Modelling cargo transport in crowded environments: effect of motor association to cargos
本文建立货物动力学模型研究拥挤环境中马达与货物结合的影响，发现结合与拥挤的竞争效应导致运行长度随自由马达密度出现峰值，该特征由转移矩阵的最大特征值决定，且与实验观察一致。
2023-07-03 physics.bio-ph q-bio.SC
The fast and the slow axonal transport: a unified approach based on cargo and molecular motors coupled dynamics
观察到的不同颗粒沿轴突微管传递的速率的巨大差异的起源在文献中仍然是一个有争议的问题。有证据表明，某些神经退行性疾病可能是由相关运输过程的干扰引发的。出于这一动机，我们采用了一个模型来研究某些货物的流动性，动力学耦合的分子马达在拥挤的微管。对于一定的初始和边界条件，我们使用的方法的特征来解决微扰的伯格斯型方程对从平均场的方法，原来的微观随机模型。扩展的非微扰的限制数值探讨。在这种情况下，我们能够通过改变所考虑的轨道上的电机数量来计算货物平均速度可能相差几个数量级的条件。然后，我们讨论了连接这些理论预测与轴突运输的实验数据的可能性。
2020-05-15 q-bio.SC
Influence of direct motor-motor interaction in models for cargo transport by a single team of motors
我们从理论上分析了排除体积之间的相互作用的影响，对多个电机驱动的货物的动力学。该模型考虑了许多共同点与其他最近提出的文献中，除了电机和电机回步之间的直接相互作用。货物被假定为遵循连续朗之万动力学，而个别电机发展以下的Monte Carlo算法的基础上实验访问的概率离散向前和向后的跳跃，附件和分离率。货物和发动机之间的连接被认为是非线性弹簧。通过数值模拟，我们计算相关的数量表征系统的动力学特性，我们比较的结果与非相互作用的电机。我们发现，相互作用导致相当相关的货物的力-速度关系的变化，与失速力的相当大的减少，也导致显着减少的运行长度。这些影响主要是由于微管中的交通样现象。考虑为电动机设置几条平行轨道可减少这种影响。然而，我们发现，对于现实的值的数量的电机和轨道的数量，相互作用的影响，对全球参数的货物运输是远远不能忽略不计的。我们的研究还提供了一个分析的相关性的电机回步的建模，和不同的假设的影响的分离率。特别是，我们讨论了这两个方面的可能性，观察在大负荷力的货物的进程回运动。
2010-12-14 physics.bio-ph q-bio.SC
Cargo transportation by two species of motor protein
本文讨论了两种具有不同内在方向性的马达蛋白在活细胞中转运货物的运动。类似于单个马达运动，货物沿着微管随机向前和向后移动。最近的实验发现，两种运动物种的货物运输具有记忆性，它不会像预期的那样频繁地改变方向，这意味着它的前进和后退的速度取决于它以前的运动轨迹。假设货物只有最小的记忆，即其前进方向只取决于其最后一步的方向，本文详细分析了两种情况下的货物运动：{ \bf（I）}货物在恒定外载荷下的运动和{ \bf（II）}货物在一个固定光阱中的运动。由于记忆的存在，对于第一种情况，货物可以保持长距离的同一方向移动。对于第二种情况，货物将在陷阱中振荡。振荡周期和振荡幅度均随电机正向步进率的增大而减小，但均随陷阱刚度的增大而减小。货物的最可能的位置，找到振荡货物的概率是最大的，可能是相同的，也可能是不同的陷阱中心，这取决于两个电机种类的步进率。同时，如果电动机是鲁棒的，即它们的前向与后向步进率比高，则可能存在两个这样的最可能的位置，分别位于陷阱中心的两侧。分析了在给定位置发现货物的概率、货物处于前/后运动状态的概率以及货物到达给定位置或给定状态的各种平均首次通过时间。
2012-11-06 physics.bio-ph q-bio.SC
Stochastic modeling of cargo transport by teams of molecular motors
许多不同类型的细胞货物通过分子马达沿微管进行双向运输。这种货物马达系统的运动已经在体内实验中被表征为具有相当持久的方向性的进行性。为了探索这种运动的起源，人们提出了不同的理论方法。Müller等人提出的一种有效的理论方法，将货物动力学描述为不同类型发动机之间的拔河比赛。Kunwar等人最近提出了一种替代方法，他更详细地考虑了发动机和货物之间的耦合。基于这个框架，我们介绍了一个模型，考虑单电机的位置，我们在连续时间传播。此外，我们分析了可能的影响，在以前的出版物中使用的离散时间更新计划对系统的动态。
2014-07-16 physics.bio-ph q-bio.SC
Memory, Bias and Correlations in Bidirectional Transport of Molecular Motor-driven Cargoes
分子马达是一种特殊的蛋白质，它在细胞骨架丝上进行主动的、定向的细胞货物运输。在许多情况下，由马达蛋白提供动力的货物运动被发现是双向的，并且可以被看作是有偏的随机行走，其中快速的单向运行穿插有缓慢的“拔河”状态。这种行走的统计特性尚不清楚，在这里，我们研究记忆和偏见，以及双向运输中连续运行之间的方向相关性。我们表明，使用一个纯粹的随机（拔河）模型的货物的方向反转概率的研究的基础上，细胞货物的双向运动是，在一般情况下，相关的随机行走。特别是，虽然由两个反向牵引电机驱动的货物的运动是马尔可夫随机行走，但当多个电机沿一个或两个方向牵引货物时，方向记忆出现。在后一种情况下，潜在的单电机过程的马尔可夫性质是隐藏的退化运行和暂停状态的货物之间的内部转换。有趣的是，记忆被发现是一个非单调的函数的电机数量。拔河模型的随机数值模拟支持我们的数学结果，并将其扩展到生物相关的情况。
2013-09-19 cond-mat.stat-mech q-bio.SC
Environmental control of microtubule-based bidirectional cargo-transport
在细胞内，各种各样的货物由一组分子马达运输。有趣的是，所涉及的马达通常具有相反的拉动方向，并且由此产生的货物动力学是有偏的随机运动。细胞如何控制这种偏差是一个悬而未决的问题。在这里，我们开发了一个模型，明确考虑到弹性耦合的货物与每个电机。我们表明，偏见可以简单地控制，甚至扭转了一个违反直觉的方式，通过改变施加在货物上的外力或变化的ATP结合率电机。此外，在短时间尺度上发现的超扩散行为表明，出现了由货物介导的耦合引起的运动合作。
2014-07-07 physics.bio-ph q-bio.SC
Motility states in bidirectional cargo transport
细胞内的物质通过分子马达沿细胞骨架丝随机运动。特别是对于双向运输的货物，它们的运动特性是否可以由纯粹的随机波动引起，或者是否需要发动机的某种协调，这是一个悬而未决的问题。Müller等人提出的货物-发动机动力学的平均场模型的结果。[1]表明存在高运动状态，这将导致随机拔河。在这里，我们分析了他们的模型的非平均场扩展，明确考虑到每个电机的位置。我们发现，高运动状态，然后消失。我们还考虑了一个相互电机电机激活，作为一个明确的机制，电机协调。我们表明，平均场模型的结果，只有在一个强大的电机电机激活的情况下，在一个高数量的电机的限制恢复。
2015-01-05 physics.bio-ph q-bio.SC
Anomalous transport of subdiffusing cargos by single kinesin motors: the role of mechanochemical coupling and anharmonicity of tether
在这里，我们推广了我们以前的模型分子马达运输亚扩散货物在粘弹性胞质溶胶（i）包括机械化学耦合之间的循环构象波动的ATP水解反应驱动的马达蛋白和它的平移运动在最简单的双态模型的手在手运动的驱动蛋白，以及（ii）通过考虑马达和货物之间的系绳的非谐性（其最大可能的延伸长度）。它示出的主要早期的结果，如发生正常与异常运输的结合潜力，货物的大小和电机周转频率的幅度取决于不仅生存在这个更现实的模型，但结果也看起来非常相似的相应调整的参数。然而，由于双向机械化学耦合，这种更现实的模型显示出明显更大的热力学效率。对于现实的参数，最大热力学效率可以是瞬时的约50%，如对驱动蛋白所观察到的，甚至更大，令人惊讶的是，在一种新的强烈异常（子）运输机制中，其中马达酶周转也变得非常慢，并且不能以周转率为特征。在这里，货物的缓慢动力学导致了马达蛋白的缓慢循环动力学。
2014-10-09 physics.bio-ph q-bio.SC
Tuning Multiple Motor Travel Via Single Motor Velocity
基于微管的分子马达通常以小组形式工作以在细胞中运输货物。理解转运（及其在体内的调节）的一个关键问题是确定基于多电机的运动对各种单分子特性的敏感性。虽然单电机的行程距离和微管结合率已被证明有助于货物旅行，单电机速度的作用还有待探讨。在这里，我们重铸了以前的理论研究，并明确了速度对货物运输的潜在贡献。我们测试这种可能性的实验，并证明了一个强大的负相关性之间的单电机速度和货物运输由两个电机驱动的旅行。因此，我们的研究发现了一个以前不受重视的作用，单电机速度在调节多电机运输。
2016-10-04 q-bio.BM q-bio.SC
Properties of tug-of-war model for cargo transport by molecular motors
分子马达是细胞生物物理功能的基本组成部分。我们目前对多个马达如何沿着单一轨道移动的定量理解并不完整;即使单马达化学力学的模型和理论比比皆是。最近，M.J.I. M $\ddot{\rm u}$ ller { \em等}已经开发了一种拔河模型来描述货物的双向运动（PNAS（2008）105（12）P4609-4614）。通过蒙特卡罗模拟，他们发现拔河模型表现出几种定性的不同运动状态，这取决于单个运动参数的精确值，他们认为细胞可以利用这种敏感性来调节其货物运输。本文对拔河模型进行了深入的分析。所有的稳定，即，获得生物药理学可观察的稳态。取决于几个参数，该系统表现出单，双或三稳态。根据不同稳定状态的分离边界和轨道上不同运动种类的初始数目，可以预测货物运动的稳定状态，从而得到货物运动的稳定速度。研究发现，货物运动的速度甚至方向都随轨道上电机的初始数量和其他参数的变化而变化。
2009-03-20 physics.bio-ph q-bio.SC
Cooperative transport by small teams of molecular motors
分子马达为细胞内的货物定向运输提供动力。即使一台发动机足以运输货物，发动机也经常以小团队合作。本文从理论上讨论了多台发动机协同运输问题，并探讨了它的一些性质。特别是我们强调如何汽车队可以拖动货物通过粘性环境。
2006-12-04 cond-mat.stat-mech q-bio.BM q-bio.SC
Analysis of non-processive molecular motor transport using renewal reward theory
提出并分析了一个利用非进行性分子马达进行货物运输的数学模型。在我们的模型中，电机通过随机离散事件（对应于步进和绑定/解除绑定）改变状态，而货物位置遵循随机微分方程（RMM），该方程取决于电机的离散状态。由此产生的货物位置系统因此是一个随机开关，根据马尔可夫跳跃过程控制电机动力学。为了研究该系统，我们（1）将货物位置置于更新理论框架中并推广更新奖励定理;（2）分解连续和离散随机性来源并利用由此产生的一对不同的时间尺度。有了这些数学工具，我们得到明确的公式，实验测量的数量，如货物的速度和运行长度。分析这些公式，然后产生一些关于所谓的非进行性集群的预测，这种现象是一个单一的马达不能运输货物，但两个或多个马达可以。我们发现，有电机步进，绑定，和unbinding率取决于绑定电机的数量，由于几何效应，是必要的，足以解释最近的实验数据非进行性电机。
2018-09-27 physics.bio-ph q-bio.SC
Bidirectionality From Cargo Thermal Fluctuations in Motor-Mediated Transport
分子马达蛋白是细胞内运输的重要组成部分，通过产生力来沿着细胞骨架丝拖动货物。两种方向相反的马达（例如驱动蛋白、动力蛋白）可以附着在相同的货物上，已知这会产生双向净运动。虽然以前的工作集中在电机数量作为开关的驱动噪声源，我们提出了一种替代机制：货物扩散。本文提出了一个平均场数学模型来研究两种分子马达与货物热涨落（扩散）的机械相互作用。电机对货物速度波动的延迟响应被量化，允许完整模型减少单个“特征距离”，这是货物上净力的代理。然后发现该系统是亚稳态的，完全由于不同的定向运输状态之间的货物扩散切换。然后使用平均首次通过时间分析研究在这些状态之间切换的时间。切换时间被发现是非单调的货物的阻力，提供了一个实验测试的理论。
2016-12-27 cond-mat.soft math.DS physics.bio-ph
Stall force of a cargo driven by N interacting motor proteins
我们研究了一个通用的一维模型，由N马达蛋白驱动的细胞内货物对外部施加的力。该模型包括电机货物和电机电机的相互作用。货物运动由过阻尼朗之万方程描述，而电机动力学由跳跃率指定，该跳跃率遵循相对于每个跳跃事件能量变化的局部细致平衡条件。基于这个模型，我们表明，失速力，平均外力对应于零平均货物速度，是完全独立的相互作用的细节，因此，总是等于单个电机的失速力的总和。这个精确的结果是基于一个简单的假设得出的：货物失速的（宏观）状态类似于热力学平衡状态，其特征在于任何两个微观状态之间的净概率流为零，后者由相对于货物的电机位置指定。并确定了失速状态下微态的概率分布。这些预测是在完全一致的数值模拟，使用特定形式的相互作用势进行。
2017-02-28 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Effective behavior of cooperative and nonidentical molecular motors
有效漂移，扩散率，运行时间和运行长度的分析公式推导出的细胞内运输系统组成的货物连接到两个合作，但不相同的分子马达（例如，驱动蛋白-1和驱动蛋白-2），可以每个连接和脱离微管。电机和货物在每个阶段的动力学由随机微分方程控制，开关速率取决于电机和货物的空间配置。该系统是在一个限制下分析的，其中分离的电机具有比货物更快的动态，而货物又具有比连接的电机更快的动态。相对于空间动力学，附着和分离速率也被认为是缓慢的。通过应用迭代随机平均到这个系统中，并使用更新奖励理论缝合在一起的进展，在每个切换阶段，我们得到明确的解析表达式的有效漂移，扩散率，和加工的汽车货物系统。我们的方法特别考虑了在附着和分离事件期间发生的电机货物位置的跳跃，因为货物跟踪变量由于平均快速尺度而进行快速调整。的渐近公式是在一般良好的协议与直接随机模拟的详细模型的基础上的实验参数为各种配对的驱动蛋白-1和驱动蛋白-2下协助，阻碍，或没有负载。
2021-01-21 math.PR q-bio.SC
Transport of organelles by elastically coupled motor proteins
马达驱动的货物运输是一种复杂的现象，其中附着在货物上的多个马达蛋白参与拉动活动，通常导致拔河，显示双向运动。然而，大多数数学和计算模型忽略了汽车-货物相互作用的细节。在这里，我们研究了一个通用的模型，其中N个电机弹性耦合到货物，这本身是受到热噪声在细胞质和一个额外的外部施加的力。选择马达跳跃速率以满足相对于弹性拉伸能量的细致平衡。在这些假设下，构造了一个（N+1）变量的主方程的动力学的汽车货物复杂。通过扩展的跳跃率在电机位置的波动线性顺序，我们得到一个线性的福克-普朗克方程。分离出了控制平均量的确定性方程，得到了货物的平均速度和扩散系数的显式解析表达式。我们还研究了单个电机所经历的力的统计特征，并定量地描述了货物绑定电机之间的负载分配。平均货物速度和有效扩散系数被发现是刚度的递减函数。而增加的数量的电机N并没有增加的速度显着，它降低了有效的扩散系数，其下降为1/N渐近。我们进一步表明，货物绑定电机共享的力施加在货物上相等，只有在极限的消失弹性刚度;随着刚度的增加，从相等的负载分配的偏差进行观察。数值模拟与我们的分析结果符合预期。有趣的是，我们在模拟中发现，失速力的货物弹性耦合到电机是独立的刚度。
2016-06-17 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Cooperative Cargo Transport by Several Molecular Motors
从理论上研究了多个分子马达协同作用下货物粒子的输运问题。运输性质主要取决于可以同时拉动货物颗粒的马达分子的最大数量$N$。由于每个马达必须在有限步数之后从灯丝上解绑，但也可以再次重新绑定到灯丝上，因此牵引马达的实际数量不是恒定的，而是随时间在零和$N$之间变化。最大数量$N$的增加导致货物颗粒的平均行走距离（或运行长度）的强烈增加。如果货物由高达$N$驱动蛋白马达拉动，例如，行走距离估计为$5^{N-1}/N$微米，这意味着7或8个驱动蛋白分子足以获得厘米范围内的平均行走距离。如果货物颗粒抵抗外部负载力被拉动，则该力在马达之间共享，这提供了非平凡的马达-马达耦合和非线性力-速度关系的通用机制。随着载荷的增加，瞬时速度的概率分布向较小的值移动，变得更宽，并发展出多个峰值。我们的理论与现有的实验数据是一致的，并进行定量预测，可访问系统的体外实验。
2005-12-05 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.BM
Theoretical analysis of cargo transport by catch bonded motors in optical trapping assays
本文通过理论和随机模拟，分析光学捕获实验中捕获键动力蛋白马达（单个及团队）运输货物的特性，发现捕获键增强持续运动并导致首次通过时间非单调，多马达时产生重入现象。
2023-11-16 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.SC
Fluctuation effects in bidirectional cargo transport
我们讨论了生物细胞中双向货物运输的理论模型，该模型由分子马达驱动，并受到热波动的影响。该模型明确地描述了分子马达在纤维上的定向运动。发动机-货物耦合通过线性弹簧实现。通过广泛的蒙特卡罗模拟，我们表明，该模型描述了实验观察到的制度的异常扩散，即subdiffusive行为在短时间内，其次是在中间时间的超扩散。模拟结果表明，亚扩散运动是由热涨落引起的，而超扩散运动是由发动机活动的相关性引起的。我们还测试了双向货物运输在拥挤地区的效率，通过测量其通过增加粘度的障碍物的能力。我们的研究结果表明，高粘度的效率显着增益。
2014-09-27 physics.bio-ph q-bio.SC
Cooperative Protofilament Switching Emerges from Inter-Motor Interference in Multiple-Motor Transport
在活细胞内，货物的运输是由一组分子马达完成的。这种集体运输可以利用从运动间相互作用中产生的机制，其方式尚未完全理解。在这里，我们结合实验测量的两个驱动蛋白运输的理论框架，以调查的功能性后果，个别电机功能和集体货物运输的电机间的相互作用。相反，驱动蛋白的低回避频率时，目前作为一个单一的电机，正好有两个驱动蛋白每货物，我们观察到大量的运动垂直于微管。我们的模型捕获了驱动蛋白的表面相关模式，该模式只能通过组中的运动间干扰来访问，其中驱动蛋白沿着微管表面扩散并在原丝之间快速“跳跃”而不从微管解离。重要的是，每个驱动蛋白动态地在主动步进模式和这种弱表面相关模式之间转换，从而增强微管表面的局部探索，可能使细胞货物克服大分子拥挤并沿着微管轨道导航障碍物而不牺牲整体行进距离。
2016-10-01 q-bio.BM q-bio.SC
Effective transport statistics for cooperative molecular motor ensembles with tether slack
The University of Scranton（斯克兰顿大学）；Arizona State University（亚利桑那州立大学）；Rensselaer Polytechnic Institute（伦斯勒理工学院）
本文针对带松弛系绳的双分子马达集合体输运模型，修改渐近分析并提出双指数参数化方法，使理论统计与模拟结果吻合，为细胞内输运建模提供改进方案。
2026-10-14 q-bio.SC
Stochastic simulations of cargo transport by processive molecular motors
我们使用随机计算机模拟研究运输的球形货物颗粒沿着微管样的轨道上的平面基板上的几个驱动蛋白样的加工马达。我们新开发的粘合剂电机动力学算法结合了数值积分的朗之万方程的运动与动力学规则的分子马达的球。朗之万部分包括扩散运动、牵引马达的作用以及球与壁之间的流体动力学相互作用。电机的动力学规则包括绑定到灯丝和从灯丝解除绑定以及主动电机步骤。我们发现，模拟的平均运输长度呈指数增长与绑定电机的数量，与早期的结果吻合得很好。对于用作连接器力学模型的弹簧和电缆，在电机轨道的绑定范围内的电机数量随时间波动，具有泊松分布。只有在粘度和附着时间高的情况下，才会出现在相等载荷分担意义上的协同性。
2009-12-11 cond-mat.soft q-bio.BM q-bio.SC
Traffic by small teams of molecular motors
分子马达沿着细胞骨架丝运输各种货物，类似于公路上的卡车。然而，与交通工具不同的是，分子马达不是单独工作，而是以小团队的形式工作。我们描述了一个简单的模型，由一组发动机和两组发动机运输货物，这两组发动机向相反的方向行驶。我们在体外实验中观察到，一组马达的合作产生了长距离运输。两组马达的运输导致各种双向运动行为和动态不稳定性，使人想起自发对称性破缺。我们还讨论了货物运输队的电机允许细胞产生强大的远程双向运输。
2008-07-07 cond-mat.stat-mech q-bio.SC
Tug-of-war of molecular motors: the effects of uneven load sharing
我们从理论上分析了两种极性相反的马达沿微管运输货物的问题。我们考虑两种不同的一维模型先前在文献中开发。一方面，一个相当普遍的模型，假设相等的力共享，这里称为平均场模型（MFM）。另一方面，一个随机模型（SM），考虑个别汽车货运环节。我们发现，在一般情况下，MFM预测更大的货物平均速度，较小的平均运行时间和更少的频繁的逆转比SM。这些现象被认为是负载分担假设的后果，可以解释为不同运动状态的概率。我们还探讨了两种模型中的粘度的影响和SM内的马达货物链接的刚度的作用。我们的研究结果表明，平均货物速度是独立的刚度，而平均运行时间减少这样一个参数。我们探讨的情况下，对称的向前和向后的电机考虑驱动蛋白-1参数，和运输的问题驱动蛋白-1和细胞质动力蛋白考虑两组不同的参数先前提出的动力蛋白。
2011-11-29 physics.bio-ph q-bio.SC
Traffic Jams and Shocks of Molecular Motors inside Cellular Protrusions
分子马达参与肌动蛋白基细胞突起内的关键运输过程。马达将货物蛋白运送到突起尖端，参与调节肌动蛋白聚合，并在促进这种突起的生长和形成中起关键作用。据观察，马达积累在细胞突起的尖端，并且另外形成聚集体，发现这些聚集体以肌动蛋白微铣削的速率向突起基部漂移。我们提出了一个一维驱动的晶格模型，其中电机变得不活跃后，提供他们的货物在尖端，或失去他们的货物，以无货物的邻居。结果表明，实验观察结果可以解释为在尖端形成的交通堵塞。该模型使用一种新的平均场和冲击分析的应用程序来解决。我们发现一类新的冲击，经历间歇性崩溃，平均不服从朗肯-Hugoniot关系。
2013-09-29 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.SC
Asymptotic Analysis of Microtubule-Based Transport by Multiple Identical Molecular Motors
我们描述了一个系统的随机微分方程（SDES）模型之间的相互作用进行性分子马达，如驱动蛋白和动力蛋白，和生物分子货物，他们拖作为微管为基础的细胞内运输的一部分。我们表明，经典的实验环境适合在一个参数范围内，这是定性不同的条件下，人们期望在活细胞中找到。通过渐近分析我们的系统的SDES，我们开发了一种方法，用于应用在体外观察的非线性响应的电机上所连接的货物上引起的力进行分析预测的两个参数的制度，迄今为止，逃避直接的实验观察：1）高粘度的体内运输和2）动力学时，多个相同的电机连接到货物和微管。
2011-11-02 math.PR physics.bio-ph q-bio.SC
Active and Passive Transport of Cargo in a Corrugated Channel: A Lattice Model Study
在细胞内，通过分子马达在细胞骨架轨道上的主动运动和被动的布朗扩散，将诸如囊泡和细胞器的货物运输到它们的正确位置。在运输过程中，马达-货物复合物（MCC）在细胞骨架网络和其他大分子的限制和拥挤的环境中导航。受此启发，我们研究了一个最小的两态模型的电机驱动的货物运输的限制和预测的运输性能，可以在实验中进行测试。我们假设的MCC的运动是直接受熵的障碍，由于禁闭，如果它是在被动的，未绑定的状态，但不是在主动的，绑定的状态，它以恒定的绑定速度移动。我们构建了一个晶格模型的基础上的福克普朗克描述的两态系统，研究它使用的动力学蒙特卡罗方法，并比较我们的数值结果与平均场极限的解析表达式。我们发现，约束的效果强烈地依赖于绑定速度和绑定动力学的MCC。约束有效地降低了有效扩散率和平均速度，除非它导致平均结合率提高，从而导致比无约束时更大的平均速度。
2018-04-07 cond-mat.soft q-bio.SC
Lattice-gas model for active vesicle transport by molecular motors with opposite polarities
我们引入了一个多物种的格子气模型来研究马达蛋白驱动的细胞细丝上的集体货物运输。我们用这个模型来描述和分析集体运动的相互作用的囊泡货物进行相反方向的分子马达，移动在一个单一的生物丝。建立在一个完全不对称的排斥过程（TASEP）来表征相互作用的货物的运动，我们允许与环境，输入和输出的质量交换在细丝的边界，并专注于相互转换率的作用，以及它们如何影响净货物运输的方向性。我们量化的各种不同的竞争过程中的非平衡相图的影响。相互转化率的相互作用，允许通量反转和蒸发/沉积过程中引入定性的新功能的相图。我们观察制度的三相共存，相位重新进入的可能性和一个显着的灵活性，在不同的相边界如何转移，以响应控制参数的变化。该模型的移动稳态解允许货物囊泡的空间分布的不同可能性，范围从囊泡的均匀分布到极化分布，其特征在于不均匀性或{ \it冲击}。在这个模型的框架内，由于内部监管而导致的电流逆转自然出现。我们相信，这种极小模型将澄清集体囊泡运输的许多功能的理解，除了作为基础，为囊泡运输相关的各种{ \it在体内}的情况下，建立更精确的定量模型。
2010-09-09 cond-mat.stat-mech q-bio.SC
Microtubule Defects Influence Kinesin-Based Transport In Vitro
微管是蛋白质聚合物，形成活细胞内长距离运输的“分子高速公路”。分子马达积极地沿着微管在细胞核和细胞外围之间穿梭细胞物质;这种运输对于所有真核细胞的生存和健康至关重要。微管中存在结构缺陷，但这些缺陷是否影响基于分子马达的运输仍然未知。在这里，我们报告一个新的，据我们所知，方法，使我们能够直接调查这些缺陷的影响。使用一种改进的光捕获方法，我们研究了一个主要的分子马达，传统的驱动蛋白，当运输货物沿个别微管的组功能。我们发现，微管缺陷影响驱动蛋白为基础的运输在体外。这种影响取决于马达数量：由少数马达驱动的货物倾向于过早地从微管中解脱出来，而由更多马达驱动的货物则倾向于暂停。据我们所知，我们的研究提供了微管缺陷和驱动蛋白功能之间的第一个直接联系。在我们的研究中发现的影响可能具有体内生理相关性。
2016-10-04 q-bio.BM q-bio.SC
Dynein catch bond as a mediator of codependent bidirectional cellular transport
微管细丝上货物的细胞内双向运输是通过反向动力蛋白和驱动蛋白马达的集体作用实现的。实验已经发现，在某些情况下，抑制一种类型的运动的活动导致细胞货物在两个方向上的运动性的总体下降。这种违反直觉的观察，被称为{ \em相互依赖悖论}，与现有的反向马达之间的机械拔河范式不一致。与驱动蛋白不同，动力蛋白马达表现出捕获结合，其中这些马达的解结合速率随着作用在它们上的力的增加而降低。在一个理论模型中阐明动力蛋白的这种捕获结合行为，我们表明，两种马达物种的功能分歧表现为一种内部调控机制，并导致生物相关制度中的相互依赖的运输行为。利用解析方法和随机模拟，我们分析了连续性的特点和概率分布的运行时间和暂停时间的运输细胞货物。我们发现，捕捉键合可以大大改变的传输特性，也提供了一个合理的解决方案的悖论的相互依赖。
2019-08-13 physics.bio-ph q-bio.SC
Memory effects and Lévy walk dynamics in intracellular transport of cargoes
我们证明了在细胞内运输的累积惯性的现象，涉及多个电机蛋白在人类上皮细胞通过测量经验的生存概率的货物的微管和他们的脱离率。我们发现，货物在微管上移动的时间越长，它从微管上脱离的可能性就越小，因此，货物的运动是非马尔可夫的，并且涉及记忆。我们观察到记忆效应的规模高达2秒。我们提供了一个理论之间的联系测得的脱离率和超扩散利维步行样货物运动。
2018-10-25 cond-mat.stat-mech q-bio.SC
Transport by molecular motors in the presence of static defects
本文从理论上研究了静态缺陷下分子马达沿细胞骨架丝的运输。单电机的运动被描述为沿着灯丝的有偏随机行走以及绑定到灯丝和从灯丝解绑定。三种基本类型的缺陷进行了区分，这不同于正常的灯丝网站，只有在一个电机的过渡概率。步进缺陷与减少的概率向前步骤和未绑定缺陷与增加的概率电机未绑定强烈降低的速度和运行长度的电机与缺陷密度增加。对于通过单个马达的运输，马达结合的概率降低的结合缺陷对运输性质具有相对小的影响。对于由马达队进行的货物运输，结合缺陷也改变了货物颗粒的有效解结合率，并且预计具有更强的影响。
2009-05-07 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.SC
Catch bond mechanism in Dynein motor driven collective transport
最近的实验表明，动力蛋白马达表现出捕获键合行为，其中单个动力蛋白的解键速率随着力的增加而减小，对于一定范围的力。受这些实验的启发，我们提出了一个模型，捕捉绑定动力蛋白使用阈值力键变形（TFBD）模型，其中捕捉绑定集在超过一个临界施加的负载力。在此模型框架内，我们研究了捕获结合对多个动力蛋白马达所携带的细胞货物的单向运输特性的影响。我们发现捕获键合可以导致运输特性的巨大变化，这与驱动蛋白驱动的单向运输形成鲜明对比，其中捕获键合是不存在的。我们预测，在某些条件下，蜂窝状货物的平均速度实际上可以随着施加的载荷的增加而增加。我们用捕获键强度和电机失速力参数空间中的速度剖面相位图来表征输运性质。这个相图产生的预测，可以通过适当的修改电机运输和绑定性能的实验访问。我们的工作需要重新审视现有的集体双向运输的细胞货物的动力蛋白在本文中描述的捕获键效应预计将发挥至关重要的作用的理论。
2016-02-07 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.SC
Cytoskeletal filament length controlled dynamic sequestering of intracellular cargo
运动货物的空间定位或隔离及其在细胞内的分散是许多生理环境中的重要过程。细胞骨架网络的形态，沿着其发生主动的、马达驱动的细胞内运输，在调节这些运输阶段中起着关键作用。在这里，我们使用一个计算模型来解决动态隔离的存在和敏感性，以及它如何依赖于控制细胞骨架网络几何形状的参数，重点是细丝长度和极化远离或朝向周边。我们的细胞内运输模型解决了货物的概率分布的时间演化，该货物通过被动扩散在散装细胞质中运输，并由明确呈现的极性细胞骨架丝随机取向的马达驱动。我们发现，根据网络中细丝的长度和极化，动态隔离区域可以在细胞的不同区域形成。此外，我们发现，对于某些参数，货物的停留时间是非单调的增加细丝长度，表明动态封存的最佳制度，是潜在的可调通过细丝长度。我们的结果与{ \it in vivo}观察结果一致，并表明通过细胞骨架网络调节可调地控制货物螯合的能力可以提供调节细胞内转运阶段的一般机制。
2019-07-15 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.SC
Fluctuation analysis of mechanochemical coupling depending on the type of bio-molecular motor
研究了细胞中两种不同类型的肌球蛋白马达的机械化学耦合：肌球蛋白V，其作为单个分子长距离携带货物;和肌球蛋白II，其与其他肌球蛋白II分子合作产生收缩力。肌球蛋白V速度的平均值和方差在不同的[ATP]服从Michaelis-Menten力学，符合紧密的机械化学耦合。肌球蛋白II，在一个合奏，然而，被解释为一个松散的耦合机制，产生可变的步长取决于ATP浓度和实现一个更大的步骤（200 nm）每个ATP水解比肌球蛋白V通过其合作性质在零负荷。这些不同的机制对于各自的肌球蛋白的生理功能是理想的。
2008-01-09 q-bio.SC
Spatial Organization of the Cytoskeleton enhances Cargo Delivery to Specific Target Areas on the Plasma Membrane of Spherical Cells
细胞内转运对于细胞的正常功能和存活至关重要。货物（蛋白质、囊泡、细胞器等）通过分子马达辅助的沿细胞骨架丝的运输从其产生位置转移到其靶位置。运输效率受到细胞骨架的空间组织的强烈影响，细胞骨架构成了一个不均匀的复杂网络。在具有中心体的细胞中，微管从中心微管组织中心向细胞周边呈放射状生长，而肌动蛋白丝在细胞膜下形成密集的网状结构，即肌动蛋白皮质，具有广泛的取向范围。由于拥挤的细胞质中的分离和再附着过程的收缩交叉节点或周期，沿着细丝的新兴弹道运动经常被中断。为了研究由细胞骨架的特定空间组织建立的搜索策略的效率，我们制定了一个具有间歇性逮捕状态的随机速度模型。通过大量的计算机模拟，我们分析了窄逃逸问题的平均首次通过时间对细胞骨架的结构特征，运动特性和在每个状态下花费的时间分数的依赖性。我们发现，一个不均匀的架构与一个小宽度的肌动蛋白皮层构成了一个有效的细胞内搜索策略。
2016-11-16 physics.bio-ph q-bio.SC
Force-velocity relations for multiple-molecular-motor transport
建立了$N$分子马达货物运输的转移率模型。在稳态假设下，多电机系统的力-速度曲线可以由单电机的力-速度曲线推导出来。研究表明，在低负载情况下，多电机系统的速度随电机数的增加而减小或增大，这取决于单电机的力-速度曲线。最常见的是，速度降低。这可能解释了最近发生的一些
2009-10-01 physics.bio-ph q-bio.BM q-bio.SC
Intracellular transport driven by cytoskeletal motors: General mechanisms and defects
电池是由连续能量供应驱动的强烈失衡系统。它们执行许多重要的功能，需要各种成分和细胞器的主动运输，一些很小，另一些很大。细胞骨架由三种类型的细丝组成，决定了细胞的形状，并在细胞运动中发挥作用。它还充当所谓的细胞骨架马达的道路网络。这些分子可以附着在细胞骨架丝上，进行定向运动，可能携带一些货物，然后分离。理解由分子马达驱动的细胞内转运是如何调节的是一个中心问题，特别是因为它的分解是一些神经元疾病如阿尔茨海默病的特征之一。本文综述了目前有关微管转运的知识。我们首先回顾了一些从实验中获得的生物事实，并提出了一些基于元胞自动机的建模尝试。我们从TASEP（完全不对称简单排除过程）的原始和变体的背景知识开始，然后转向更面向应用的模型。在解决微管为基础的运输一般，重点是在体外实验，并在运输大型货物的多个电机的合作效应，我们集中在轴突运输，因为它的相关性神经元疾病。这是一个挑战，以了解这种运输是如何组织的，因为它发生在一个封闭的环境中，并涉及几种类型的电机在相反的方向上移动。我们回顾了几个功能，可能有助于这种运输的效率，包括电机电机的相互作用和动力学的基础微管网络的作用。最后，我们讨论了一些尚未解决的问题。
2015-07-22 physics.bio-ph q-bio.SC
Effectiveness of a dynein team in tug-of-war helped by reduced load-sensitivity of detachment: evidence from study of bidirectional endosome transport in Dictyostelium discoideum
细胞中分子马达的双向货物运输是一种复杂的现象，其中货物（通常是囊泡）交替地在逆行和顺行方向上移动。在这种情况下，相对拉动的马达组（例如，驱动蛋白和动力蛋白）同时与货物结合，并“协调”它们的活动，使运动由正向和负向片段组成，并由不同持续时间的停顿隔开。最近的一组实验分析了阿米巴D中内体的双向运动。discoideum详细介绍结果发现，在方向开关之间，一组5-6个动力蛋白在拔河中与更强的驱动蛋白对抗，持续近一秒。由于驱动蛋白在失速载荷下的平均分离时间也被观察到为~ 1 s，我们推断动力蛋白组装体的集体分离时间也必须是相似的。在这里，我们从建模的角度来分析这种推断，使用实验测量的单分子参数作为输入。我们发现，通常假设的指数负载依赖的脱离率是不一致的观察，因为它预测，5-动力蛋白组件将脱离其组合失速负载在不到百分之一秒。一个修正的模型，其中的负载依赖的松解率被假定为饱和在失速力水平的超失速负载给出的结果是与实验数据一致。我们的分析表明，在一个团队中的动力蛋白的负载依赖的分离是定性不同的亚失速和超级失速负载，这是可能有影响的结论，在其他情况下，涉及许多电机的集体效应。
2012-05-26 physics.bio-ph q-bio.SC
The role of microtubule movement in bidirectional organelle transport
我们研究了微管运动在果蝇S2细胞双向细胞器运输中的作用，并表明EGFP标记的过氧化物酶体在细胞中作为电机诱导的，嘈杂的细胞骨架运动的敏感探针。多个过氧化物酶体在大的时间窗口内一致移动，并显示与微管尖端位置的相关性，表明微管在纵向方向上的快速波动。我们报告的第一个高分辨率测量纵向微管波动进行跟踪这样的对共同移动的过氧化物酶体。由此产生的图片显示，电机依赖的纵向微管振荡显着有助于货物沿微管运动。因此，与传统观点相反，细胞器运输不能仅仅用沿着固定微管轨道的货物运动来描述，而是包括轨道运动的强大贡献。
2008-08-12 physics.bio-ph q-bio.SC
A model for motor-mediated bidirectional transport along an antipolar microtubule bundle
细胞器的长距离双向运输依赖于马达蛋白驱动蛋白和动力蛋白。使用从真菌模型系统获得的定量数据，我们以前开发的ASEP模型的电机沿单极微管（MT）附近的细长菌丝细胞的细胞末端（本文称为“单极部分”）的双向运动。然而，最近在该系统中的定量活细胞成像已经证明，马达及其内体货物的长程运动性主要沿着细胞的中心部分（本文称为“双极部分”）内的延伸的反极微管束发生。动力蛋白和驱动蛋白-3马达协调它们的活动以双向方式移动早期内体（EE），其中动力蛋白沿着靠近细胞极的单极部分介导逆行运动，而驱动蛋白-3负责沿着反极部分的双向运动。在这里，我们扩展我们的建模方法来模拟沿反极微管束的双向运动。在我们的模型中，货物（颗粒）改变方向的每个MT与转向率$Ω$和MT相互连接在负端，在那里颗粒可以跳跃MT之间的速率$q_1$（障碍诱导切换率）或$q_2$（端诱导切换率）。通过数值模拟和平均场近似，我们研究了不同总密度$Θ$的MT的粒子分布。我们发现，即使$Θ$很低，系统也可以在正端和负端附近的密度分布中表现出由粒子碰撞引起的激波。我们还讨论了如何切换率$q_{1,2}$的影响类型的电机，占主导地位的积极运输束。
2012-11-21 cond-mat.stat-mech math-ph math.MP
Mean-field analysis of two-species TASEP with attachment and detachment
在细胞中，大部分的物质都是通过运动蛋白沿微管转运的。在生物病理学上，大量马达蛋白沿单一轨道的单向运动可以用完全不对称简单排除过程（TASEP）来描述。由此可以得到许多有意义的性质，如域壁（定义为运动蛋白沿运动轨迹的高密度和低密度的边界）和边界层的出现。然而，从生物学上看，很明显，一个单一的轨迹可能被不同的运动物种占据。因此，以往基于单一粒子种类的TASEP的研究不足以发现电机沿单一轨迹运动的更详细的特性。为了解决这个问题，TASEP与两个粒子物种在这项研究中进行了讨论。给出了计算各种粒子密度的理论方法。利用这些方法，得到了与相变有关的粒子密度的性质。我们的分析表明，单粒子密度的畴壁和边界层总是与总粒子密度的畴壁和边界层同时出现。总粒子密度的畴壁高度等于单个粒子密度的总和。给出了典型模型参数的相图。本研究所提出的方法可推广应用于分析具有更多粒子种类的TASEP。
2015-03-05 q-bio.SC
Traffic of Molecular Motors
分子马达沿着细胞骨架丝进行主动运动，并驱动细胞器和其他货物颗粒在细胞中的运输。然而，与汽车的宏观交通相反，分子马达的交通特征在于有限的行走距离（或运行长度），之后马达从它移动的细丝上解开。未结合的马达在周围的水溶液中进行布朗运动，直到它们重新结合到细丝上。我们使用驱动格子气模型的变体来描述它们的主动运动，未绑定的扩散和绑定/未绑定的动态的相互作用。如果电机的浓度是大的，电机电机的相互作用变得重要，并导致各种合作的交通现象，如交通堵塞的细丝，边界诱导的相变，和自发对称性破缺系统中的两种电机。如果灯丝被大的马达储存器包围，则堵塞长度，即，交通堵塞的程度与步行距离相当。更长的堵塞可以在受限的几何形状中找到，例如管状隔室。
2005-12-06 cond-mat.stat-mech q-bio.SC
Self-organized lane-formation in bidirectional transport of molecular motors
在细胞内，囊泡和蛋白质沿着细胞骨架丝活跃地运输几微米。沿着微管的运输是由动力蛋白和驱动蛋白马达推动的，它们以相反的方向运送货物。即使在强限制下，例如在轴突中，双向细胞内运输也以很高的效率进行。对于这类输运系统，一般会期望形成团簇形成。在这项工作中，我们讨论了最近观察到的自我增强的结合亲和力沿驱动蛋白的轨迹上的MT的效果。我们引入了一个随机格子气模型，其中增强的结合亲和力是通过地板场实现的。从蒙特卡罗模拟和平均场分析，我们表明，这种机制可以导致自组织的破障和车道的形成，这确实导致有效的双向运输在狭窄的环境。
2020-02-27 physics.bio-ph q-bio.SC
A Stochastic Markov Model for Coordinated Molecular Motors
许多细胞功能是通过细胞内大分子沿纤维的转运机制来实现的。分子马达如动力蛋白或驱动蛋白是在这些过程中起主要作用的蛋白质。当只有一个蛋白质移动货物颗粒时，这种蛋白质的行为就很好理解了。事实上，已经进行了大量的体外实验来推导单个分子马达的精确模型。然而，体内大分子通常由多个马达携带。本文的主要重点是提供一个分析的行为更多的分子马达相互作用在一起，以提高他们的实际生理行为的理解。先前的研究提供了基于从蒙特卡罗模拟获得的结果的分析。与这些研究不同的是，我们推导出了一个等价的概率模型来描述多个蛋白质偶联在一起的动力学行为，并提供了精确的理论分析。我们能够获得马达蛋白构型的概率密度函数，从而能够更深入地了解它们的行为。
2010-12-19 nlin.CD physics.bio-ph q-bio.SC
Transition to superdiffusive behavior in intracellular actin-based transport mediated by molecular motors
细胞器、囊泡、蛋白质等大分子物质在细胞内的转运是一个复杂的动力学过程，涉及ATP消耗的分子马达、细胞骨架丝和粘弹性细胞质的相互作用。作为时间的函数的细胞质中的粒子或探针的位移的特征在于不同的（异常）扩散制度。我们在这里调查的运动肌球蛋白-V马达驱动的色素细胞器（黑素体）在\emph{Xenopus laevis}黑素细胞使用高时空分辨率跟踪技术。通过分析所获得的轨迹的均方位移（MSD）的时间滞后的函数，我们表明，黑素体显示subdiffusive超扩散行为之间的过渡。一个随机的理论模型被引入到我们的数据的解释概括。从广义朗之万方程，明确考虑集体行动的分子马达，我们推导出的MSD作为一个函数的时间滞后，这也考虑到了实验噪声的解析表达式。通过将我们的模型拟合到实验数据，我们能够区分表征黑素体动力学的被动和主动贡献的指数。该模型还正确地估计了“全局”电机力。从这个意义上说，我们的模型给出了一个定量的描述，在活细胞中的主动运输的参数减少。
2009-04-14 physics.bio-ph q-bio.SC
Molecular motors: design, mechanism and control
每个动物细胞的生物功能都依赖于各种各样的分子马达的协调运作。其中一些发动机将货物运送到各自的目的地，而另一些则是移动车间，在轨道上移动时合成大分子。其他一些电机被设计为包装机和搬运机。所有这些电动机都需要输入能量来执行其机械功，并且在远离热力学平衡的条件下运行。这些马达的典型尺寸和它们产生的力分别为纳米和皮牛顿的量级。它们受到周围水介质分子的随机轰击，因此遵循嘈杂的轨迹。由于它们的小惯性，它们在粘性细胞内空间中的运动表现出在低雷诺数下流体动力学的特征。在这篇文章中，我们将讨论物理学家如何对这些机器进行理论建模和计算机模拟，以深入了解它们的机制，工程师可以利用这些机制来设计和控制人造纳米电机。
2008-01-10 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph physics.pop-ph
Sufficient conditions for the additivity of stall forces generated by multiple filaments or motors
分子马达和细胞骨架丝在大多数情况下在相反的力下共同工作。这种相反的力可能是由于马达携带的货物或来自细胞膜挤压细胞骨架丝的阻力。最近的一些研究表明，由多个细胞骨架细丝或分子马达产生的集体最大力（失速力）可能并不总是单个细丝或马达的失速力的简单总和。为了理解这种过剩或赤字的集体力量，我们研究了广泛的一类模型的细胞骨架丝和分子马达。我们认为，由一组灯丝或电机产生的失速力是加性的，即$N$数量的灯丝（电机）的失速力是$N$倍的一个灯丝（电机）的失速力，当系统在失速平衡。相反，我们表明，这种添加剂的属性通常不成立时，系统在失速不平衡。因此，我们提出了一个新的和统一的理解现有的模型表现出这种非加性，并概括我们的论点，通过开发新的模型，证明这种现象。我们还提出了一个类似于热力学效率的量，可以很容易地预测这种偏离失速力加性的灯丝和电机集体。
2016-09-26 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.SC
Run-and-pause dynamics of cytoskeletal motor proteins
细胞骨架马达蛋白参与主要的细胞内转运过程，这对于维持适当的细胞功能至关重要。电机表现出不同的运动状态：沿细丝的主动运动，和有效的固定相，其中它从细丝分离，并在附近的分离点由于细胞质拥挤进行被动扩散。运动阶段和暂停阶段之间的转换率一般是不对称的，并且受到环境条件变化的很大影响，环境条件的变化会影响货物交付到特定目标的效率。通过考虑分子马达在单纤维上的运动以及动态纤维网络，我们提出了一个分析模型的自推进粒子的动力学经历频繁的暂停阶段。运动持续性，丝状网络的结构特性和运动的两种状态之间的过渡速率之间的相互作用急剧改变了动力学：不同类型的异常扩散动力学之间的多个过渡发生和交叉时间的渐近扩散或弹道运动变化了几个数量级。我们绘制出的过渡率的空间中的相图，并解决所产生的动力学运动的初始条件的作用。
2016-11-28 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.SC
Emergent Spatiotemporal Organization in Stochastic Intracellular Transport Dynamics
本综述探讨了活细胞内随机运输动力学如何形成精确稳健的时空秩序，分析了内体等组分在拥挤环境中协同运输货物的机制，并总结了噪声抑制与利用的原理及未来研究方向。
2023-07-02 physics.bio-ph q-bio.QM q-bio.SC
Stochastic modelling of collective motor protein transport through a crossing of microtubules
真核细胞中的细胞骨架起着几个至关重要的作用。在细胞内运输方面，马达蛋白使用细胞骨架丝作为骨架，它们可以沿着骨架主动运输生物货物，例如携带生化反应物的囊泡。这些细丝之间的交叉是一个关键因素，因为它们可能改变这种有效载荷的目的地。虽然已知马达蛋白在这样的交叉点上表现出丰富的行为，但后者迄今为止仅被建模为简单的分支点。在这里，我们探讨了一个模型，两个微管之间的交叉保留的个人轨道组成的原丝，我们构建了一个示意图表示的运输路径。我们研究集体运输例示的完全不对称的简单排斥过程（TASEP），并提供了一个全面的分析的运输功能和相关的相图，通过一个通用的平均场的方法，我们确认通过基于粒子的随机模拟。特别是，我们表明，通过这样一个复合交叉运输不能近似从一个简单的分支点粗粒度的结构。相反，它产生了全新的和违反直觉的特征：交通流的基本电流密度关系不再是单值函数，而且根据它是在交叉口的上游还是下游观察到的而有所不同。我们认为，这些新的功能可能是直接相关的解释实验测量。
2020-06-18 physics.bio-ph q-bio.SC
Quantitative Determination of the Probability of Multiple-Motor Transport in Bead-Based Assays
由于分子马达的最长尺寸通常小于100 nm，因此它们明显低于光学分辨率极限。尽管在荧光成像方法的重大进展，标记珠仍然是关键的光学捕获为基础的调查分子马达。基于珠粒的测定中的关键实验挑战是珠粒上的马达的数量没有很好地定义。特别是对于单分子研究，单与多电机事件的概率还没有实验研究。在这里，我们使用珠行程距离作为多电机运输的指标，并确定了两个或更多个电机的珠运输的下限概率。我们限制ATP浓度，以增加我们的检测灵敏度为多个与单驱动蛋白运输。令人惊讶的是，除了最低的电机数量，我们的测量结果超过了以前模型的估计R2倍。为了弥合理论与实验之间的这一明显差距，我们推导出了多个电机的珠粒运输概率的封闭形式表达式，并使用我们的实验测量来约束该模型中唯一的自由参数。我们的数据表明，驱动蛋白在珠运输过程中延伸到~57 nm，这表明驱动蛋白利用其构象的灵活性与微管在高度弯曲的界面，如那些存在于细胞中的囊泡运输相互作用。据我们所知，我们的研究结果提供了第一个实验约束的指导估计的概率多电机运输的光学捕获研究。这里使用的实验方法（限制ATP浓度）通常适用于分子马达用人工或从细胞提取物中纯化的货物标记的研究。
2016-10-04 q-bio.BM q-bio.QM q-bio.SC
Running faster together: huge speed up of thermal ratchets due to hydrodynamic coupling
我们提出的模拟，揭示了一个令人惊讶的热棘轮马达的速度上的流体动力耦合的大效果。我们使用的模型认为粒子在流体动力学溶剂中进行热棘轮运动。使用基于粒子的，介观模拟，保持当地的动量守恒，我们定量分析如何耦合到周围的流体影响棘轮运动。我们发现，耦合可以增加运动粒子的平均速度几乎两个数量级，正是因为棘轮运动既有扩散和确定性的组成部分。所产生的偶联也导致在较长时间内形成聚集体。我们所描述的相关运动增加了马达递送的货物运输的效率，并且我们推测我们所发现的机制可能在加速分子马达驱动的细胞内运输中起关键作用。
2012-09-19 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
