使用FBA来彻底评估大肠杆菌，幽门螺杆菌和酿酒酵母在30，000个不同的模拟环境中的代谢活性。我们确定了一组代谢反应，形成一个连接的代谢核心，在所有的生长条件下进行非零通量，其通量变化是高度相关的。此外，我们发现，催化核心反应的酶比催化非核心反应的酶表现出相当高的表型必要性和进化保守性。细胞代谢的特点是围绕一个进化保守的始终活跃的代谢核心组织了大量的物种特异性条件活性反应。最后，我们发现目前大多数干扰细菌代谢的抗生素都靶向核心酶，这表明我们的研究结果可能对抗菌药物靶点发现具有重要意义。
2006-01-24 cond-mat.dis-nn q-bio.CB q-bio.MN
Estimating the size of the solution space of metabolic networks
在这项工作中，我们提出了一种新的算法策略，允许一个有效的表征与代谢约束兼容的整套稳定通量。该算法基于著名的Bethe近似，允许在多项式时间内计算高维非全维凸多面体的体积。我们的算法的结果匹配密切的预测基于蒙特卡罗的估计的流量分布的红细胞代谢网络，但在无比短的时间。我们还分析了大肠杆菌代谢网络中反应的平均通量的统计特性，并最终测试基因敲除对大肠杆菌中心代谢的解空间大小的影响。
2007-09-06 cond-mat.dis-nn cond-mat.stat-mech q-bio.MN
Flux networks in metabolic graphs
代谢模型可以表示为包括链接的反应和代谢物节点的二分图。在这里，它示出了如何保守的通量网络可以分配到这样的图的边缘相结合的反应通量与保守的代谢物的性质，如分子量。一个类似的通量网络可以通过结合原始和对偶解决方案的线性规划问题，通常出现在基于约束的建模。这样的构造可能有助于复杂代谢网络中的通量分布的可视化。该分析还解释了代谢物影子价格（双线性规划变量）和保守的代谢物特性之间的强相关性。该方法被应用到大肠杆菌，酿酒酵母，和甲烷八叠球菌最近的代谢模型。详细的结果报告为E。大肠杆菌;其他微生物也有类似的结果。
2009-09-28 q-bio.MN
Study of the structure and dynamics of complex biological networks
在这篇论文中，我们利用图论、计算生物学和动力系统的工具研究了某些生物网络的大尺度结构和系统级动力学。我们研究了大肠杆菌、酿酒酵母和金黄色葡萄球菌这三种生物体内大规模代谢网络的结构和动力学。我们还研究了控制E.大肠杆菌代谢我们试图解释观察到的系统级动力学性质，这些网络的基础结构。我们对这些大规模生物网络的系统级动力学的研究提供了一个不同的视角，与纯粹的结构研究相比，它们的功能。我们的研究也导致了一些新的见解的功能，如鲁棒性，脆弱性和模块化的这些大规模的生物网络。我们还阐明了细胞内的不同网络，如代谢网络和遗传网络是如何相互关联的。
2008-12-30 q-bio.MN
Mass Conservation And Inference of Metabolic Networks from High-throughput Mass Spectrometry Data
我们提出了一个步骤，从代谢分析数据，如质谱的细胞代谢反应网络的代谢组范围的计算推理。重建的基础上确定的不可约的统计之间的相互作用的代谢物的活动，使用ARACNE逆向工程算法和约束可能的代谢转化，以满足质量守恒。由此产生的算法进行验证合成数据从一个简化的计算模型大肠杆菌代谢。常规观察到用于鉴定完整代谢反应的准确率超过50%，并且还观察到超过20%的召回率。
2010-07-06 q-bio.MN q-bio.QM
A Coarse-Grained Biophysical Model of E. coli and Its Application to Perturbation of the rRNA Operon Copy Number
我们提出了一个生物物理模型的大肠杆菌，预测生长速度和有效的细胞组成，从一个有效的，粗粒度的基因组表示。我们假设E.大肠杆菌处于平衡指数稳态生长状态，生长在时空恒定的环境中，资源丰富。我们将这个模型应用于一系列过去的测量，其中已经测量了七个E.大肠杆菌菌株的rRNA操纵子拷贝数范围为1至7（野生型拷贝数）。这些实验表明，对于具有少于六个拷贝的菌株，生长速率显著降低。使用该模型，我们能够重现这些测量结果。我们表明，最适合这些数据的模型表明，E。当rRNA操纵子拷贝数变化时，大肠杆菌中的rRNA基因不固定。此外，该模型预测，将拷贝数增加到7个以上会导致细胞质中密集地挤满了核糖体和蛋白质。假设在这种过度拥挤的条件下，延长的扩散时间往往会削弱结合亲和力，则该模型预测生长速率不会显著增加超过野生型生长速率，如其他实验所示。因此，我们的模型表明，改变野生型E。大肠杆菌细胞在恒定的富营养环境中生长不会显著增加其生长速率。关于rRNA操纵子拷贝数改变的菌株的其他观察结果，如类核压缩和rRNA操纵子反馈反应，似乎与该模型定性一致。此外，我们讨论了可能的设计原则建议的模型，并提出进一步的实验来测试其有效性。
2010-08-04 physics.bio-ph q-bio.BM q-bio.MN
Data-driven quantification of robustness and sensitivity of cell signaling networks
由细胞信号转导网络产生的反应的鲁棒性和敏感性与生物体的存活和进化性相关。然而，现有的方法分析信号网络的鲁棒性和灵敏度忽略了实验观察到的蛋白质丰度和细胞功能的细胞与细胞之间的变化或包含特设的假设。我们提出并应用了一种基于数据驱动的最大熵（MaxEnt）方法来量化大肠杆菌（E. coli）的鲁棒性和敏感性。coli）趋化性信号网络。我们的分析正确地排列顺序不同型号的E。大肠杆菌趋化性的基础上，他们的鲁棒性，并建议参数调节细胞信号转导进化选择不同的个体细胞，根据他们的能力，扰乱细胞功能。此外，从我们的方法预测蛋白质丰度的分布和性质的趋化反应在单个细胞的基础上细胞群体平均数据是在良好的协议与他们的实验同行。我们的方法是通用的，可以用来评估鲁棒性，以及在广泛的细胞信号转导系统的群体平均实验数据的基础上产生的单细胞特性的预测。
2013-10-29 q-bio.MN q-bio.QM
Uncovering the hidden geometry behind metabolic networks
代谢是生命和疾病背后的迷人细胞机制，基因组规模的重建为我们提供了对其复杂性的迷人看法。然而，破译代谢结构和功能之间的关系仍然是一个重大挑战。特别是，将观察到的结构性的神经元转化为系统功能的组织原则是一项至关重要的任务，在赋予代谢的复杂网络表示以几何距离的概念之后，这一任务可以得到显著解决。在这里，我们设计了一个代谢网络的地图，通过将它们嵌入到一个简单的几何图形中，为它们观察到的网络拓扑结构提供了一个自然的解释，并将节点邻近度编码为隐藏的结构相似性的度量。我们假设一个简单的和一般的连接性法律，使更多的概率相互作用的代谢物/反应对更接近的隐藏空间。值得注意的是，我们发现了一个惊人的一致性之间的建筑E。大肠杆菌和人类细胞的代谢和基本的几何结构。此外，形式主义揭示了一个骨干样结构的基础上的定量串扰连接的生化途径。因此，通路获得了一个新的视角，挑战了它们作为独立功能单元的经典观点。
2011-09-09 cond-mat.dis-nn physics.soc-ph q-bio.MN
Constrained Allocation Flux Balance Analysis
关于细菌生长的新实验结果激发了一种新的自上而下的方法来研究细胞代谢，结合质量平衡和蛋白质组学约束来扩展和补充通量平衡分析。我们在这里介绍约束分配通量平衡分析，CAFBA，其中与生长相关的生物合成成本是通过一个额外的基因组范围的限制，在一个有效的方式占。它的根源在于实验观察到的蛋白质组分配模式的代谢功能，允许桥梁的监管和代谢在一个透明的方式下的原则，增长率最大化。我们提供了一个简单的方法来有效地解决CAFBA，并提出了一个“系综平均”的程序来考虑未知的蛋白质成本。应用这种方法对E.大肠杆菌代谢，我们发现，随着生长速率的增加，CAFBA解决方案从呼吸，生长产量最大化的状态（优选在缓慢生长）与碳溢出发酵状态（优选在快速生长）。此外，CAFBA允许定量准确预测的乙酸排泄率和生长产量的基础上，只有3个参数确定的经验生长规律。
2016-07-01 cond-mat.dis-nn physics.bio-ph q-bio.MN
