Encoding and ordering X-cactuses
系统发生网络是进化树或系统发育树的推广，通常用于表示相互交叉的物种的进化。一种特殊类型的系统发生网络是{ \em $X$ -cactus}，它本质上是一个仙人掌图，其中所有度小于3的顶点都被至少一个来自物种集合$X$的元素标记。在本文中，我们提出了一种{ \em编码} $X$ -仙人掌的方法，在某些集合的分区自然产生的$X$的$X$ -仙人掌。使用这种编码，我们还介绍了一个偏序集的$X$ -仙人掌（同构），并得出一些结构性质的偏序集。这包括分析其最小上界和最大下界的一些性质。我们的结果不仅将系统发育树的一些基本性质推广到$X$ -仙人掌上，而且为解决系统发育网络理论中的热点问题（如一致性网络的推导）提供了一种新的方法.
2021-09-07 math.CO q-bio.PE
Approximate Bayesian computation for Markovian binary trees in phylogenetics
本文针对系统发育学中多样化速率推断问题，提出基于马尔可夫二叉树（MBTs）的近似贝叶斯计算（ABC）方案，利用树形信息检测性状相关的速率变化，模拟与真实蜥蜴类数据验证其准确性与应用价值。
2024-10-04 math.ST q-bio.PE stat.AP
Diversity dynamics in Nymphalidae butterflies: Effect of phylogenetic uncertainty on diversification rate shift estimates
蛱蝶科（Nymphalidae）是蝴蝶中最大的科，被用来发展解释植物和昆虫之间进化相互作用的假说。昆虫和寄主植物动力学理论预测在某些情况下会加速多样化。我们调查了系统发育的不确定性是否影响一个常用的方法（MEDUSA，模拟进化多样性，逐步AIC），估计家庭蛱蝶科谱系的多样化率的变化，通过扩展的方法运行在一个随机样本的系统发育树从贝叶斯运行的后验分布。我们发现，系统发育的不确定性极大地影响多样化率估计。不同的树从后验分布可以给多样化率范围从高值几乎为零，为同一分支，和一些分支都显着的速率增加和减少估计。在最大可信度树上发现的13个显著变化中，只有3个在95%以上的树中是一致的：（i）在Ithomiini部落中茄科饲养者的加速多样化;（ii）在Charaxes属中加速多样化;（iii）在Danaina中减速。通过使用二元物种形成和灭绝模型（BISSE），我们发现，寄主植物转移到茄科或共分布的字符是负责增加的多样化率在Ithomiini，结果是一致的扩散共物种形成假说。向夹竹桃科的转变并不是Danaina多样化放缓的原因。我们的研究结果表明，考虑系统发育的不确定性时，估计多样化率的变化是非常重要的，并依赖于最大可信度树单独可能会给出错误的结果。
2013-02-26 q-bio.PE
Orienting undirected phylogenetic networks to tree-child network
本文研究将无向二分系统发育网络定向为tree-child网络的问题，给出了tree-child可定向性的必要条件与图规模紧致上界，引入了jellyfish图和ladder图等新网络族，并提出用最少额外叶子节点将ladder图定向为tree-child网络的算法。
2023-05-17 cs.DM math.CO q-bio.PE
On the complexity of computing MP distance between binary phylogenetic trees
在植物遗传学领域，人们对量化两棵树的相异性的距离度量有很大的兴趣。最近，提出了一种新的距离度量：最大简约（MP）距离。这是基于所考虑的两棵树上单个字符的简约性得分的差异，目标是找到最大化这种差异的字符。在这里，我们表明，两个\emph{binary}系统发育树的MP距离的计算是NP-难的。这是一个非常重要的扩展较早的NP-硬度证明两个多分叉系统发育树，它是特别相关的突出的二叉树在遗传学文献。作为推论的主要硬度结果，我们表明，MP距离的计算也很难二叉树，如果可用的状态数是有界的。事实上，通过一个不同的减少，我们表明，这是困难的，即使只有两个国家。最后，作为第一个回应，这个硬度，我们给出了一个简单的线性规划（ILP）制定，这是能够计算MP距离正是小树（和较大的树木时，只有少量的字符状态），这是用来计算验证所需的硬度证明几个辅助结果。
2015-01-18 cs.CE cs.DS math.CO
ARTreeFormer: A Faster Attention-based Autoregressive Model for Phylogenetic Inference
针对 ARTree 在树拓扑节点表示计算中重复遍历和局部消息传递效率低的问题，本文提出 ARTreeFormer，结合定点迭代与注意力全局消息传递，在保持近似性能的同时显著提升计算速度。
2025-07-24 q-bio.PE
Automatic detection of key innovations, rate shifts, and diversity-dependence on phylogenetic trees
已经开发了一些方法来推断物种多样化的差异率，通过时间和分支之间使用时间校准的系统发育树。然而，我们缺乏一个通用的框架，可以描绘和量化的异质混合物的动态过程中的单一的遗传。我开发了一种方法，可以识别任意数量的时变多样化过程的随机性，而无需事先指定它们的位置。该方法使用可逆跳马尔可夫链蒙特卡罗模型之间的子空间，不同的多样化制度的数量不同。该模型假设，在进化制度的变化发生在跨分支的系统发育树下的复合泊松过程，并明确占率变化，通过时间和血统之间。使用模拟数据集，我证明了该方法可以用来量化复杂的混合物的时间依赖性，多样性依赖性，和恒定速率多样化的过程。我比较了该方法的性能的MEDUSA模型之间的谱系率变化。作为一个实证的例子，我分析了现代鲸鱼辐射过程中的物种形成和灭绝的历史。这里所描述的方法将大大促进探索宏观进化动力学在大型系统发育树，这可能已经形成了不同的进化过程的异质混合物。
2014-01-26 q-bio.PE q-bio.QM
Inferring phylogenetic networks with maximum pseudolikelihood under incomplete lineage sorting
系统发生网络是必要的，以代表边缘扩展的生命树，以代表事件，如水平基因转移，杂交或基因流动。并非所有物种都遵循其遗传物质的垂直遗传模式。虽然大量的研究已经蓬勃发展到系统发育树的推断，统计方法推断系统发育网络仍然是有限的，并在发展中。现有方法的主要缺点是缺乏可扩展性。在这里，我们提出了一种统计方法来推断系统发育网络的多位点的遗传数据在一个pseudolikkastry框架。我们的模型通过合并模型解释了不完整的谱系排序，并通过网络中的网状节点解释了基因的水平遗传。伪似然的计算快速简单，避免了对许多物种难以处理的全似然的繁琐计算。此外，在四分之一级的估计具有额外的计算好处，它很容易并行化。仿真研究比较我们的方法，一个完整的似然方法表明，我们的pseudolikkestry的方法是更快，而不影响精度。我们应用我们的方法来重建剑尾鱼和鸭嘴鱼（$Xiphophorus$：Poeciliidae），其特点是广泛的杂交之间的进化关系。
2016-02-12 math.ST q-bio.PE stat.AP
Deciding the existence of a cherry-picking sequence is hard on two trees
在这里，我们表明，决定是否两个有根的二元系统发育树在同一组的类群允许一个樱桃采摘序列，一种特殊类型的消除顺序的类群，是NP完全的。这改善了先前的结果，证明了八个或更多的树的硬度。通过一个已知的等价性之间的樱桃采摘序列和时间系统发育网络，我们的结果证明，它是NP-完全的，以确定存在的时间系统发育网络，包含拓扑嵌入的两棵树。硬度的结果也大大加强了以前的最小时间杂交数问题的不可近似性结果。这是该问题的优化版本，我们希望构建一个时间系统发育网络，该网络在拓扑上嵌入两个给定的有根二元系统发育树，并且具有最少数量的indegree-2节点，这些节点代表杂交和水平基因转移等事件。我们结束一个积极的注意，指出在这方面的固定参数易处理的结果可能会确保持续的时间系统发育网络模型的相关性。
2019-01-25 cs.DS q-bio.PE
Calibrated birth-death phylogenetic time-tree priors for Bayesian inference
在这里，我们介绍了一个通用类的多校准生死树先验贝叶斯系统发育推断中使用。该类中的所有树先验将祖先节点高度分成一组“校准节点”和“未校准节点”，使得校准节点的边缘分布是用户指定的，而对于具有校准节点的相等值的树，保留出生-死亡先验的密度比。我们描述了两个配方，其中一个校准信息通知排名树拓扑结构的先验，通过（条件）先验，和其他因式分解的发散时间和排名拓扑结构的先验，从而允许均匀的，或任何任意的先验分布排名拓扑结构。虽然这些配方中的第一个有一些有吸引力的属性，我们提出的算法计算其先验密度是计算密集型的。另一方面，第二个公式总是计算效率高。我们证明了实用的新一类的多重校准树先验使用小型模拟和现实世界的分析，并比较现有的计划的结果。本文中描述的两个新的校准树先验提供了更大的灵活性和控制的校准时间树推断和分歧的时间定年的事先规范，并将消除需要间接的方法来评估校准密度和树过程先验的贝叶斯系统发育推断的综合效果。
2013-11-19 q-bio.PE
Effects of discordance between species and gene trees on phylogenetic diversity conservation
系统发育多样性指数，如公平比例（FP）指数经常被讨论作为生物多样性保护的优先标准。它们根据物种对总体多样性的贡献对物种进行排名，同时考虑到每个物种在基本系统发育树中的位置所表明的独特和共同的进化历史。传统上，系统发育树是从单个基因推断的，并且所得到的基因树被假定为物种树的有效估计，即，被研究物种的“真实”进化史。然而，如今，通常对数百或数千个基因的整个基因组进行测序，并且通常情况下，在整个基因组中的不同基因中存在相互冲突的系谱历史，导致个体基因树和物种树之间的不一致。在这里，我们分析了基因和物种树不一致的优先级决定的基础上FP指数的影响。特别是，我们认为诱导的分类群的排序顺序（i）FP指数的物种树，和（ii）预期FP指数在所有基因树的历史与物种树。一方面，我们表明，对于特定的树的形状，这两个排名总是一致的。另一方面，我们表明，对于所有的叶数大于或等于5，有两个排名不同的树种树。最后，我们说明了在不同的基因树和物种树估计的经验多位点哺乳动物数据集的FP指数获得的排名的变化。
2022-09-01 q-bio.PE
Leveraging graphical model techniques to study evolution on phylogenetic networks
本文提出将系统发育网络上的性状演化模型重新表述为图模型，利用信念传播算法实现高效、可扩展的似然与梯度计算及参数推断，显著降低计算成本。
2024-08-26 q-bio.PE stat.CO
Many-core algorithms for high-dimensional gradients on phylogenetic trees
基因组病原体数据的快速增长刺激了对高效推理技术的需求，例如贝叶斯框架中的哈密顿蒙特卡罗（HMC），以估计这些系统发育模型的参数，其中参数的维度随着序列$N$的数量而增加。HMC需要重复计算相对于（wrt）所有分支长度特定（BLS）参数的数据对数似然的梯度，其传统上使用标准修剪算法进行$\mathcal{O}(N^2)$操作。最近的一项研究提出了一种在$\mathcal{O}(N)$中计算这种梯度的方法，使研究人员能够利用基于梯度的采样器，如HMC。这种方法的CPU实现使得基于核苷酸的模型的梯度的计算在计算上易于处理，但是对于较大的状态空间大小的模型（例如密码子模型），性能不足。在这里，我们描述了新的大规模并行算法来计算所有BLS参数的对数似然梯度，这些算法利用图形处理单元（GPU），并导致比以前的CPU实现高出许多倍的加速比。我们基准这些GPU算法在三个计算系统上使用三个进化推理的例子：食肉动物，登革热和酵母，并观察到超过128倍的加速比CPU实现基于密码子的模型和超过8倍的加速比基于核苷酸的模型。作为一个实际的演示，我们还估计了西尼罗河病毒首次引入美国大陆的密码子模型下，从104个完整的病毒基因组，一个推理任务以前棘手的宽松的分子时钟的时间。我们在BEAGLE v4.0.0中提供了GPU算法的实现，BEAGLE v4.0.0是一个用于统计遗传学的开源库，可以在多核CPU和GPU上…
2023-03-08 q-bio.PE stat.CO
Phylogenetic Corrections and Higher-Order Sequence Statistics in Protein Families: The Potts Model vs MSA Transformer
Temple University（天普大学）
本研究比较Potts模型与MSA Transformer在蛋白质家族高阶序列统计重建中的表现，发现经系统发育校正后Potts模型更优，能更好检测生物物理上位性相互作用。
2025-03-01 physics.bio-ph q-bio.PE
Branch lengths on Yule trees and the expected loss of phylogenetic diversity
多样性是嵌套的，早期的模型表明，这可能导致生命之树中大量的进化冗余。这个结果是基于由普通聚结剂产生的一组特定的分支长度，其中与树中更深的分支相比，通向尖端的悬垂分支可以非常短。在这里，我们分析替代和更现实的圣诞节和出生死亡模型。我们展示了如何审查在目前都使平均分支的一半，我们可能会期望，使悬垂和内部分支的长度大致相等。虽然依赖于我们是否条件树的大小，它的年龄，或两者兼而有之，这些结果都适用于圣诞节模型和出生死亡模型与中度灭绝。重要的是，内部和外部分支长度的大致相等意味着进化历史的损失与物种的损失可以大致呈线性关系。在这些模式下，生命之树可能在面临持续物种损失时提供有限的冗余。
2011-07-30 q-bio.PE
A new balance index for phylogenetic trees
到目前为止，文献中已经提出了几个衡量有根系统发育树平衡程度的指标。在这项工作中，我们定义并研究了一个新的指数，这种类型，我们称之为总同胚指数：总和，在所有对不同的叶子，他们的最小共同祖先的深度。这个索引对任意树都有意义，可以在线性时间内计算，并且它具有比Colless或Sackin等其他索引更大的值范围和更大的分辨率。我们计算它的最大值和最小值的任意和二元树，以及精确的公式，其期望值的二元树下的圣诞节和统一的进化模型。作为这项研究的副产品，我们得到了一个精确的公式的期望值的萨金指数下的统一模型，一个结果，似乎是新的文献。
2012-02-06 cs.DM q-bio.PE q-bio.QM
Complimentary Phylogenetic Signals for Morphological Characters and Quantitative 3D Shape Data within genus Homo
估计人属的进化史正进入一个数据和方法大大改进的新阶段。越来越多的证据表明，在过去的50万年里，任何时候都有6到10个相互竞争的物种/谱系，这使得阐明个体标本之间的关系变得尤为重要。最近对关键标本的繁殖力的估计包括Waddell（2013，2014，2015，2016）和Mounier et al.（2016）。这些都是用完全不同的数据（分别是3D头骨形状和离散形态特征）和分析方法（分别是距离的未加权最小二乘拟合，OLS+和重新加权的最大简约性）。对这些文章中的树进行初步检查可能会留下大量不一致和混乱结果的印象。在这里，它表明这不一定是这种情况，这两种类型的数据和分析可能表明一个非常相似的树，一个是在良好的协议也与主观的当前智慧/专家意见的特定部分的遗传。非洲LH 18标本的精确位置是更好地理解H最后共同祖先可能形式的关键。智人和穴居人一个多样化的方法似乎带来了更多的协议的树木比其他感知，并反对教条主义的系统发育分析方法，特别是在处理困难的问题。
2016-12-30 q-bio.PE
Combinatorial perspectives on Dollo-$k$ characters in phylogenetics
近年来，具有持续特征的完美演化模型引起了人们的极大关注。它基于这样的假设，即复杂的特征或性格在进化过程中只能获得一次，失去一次。在这里，我们考虑该模型的一般化，即Dollo简约性，它允许多个字符丢失。更准确地说，我们从组合的角度看待多洛- $k$特征的概念，即在整个进化过程中最多获得一次而精确地丢失$k$次的特征。我们首先介绍了一个算法的基础上的概念的生成子树找到一个Dollo- $k$标记为一个给定的字符和一个给定的树在线性时间。然后，我们比较持久字符（由Dollo-0和Dollo-1字符的联合组成）和一般Dollo- $k$字符。虽然它是已知的，惠誉简约和持久的字符之间有很强的联系，我们表明，Dollo简约和惠誉简约一般是非常不同的。此外，虽然它是已知的，有一个直接的关系之间的持久字符的数量和Sackin指数的树，树平衡的一个流行的索引，我们表明，这种关系并不推广到Dollo- $k$字符。事实上，确定给定树的Dollo- $k$字符的数量比计算持久字符要复杂得多，我们通过介绍前者的递归方法来结束本文。这种方法产生了一种计算Dollo- $k$字符数的多项式时间算法，并且这种算法以及计算Dollo- $k$标记的算法都可以在BEAST 2的Babel包中公开获得。
2021-06-06 math.CO q-bio.PE
Ricci-Ollivier Curvature of the Rooted Phylogenetic Subtree-Prune-Regraft Graph
统计系统发育推断方法使用树重排操作来执行爬山局部搜索或跨越树拓扑的马尔可夫链蒙特卡罗。这类移动的典型类别是子树-修剪-再移植（SPR）移动，其移除子树并通过子树的切割边缘将其重新附加到其他地方。系统发生树和这样的移动自然地形成图的顶点和边，使得树搜索算法执行该SPR图的（潜在随机的）遍历。尽管这种图在系统发育推断中的中心地位，但对其大规模性质知之甚少。在本文中，我们学习的根树版本的图，称为rSPR图，通过计算Ricci-Ollivier曲率的顶点对在rSPR图上的两个简单的随机游动。通过定理证明和新算法的直接计算，我们发现了一个显着的多样性的不同曲率的rSPR图上的顶点对分开相同的距离。我们确认使用模拟的程度和曲率的平均访问时间分布有预期的影响，这些曲率结果随机树搜索的相关性。这表明rSPR图的重要结构超出了先前在成对距离和顶点度方面所理解的结构;对曲率的更好理解最终可能导致树搜索的改进策略。
2015-11-03 cs.CE cs.DM q-bio.PE
The good, the bad, and the ugly: Bayesian model selection produces spurious posterior probabilities for phylogenetic trees
贝叶斯方法在分析大型数据集时会产生虚假的高后验概率，但这种过度自信的确切原因尚不清楚。一般来说，贝叶斯选择错误指定的模型的性能知之甚少，即使这是很大的科学兴趣，因为模型在真实的数据分析中从来都不是真的。在这里，我们描述了贝叶斯模型选择的渐近行为，并表明当竞争模型同样错误时，贝叶斯模型选择在大型数据集中表现出令人惊讶的极化行为，全力支持一个模型，同时拒绝其他模型。如果一个模型比另一个模型的错误稍小，那么当数据量增加时，错误较少的模型最终会获胜，但该方法可能在变得可靠之前变得过于自信。我们认为，这种极端的行为可能是进化树的虚假高后验概率的一个主要因素。我们的研究结果的哲学意义的贝叶斯模型选择的应用，以评估相反的科学假设还有待探讨，在类似的情况下，非贝叶斯方法的行为。
2018-10-12 math.ST q-bio.PE stat.TH
In the Light of Deep Coalescence: Revisiting Trees Within Networks
系统发生网络模型网状进化历史。在过去的二十年里，人们对建立数学结果和开发用于推断和分析这些网络的计算方法越来越感兴趣。这些发展中的一个突出概念是网络显示一组树，这些树可以用来推断，分析和研究网络。在本文中，我们表明，在合并效应的存在下，所显示的树的集合是不足以捕获网络。我们正式定义了一个网络的父树集，并在此基础上作出了三个贡献。首先，我们将异常区的概念扩展到系统发育网络，并报告不同网络的异常结果。其次，我们展示了聚结事件如何对推断物种树的能力产生负面影响，这些物种树可以被增强到正确的网络中。第三，我们演示了如何系统发育网络可以被视为一个混合模型，通过基因树聚类本身的一种新的推理方法。我们的研究结果表明，在分析和推断网络时，专注于网络显示的树集的局限性。我们的研究结果可以形成在推断系统发育网络时实现更高准确性的基础，并为这一领域的研究开辟新的途径，包括基于网络父树概念的新问题配方。
2016-06-23 q-bio.PE
Non-binary universal tree-based networks
如果$X$上的每个系统发育树都是$N$的基树，则$X$上的基于树的网络$N$被称为通用网络。近年来，二元泛树网络在文献中引起了极大的关注，各种研究都分析了它们的存在性。在本文中，我们将分析扩展到非二进制网络，并证明存在一个有根和无根的非二进制通用树网络，其中$n$叶对所有正整数$n$。
2020-01-14 math.CO q-bio.PE
Consistency and convergence rate of phylogenetic inference via regularization
在生物遗传学中，通常有一些关于一组生物体的整体进化树的信息，也许是部分信息，并希望为这些生物体找到一个特定基因的进化树。仅在基因序列中可能没有足够的信息来准确地重建正确的“基因树”。虽然基因树可能会由于各种遗传过程而偏离“物种树”，但在缺乏相反证据的情况下，假设它们是一致的是很吝啬的。在这些情况下，一个常见的统计方法是制定一个可能性惩罚，以纳入这些额外的信息。最近的研究使用模拟和经验数据表明，可能性惩罚量化与物种树的一致性可以显着提高基因树重建的准确性相比，单独使用序列数据。然而，这种方法的一致性尚未建立，也没有收敛速度的限制。由于遗传学是一个非标准推理问题，标准理论并不适用。在本文中，我们提出了一个惩罚的最大似然估计基因树重建，其中的惩罚是从基因树的物种树的Billera-Holmes-Vogtmann测地线距离的平方。我们证明了这种方法是一致的，并推导出其收敛速度估计的离散基因树结构和连续的边缘长度（代表的进化量，已发生在该分支）同时。我们发现，正则化估计是“自适应快速收敛”，这意味着它可以重建所有的边缘长度大于任何给定的阈值从基因序列的多项式长度。我们的方法不需要物种树是确切知道的，事实上，我们的渐近理论适用于任何这样的指导树。
2018-01-06 math.ST q-bio.PE stat.TH
Is this network proper forest-based?
本文研究判定给定进化网络是否为基于真森林的网络的复杂度，给出相关刻画与算法结论。
2023-08-22 q-bio.PE
Profiling of a network behind an infectious disease outbreak
Social Design Group（社会设计集团）
随机性和空间异质性是近年来研究传染病传播的热点问题。所提出的方法解决了一个反问题，发现有效的决定性的拓扑结构的异构网络，并揭示了传输参数的控制随机蔓延的网络从一个传染病爆发的数据集在早期的增长阶段。用随机微分方程描述了流行病房室模型和元人口网络模型的组合中的人口。概率密度函数来自方程和用于拓扑结构和参数的最大似然估计。用计算合成的数据集和世界卫生组织SARS爆发数据集对该方法进行了测试。
2010-06-14 cs.AI q-bio.PE
Tree Topologies along a Tropical Line Segment
具有极大代数的热带几何已被应用于树空间上的统计学习模型，因为具有树空间上的热带度量的几何具有一些很好的性质，例如热带度量的凸性。热带几何在树空间中的应用面临的挑战之一是难以用热带度量解释统计模型的结果。本文研究了树空间上两棵系统树之间沿一条具有热带度量的内禀测地线--热带线段的树拓扑的组合学，并给出了两棵树之间热带线段的一些性质.具体来说，我们表明，概率热带线段的两个随机选择的树木通过原点如果叶数大于4，则（星型树）为零，并且我们还表明，如果两棵给定的树仅相差一个最近邻交换（NNI）移动，则它们之间的热带线段中的树的树拓扑是具有可能的零分支长度的这两个给定树之一的相同树拓扑。
2021-10-30 math.CO q-bio.PE
Neutral networks of genotypes: Evolution behind the curtain
自从150年前查尔斯·R·达尔文的《物种起源》一书出版以来，我们对进化过程的理解已经有了很大的进步。达尔文.二十世纪见证了在正式理论框架内拥抱复制、突变和选择的巨大努力，最终能够预测进化种群的动态和命运。然而，在过去几十年中收集的大量经验证据强烈表明，这些经典模型的一些假设需要进行深刻的修正。生物体的生存能力不依赖于独特和最佳的基因型。发现大量基因型（或中性网络）产生相同的表型-在最后一个术语中是相同的生物体-揭示了，很有可能，通过对基因组空间的低成本探索，可以在种群中找到，获得和固定非常不同的功能解决方案。“幕后的进化”可能是进化论面临的一些当前难题的答案，比如在化石记录中观察到的经过很长时间停滞的快速物种形成过程。
2010-02-14 q-bio.GN q-bio.PE
SPRINT: A fast, new software tool for reconstructing the evolutionary past of polyploid datasets
多倍化是一个重要的进化过程，影响着从植物到鱼类和真菌的生物。它留下的信号是以物种的倍性水平（在细胞中发现的完整染色体组的数量）的形式存在的，这本身就是非树状的。目前可用的用于重建多倍体数据集的进化历史的工具通常从针对感兴趣的数据集获得的多标记树开始，然后以某种方式从该树导出（系统发育）网络，该网络通过将网络的至少两个入度的顶点解释为多倍化事件来反映该历史。由于获得这样的树可能是计算昂贵的，因此最重要的是有替代方法，可以让人们了解多倍体数据集的网状进化历史。SPRINT的目标是重建一个多倍体数据集的进化历史，在一个二进制网络，实现数据集的倍性配置文件（数据集的分类单元的倍性水平的向量），并需要最少数量的多倍体化事件。它通过用从网络的根到网络的叶子的有向路径的数量来表示物种x的倍性水平来实现这一点，该网络的叶子标记为x。SPRINT在GitHub上发布：https://github.com/lmaher1/SPRINT。
2022-11-09 q-bio.PE
