Detection of selective sweeps in cattle using genome-wide SNP data
人类的驯化和随后的选择创造了牛的品种，这无疑改变了它们基因组中的变异模式。强选择固定有利的大效应突变的基础驯化，品种特征或生产力创造选择性扫描，其中变异丢失的染色体区域侧翼选定的等位基因。在许多物种的基因组中已经发现了选择性扫描，包括人类，狗，马和鸡。我们试图确定区域的牛基因组已受到选择性扫描。两个数据集用于通过在一系列连续SNP基因座处固定等位基因来发现和验证选择性扫描。牛SNP 50数据被用来确定28个推定的扫描区域中的14个牛品种。使用5个品种的Affyestival BOS 1预筛选试验数据鉴定114个区域，并验证使用BovineSNP 50数据鉴定的5个区域。许多基因位于这些区域内;然而，我们预测历史上一直处于强选择下的表型包括角状无角、毛色、身材、耳朵形态和行为。确定的选择性扫描代表最近的事件与品种形成，而不是与驯化的古老事件。没有扫描区域之间共享indicine和牛磺酸品种，反映他们不同的选择历史。本研究的主要发现是结果对测定分辨率的灵敏度。尽管牛SNP 50设计中偏向于常见SNP，但由于测定的分辨率有限，假阳性扫描区域似乎很常见。该检测试剂设计偏倚导致检测到品种特异性扫描区域或少数品种共享的区域，将检测到的一系列选定表型限制为主要与品种特征相关的表型。
2012-12-11 q-bio.GN q-bio.PE
Random partitions approximating the coalescence of lineages during a selective sweep
当一个有益的突变发生在一个群体中时，新的、受欢迎的等位基因可能会传播到整个群体。这个过程被称为选择性扫描。假设我们在选择性扫描结束时对$n$个体进行采样。如果我们关注染色体上靠近有益突变位置的位点，那么许多谱系将可能是来自具有有益突变的个体的后代，而另一些则是由于两个位点之间的重组而来自不同个体的后代。我们介绍了两个近似的选择性扫描的效果。第一种方法很简单，但不太准确：用正面朝上的概率$p$翻转独立的$n$硬币，并说硬币朝上的谱系是那些从具有有益突变的个体遗传下来的谱系。第二个近似，这是有关金曼的颜料盒建设，取代硬币翻转整数值随机变量，并导致非常准确的结果。
2005-05-03 math.PR q-bio.PE
SWEEPFINDER2: Increased sensitivity, robustness, and flexibility
Sweeptool是一个流行的程序，它实现了一个强大的基于似然的方法，用于检测最近的阳性选择或选择性扫描。在这里，我们提出了SweepFinder2，SweepFinder的扩展，增加了灵敏度和鲁棒性的混杂效应的突变率变化和背景选择，以及增加的灵活性，使用户能够更详细地检查基因组区域，并指定一个固定的距离之间的测试站点。此外，SweepFinder2允许使用不变站点进行扫描检测，相对于SweepFinder，提高了其功能和精度。
2015-05-26 q-bio.PE
Ancestry in adapting, spatially-extended populations
选择性清除通过搭便车影响中性遗传多样性〈动〉<动>。虽然这种影响是有限的本地基因组区域的扫描在panmictic人口，我们发现，在空间上扩展的人口的组合效应，许多unlinked扫描可以影响模式的祖先（因此中性遗传多样性〈动〉性<动>）在整个基因组。即使是很低的扫描率也足以扭曲祖先的空间位置，以至于生活在范围中心的一个小区域之外的个体中发生的中性突变几乎没有机会在种群中固定下来。
2016-11-06 q-bio.PE
Supplementary information for "Selective sweeps in growing microbial colonies"
这是arXiv：1204.4896的补充信息，也出现在Physical Biology 9，026008（2012）中。微生物的进化实验是研究突变和自然选择的有力工具。然而，这些实验通常限于试管或恒化器的良好混合环境。由于空间组织可以显着影响演化动力学，需要在空间结构化的环境中进行进化实验。培养皿的表面提供了这样的环境，但是更详细地了解培养皿上的微生物生长对于解释这样的实验是必要的。我们制定了一个简单的确定性反应扩散模型，成功地预测了两个竞争物种在殖民地扩张过程中所产生的空间格局。我们还推导出这些图案的形状分析，而不依赖于微观细节的模型。特别是，我们发现，两种微生物菌株的相对适合度可以从选择性扫描创建的对数螺旋来估计。该理论进行了测试与芽殖酵母酿酒酵母菌株，空间竞争与不同的初始条件和一系列的相对适合度。反应扩散模型还将生长速率和扩散常数等微观参数与宏观空间模式联系起来，并预测了液体培养物和培养皿中的适应度之间的关系，我们通过实验证实了这一点。因此，空间扇区模式为常用的液体培养适合性测定提供了替代适合性测定。
2012-04-27 q-bio.PE
Approximating genealogies for partially linked neutral loci under a selective sweep
假设一个基因位点携带一个最近在一个大群体中固定的强有益等位基因。由于强烈有益的等位基因快速固定，部分连锁的中性基因座的序列多样性降低。这种现象被称为选择性扫描。有益等位基因的固定不仅影响单个中性位点的序列多样性，而且影响多个部分连锁的中性位点的联合等位基因分布。在选择性扫描期间，可以使用部分连锁的中性基因座的样本的祖先重组图来研究这种分布。为了近似这个图，我们扩展了Schweinsberg & Durrett 2005和Etheridge，Pfaffelhuber & Wakolbinger 2006的最新工作，使用标记的Yule树在一个中性位点与一个强有益位点相连的系谱。我们主要研究在两个部分连锁的中性基因座上的联合系谱，即基因座间重组率ρ= O（α/ \log α）和选择系数α较大的情况。我们的方法导致了一个完整的描述的系谱与O（（\log α）^{-2}）的概率的准确性。作为一个应用程序，我们推导出预期的Lewontin的D作为衡量非随机关联的等位基因。
2006-11-08 math.PR q-bio.PE
Strong, recent selective sweeps reshape genetic diversity in freshwater bivalve Megalonaias nervosa
淡水蚌类双壳类最近面临着生态动荡，通过污染，传播障碍，人类收获，以及鱼类宿主流行的变化。目前，超过70%的物种受到威胁，濒危或灭绝。为了描述这些最近的选择压力的遗传反应，我们收集了一个成功的双壳类物种，Megalonaias nervosa的群体遗传数据。我们确定了在整个种群中几乎是单态的巨型区域，这是一个强烈的信号，最近的选择重塑了遗传多样性〈动〉性<动>。这些选择的签名包括总共73 Mb，比通常在群体遗传模型中看到的对选择的响应更大。我们观察到102个重复的基因与高dN/dS的末端分支之间的区域与扫描，表明基因重复是一个致病机制的最近适应M。神经。扫描中的基因反映了已知对Unionid生存重要的功能类别，包括对鱼类宿主寄生重要的抗凝基因、排毒基因、线粒体管理和壳形成。我们确定了选择性扫描区域没有已知的功能影响，适应机制，值得更多的关注，在未来的工作物种生存。相比之下，多态性转座因子插入似乎是有害的，并且在具有扫描的区域中代表性不足。TE站点频谱向单变量倾斜，并且具有扫描的区域之间的TE仅存在于低频率。我们的工作表明，重复基因是遗传新颖性的重要来源，帮助这个成功的物种在其他物种挣扎的环境中取得成功。这些结果表明，在非模式种群基因组学中，基因重复值得更多的关注，特别是在最近面临突发环境挑战的物种中。
2022-11-17 q-bio.GN q-bio.PE
Loss and Recovery of Genetic Diversity in Adapting Populations of HIV
艾滋病毒耐药性的演变是通过固定特定的、众所周知的耐药性突变而发生的，但对潜在的群体遗传过程还没有很好的了解。通过分析患者内纵向序列数据，我们进行了四项观察，揭示了潜在的过程，并使我们能够推断出患者体内病毒群体的短期有效种群大小。我们的第一个观察结果是，耐药性的演变通常是通过一次固定一个耐药性突变而发生的，而不是同时发生几个变化。其次，我们发现，这些固定事件伴随着减少遗传多样性〈动〉性<动>在周围的区域固定耐药突变，由于搭便车效应。第三，我们观察到耐药突变的固定涉及硬选择性扫描和软选择性扫描。在硬扫描中，单个病毒颗粒中出现抗性突变，当它在病毒群体中传播时，驱动所有相关突变，这极大地减少了遗传多样性〈动〉<动>。另一方面，在软扫描中，抗性突变在不同的遗传背景上多次发生，并且多样性的减少很弱。使用硬扫描和软扫描的发生频率，我们估计HIV的有效种群大小为1.5 * 10 ^5（95%置信区间为0.8 * 10 ^5，4.8 * 10 ^5）。这个数字远低于实际感染细胞的数量，但远大于以前基于同义多样性的种群规模估计。我们提出了几个解释所观察到的差异。最后，我们的第四个观察结果是，非同义位点的遗传多样性〈动〉<动>在18个月内恢复到固定前的值，而同义位点的多样性在这段时间后仍然受到抑制。
2013-11-14 q-bio.PE
Logarithmic scaling of selective sweep curves: from tents to houses
Universität Wien, Fakultät für Mathematik（维也纳大学数学系）；Goethe-Universität Frankfurt am Main, FB 12, Institut für Mathematik（法兰克福歌德大学数学研究所）；HUN-REN Alfréd Rényi Institute of Mathematics（匈牙利科学院阿尔弗雷德·雷尼数学研究所）
研究探讨了在大种群极限下选择扫掠曲线的对数缩放行为，发现强选择下呈现帐篷状，中等选择下则呈现房屋状，并证明了收敛的正则性。
2026-11-03 math.PR q-bio.PE
Selective sweeps in growing microbial colonies
微生物的进化实验是研究突变和自然选择的有力工具。然而，这些实验通常限于试管或恒化器的良好混合环境。由于空间组织可以显着影响演化动力学，需要在空间结构化的环境中进行进化实验。培养皿的表面提供了这样的环境，但是更详细地了解培养皿上的微生物生长对于解释这样的实验是必要的。我们制定了一个简单的确定性反应扩散模型，成功地预测了两个竞争物种在殖民地扩张过程中所产生的空间格局。我们还推导出这些图案的形状分析，而不依赖于微观细节的模型。特别是，我们发现，两种微生物菌株的相对适合度可以从选择性扫描创建的对数螺旋来估计。该理论进行了测试与芽殖酵母酿酒酵母菌株，空间竞争与不同的初始条件和一系列的相对适合度。反应扩散模型还将生长速率和扩散常数等微观参数与宏观空间模式联系起来，并预测了液体培养物和培养皿中的适应度之间的关系，我们通过实验证实了这一点。因此，空间扇区模式为常用的液体培养适合性测定提供了替代适合性测定。
2012-05-01 physics.bio-ph q-bio.PE
A genomic map of the effects of linked selection in Drosophila
一个地点的自然选择塑造了相连地点的遗传变异模式。量化“连锁选择”对遗传多样性〈动〉性<动>的影响是对人口统计学做出可靠推断的关键，建立一个扫描适应目标的零模型，并了解自然选择的动态。在这里，我们介绍的第一种方法，共同推断参数的不同模式的连锁选择，特别是背景选择和选择性扫描，从全基因组多样性数据，功能注释和遗传图谱。其中心思想是计算一个中性位点在给定局部注释、替换模式和重组率的情况下是多态的概率。然后，使用复合似然法将不同位点和样本的信息结合起来，以估计不同选择模式的全基因组参数。除了参数估计之外，该方法还产生了沿基因组的预期中性多样性水平的图。为了说明我们的方法的实用性，我们将其应用于果蝇125行全基因组重测序数据，并可靠地预测在1 Mb规模的多样性水平。我们的研究结果证实了蛋白质和非翻译区（UTR）中高比例的有益取代的估计。它们使我们能够区分围绕氨基酸取代的扫描和其他选择模式的贡献，并揭示非翻译区（UTR）中普遍扫描的证据。我们的推论进一步表明了非经典扫描的连锁选择的实质性影响。更一般地说，我们表明，连锁选择有一个更大的影响，在减少多样性水平和增加他们的方差D。黑腹菌比以前更受欢迎。
2016-08-23 q-bio.PE
From IBD tracts to runs of homozygosity: a unified coalescent framework including selection
Universidad de Oviedo（奥维耶多大学）
研究将IBD片段和ROH的长度分布关系统一在溯祖框架中，推导相关概率密度函数，纳入多种参数，分析背景选择和选择性清除对其影响，提供计算工具，通过乳糖酶持久性实例说明理论应用。
2026-10-28 q-bio.PE
Temporal data series of COVID-19 epidemics in the USA, Asia and Europe suggests a selective sweep of SARS-CoV-2 Spike D614G variant
2019冠状病毒病大流行始于中国武汉，并导致2019冠状病毒病病原体SARS-CoV-2的RNA病毒在全球传播。由于其突变率、广泛的地理分布和宿主反应差异，这种冠状病毒目前正在演变成一系列具有不断增加的遗传多样性〈动〉<动>的菌株。大多数变异对疾病传播和症状严重程度显然具有中性影响。然而，在负责宿主细胞附着和侵袭的病毒刺突蛋白中，含有位置614处的氨基酸D至G的取代（D 614 G）的出现的变体被认为增加病毒感染能力。为了测试这种变异是否具有流行病学影响，在美国、亚洲和欧洲比较了614位携带D或G的SARS-CoV-2样本的时间分布。比较了流行早期和晚期的流行曲线。在早期阶段，在遏制措施尚未完全实施的情况下，病毒变体应该是不受约束的，其生长曲线可能近似于自由病毒动力学。我们的分析显示，在美国、亚洲和欧洲，D 614 G流行率与COVID-19流行曲线的增长率相关。我们的研究结果表明，选择性扫描，可以解释，至少部分地，通过这种变体的传播优势，换句话说，D 614 G的分子水平的影响有足够的人口传播动力学的影响，检测到的流行病增长曲线的速率系数的差异。
2020-06-20 physics.soc-ph q-bio.PE
An accurate model for genetic hitch-hiking
Chalmers University of Technology（查尔姆斯理工大学）
本文提出有利等位基因频率增长的确定性近似，并据此建立非瞬时选择性清扫下的遗传搭车精确模型，可无偏计算邻近中性片段的 SNP 分布。
2007-05-16 q-bio.PE
Rapid adaptation of a polygenic trait after a sudden environmental shift
尽管许多研究表明，最初适应环境的自然和实验室种群在条件突然变化时可以迅速进化，但快速适应的动态尚未得到很好的理解。本文分析了一个多基因选择的群体遗传模型，用以描述数量性状在表型最优值突变后的短期反应。我们提供了明确的解析表达式的时间尺度上的性状平均值接近新的最佳。我们发现，当效应大小相对于缩放突变率较小时，多基因选择的基因组特征是以协同方式在短期阶段发生的小到中等的等位基因频率变化。相反，选择性扫描，即，如果效应的大小足够大，则等位基因频率可能发生显著变化。应用我们的理论结果QTL和选择性扫描作图和快速多基因适应测试之间的关系进行了讨论。
2017-09-21 q-bio.PE
A coalescent model for the effect of advantageous mutations on the genealogy of a population
当一个有利的突变发生在一个群体中时，有利的等位基因可能会在短时间内传播到整个群体，这一事件被称为选择性扫描。因此，当我们从一个种群中抽取$n$个体并追溯其祖先谱系时，许多谱系可能在选择性扫描时几乎瞬间合并。我们表明，作为总体规模走向无穷大，这个过程收敛到一个合并过程称为合并与多个碰撞。对于有限总体，可以使用具有同时多个碰撞的聚结剂来获得更好的近似。我们还展示了这些合并的近似可以用来深入了解如何有益的突变影响的统计行为，已被用来检测偏离通常的金曼的合并。
2005-04-23 math.PR q-bio.PE
Genetic draft, selective interference, and population genetics of rapid adaptation
要从基因组序列的样本中了解过去，人们需要了解进化过程如何塑造遗传多样性〈动〉<动>。大多数群体遗传推断是基于假设适应性进化是罕见的框架。但是，如果正选择同时作用于许多位点，就像最近对包括苍蝇等动物在内的许多物种提出的那样，那么就需要一种不同的方法。在这篇综述中，我讨论了在快速适应人群中表征和理解进化的最新进展，在快速适应人群中，突变与不同适应度的遗传背景的随机关联，即，遗传吃水，支配遗传漂变。因此，中性遗传多样性〈动〉性<动>对种群规模的依赖很弱，但对适应率或更一般的适应度方差的依赖很强。合并过程与多个合并，而不是金曼的合并，是适当的系谱模型，快速适应人口与人口遗传推断的重要影响。
2013-02-05 q-bio.PE
An approximate sampling formula under genetic hitchhiking
对于一个携带强有益等位基因的遗传位点，我们在一个连锁的中性位点上研究了它的祖先。在这种"选择性扫描“过程中，两个基因座之间的连锁被重组打破，中性基因座的祖先被随机背景中的结构化结合所模拟。对于大的选择系数$α$和适当的缩放下的重组率，我们推导出一个抽样公式的精度顺序为$\mathcal{O}((\log α)^{-2})$的概率。特别是，我们看到，在这种精度的顺序下，在一个固定大小的样本中，最多有两个非单例个体家族，它们从扫描开始时起在中性位点上的血统是相同的。这改进了一个公式，可以追溯到梅纳德·史密斯和黑格的工作，并补充了施魏因斯伯格和杜雷特最近在莫兰模型中选择性扫描的工作。
2006-07-05 math.PR q-bio.PE
The first steps of adaptation of Escherichia coli to the gut are dominated by soft sweeps
适应性突变的积累对于在新环境中生存至关重要。然而，在具有高突变供应的克隆种群中，自然选择的力量预计是有限的。这是由于克隆干扰-携带不同有益突变的克隆的竞争-导致许多小效应突变的丢失和大效应突变的固定。如果干扰是丰富的，那么基因水平转移的机制，这使得在一个单一的背景下的有益等位基因的直接组合，预计将演变。然而，干扰在自然复杂环境（如肠道）中的相关性知之甚少。为了解决这个问题，我们研究了有益突变的入侵，负责大肠杆菌的适应小鼠肠道，并证明克隆干扰的普遍性。观察到的有益突变频率变化的动态与软扫描一致，其中类似的适应性突变在不同的单倍型上重复出现而没有达到固定。适应性突变的遗传基础揭示了独立进化种群中惊人的平行性。这主要表现为转座因子同时插入到少数基因的编码区和调控区。有趣的是，在大多数群体中，我们观察到一个完整的表型扫描没有遗传变异的损失。在肠道环境适应过程中的强烈克隆干扰，这里证明，可能是我们的理解的菌株多样性水平的重要。大肠杆菌抑制人肠道菌群及其重组率的研究。
2013-11-11 q-bio.PE
Genetic Diversity and the Structure of Genealogies in Rapidly Adapting Populations
正向选择扭曲了系谱结构，从而改变了种群内的遗传变异模式。大多数对这些扭曲的分析都集中在搭便车的特征上，这是由于对单个基因位点的硬或软选择性扫描。然而，在快速适应基因组的相关区域中，不同基因座的多个有益突变可以同时在群体中分离，这种效应称为克隆干扰。这导致搭便车和干扰效应之间的微妙相互作用，从而导致在选定的位点和连锁的中性位点上对遗传变异的快速适应的独特特征。在这里，我们介绍了一个有效的溯祖理论（一个“健身类聚结”），描述了如何积极选择在许多完美的连锁网站改变结构的家谱。我们使用这个理论来计算几个简单的统计描述快速适应人口内的遗传变异，并实现有效的向后时间合并模拟，可用于预测克隆干扰如何改变预期的分子进化模式。
2012-08-16 q-bio.PE
Population genomics of sub-Saharan Drosophila melanogaster: African diversity and non-African admixture
我们报道了139株野生型D. melanogaster，代表了来自该物种撒哈拉以南祖先范围的22个种群样本，以及一个欧洲种群。大多数基因组测序超过25倍深度从单倍体胚胎。结果表明，在许多非洲人口的非非洲混合物的普遍影响，激励开发和应用一种新的混合物检测方法。混合比例各不相同的人口，更大的混合物在城市地区。混合物水平在基因组中也不同，局部峰和谷表明非中性渐渗过程。来自同一地点的基因组在血统上存在明显差异，这表明非洲人群中可能存在隔离机制。在去除pupelium混合基因组片段后，在南部非洲（例如赞比亚）观察到最大的遗传多样性〈动〉<动>，而其他种群的多样性在很大程度上与从这一潜在祖先区域的地理扩张相一致。欧洲人口显示不同程度的多样性减少每个染色体臂，和一些非洲人口显示染色体臂特异性多样性减少。欧洲样本中的倒位与染色体臂多样性的强烈升高有关。进行基因组扫描以鉴定可能代表阳性选择靶的基因座。在基因调控中具有不同作用的基因附近有不成比例数量的候选选择性扫描区。欧洲-非洲FST的离群值被发现富集在局部升高的世界性混合物的基因组区域中，这可能反映了其中一些基因座在驱动非非洲等位基因渗入非洲人群中的作用。
2012-08-23 q-bio.PE
Parallel adaptation: One or many waves of advance of an advantageous allele?
我们用于检测适应对群体基因组多样性的影响的模型通常是基于一个新出现的突变快速地扫描到固定。然而，一个种群也可以通过平行出现的具有相似表型效应的多个突变来适应新的情况。这些突变都可以快速达到中频，防止任何一个快速扫描到全局固定（“软”扫描）。在这里，我们研究了在一个地理分布的人口适应全球选择压力的平行突变模型。一个被选择的等位基因的缓慢地理传播可以允许其他被选择的等位基因出现并传播到物种范围的其他地方。当这些不同的选择等位基因相遇时，它们的传播速度会显著减慢，从而形成一个地理拼凑，这可能被误认为是当地适应的信号。这种随机空间细分将随着时间的推移而消散，这是由于通过迁移进行混合，从而在全局群体内留下一组部分扫描。我们发现，最初形成的突变类型的空间镶嵌是紧密相连的泊松过程模型的结晶，我们扩展。我们发现，平行突变的概率和平行突变发生的空间尺度被捕获的一个单一的特征长度，反映了预期的距离传播等位基因旅行之前，它遇到了一个不同的传播等位基因。这种特征长度取决于突变率、扩散参数、个体的有效局部密度，在较小程度上还取决于选择的强度。我们认为，即使在广泛分散的物种，这种平行的地理扫描可能是令人惊讶的普遍。因此，我们预测，随着更多的数据变得可用，更多的物种内平行适应的例子将被发现。
2010-07-21 math.PR q-bio.PE
Genealogies of rapidly adapting populations
一个物种的遗传多样性〈动〉<动>是由其最近的进化历史形成的，可以用来推断人口统计事件或选择性扫描。大多数推理方法都是基于自然选择是一种微弱或罕见的进化力量的零假设。然而，许多物种，特别是病原体，在不断的压力下，以适应不断变化的环境。目前缺乏一个统计框架，从这些人口的多样性数据进行推断。为了实现这一目标，我们探讨了在无性种群的持续适应模型的家谱的属性。我们发现，血统追溯到一个小水池的高度适合的祖先，其中几乎同时合并两个以上的血统经常发生。虽然这种多重合并不太可能在中性结合下发生，但它们在适应性种群中创造了独特的遗传足迹。例如，衍生的中性等位基因的位点频谱是非单调的，并且在高频率处具有峰值，而田岛的D随着样本量的增加而变得越来越负。由于多个合并出现在许多模型的快速适应，我们认为，他们应该被视为一个零模型适应人口。
2012-12-10 q-bio.PE
The Complexity of Genetic Diversity
生物系统中的一个关键问题是，在进化竞争下，遗传多样性〈动〉性<动>是否会长期存在，或者是否会出现单一的优势基因型。卡尔穆斯在1945年的经典工作已经确定，即使在简单的二倍体物种（具有两条染色体的物种）中，只要杂合子个体享有选择优势，多样性也可以得到保证。尽管问题的经典性质，随着我们越来越多地走向多态性特征（例如人类血型〈动〉<动>），预测多样性和理解其含义仍然没有完全理解。我们的主要贡献是建立复杂性理论的硬度结果，这意味着即使在教科书的情况下，单基因座二倍体模型预测是否多样性生存或不考虑其适应度景观是算法上棘手的。我们补充我们的研究结果，建立随机选择的适应度景观多样性生存的显着概率。我们的结果在几个维度上都是结构稳健的（例如，参数分布的选择、稳定性/持久性的不同定义、对适应度景观的典型子类的限制）。从技术上讲，我们的研究结果利用博弈论，非线性动力系统，复杂性理论和生物学之间的联系，并建立硬度结果预测的一个确定性的变体的著名的乘法权重更新算法在对称协调游戏，这可能是独立的利益。
2015-10-22 cs.CC cs.GT math.DS
Population Ecology of Tunes
University of Vienna（维也纳大学）；Austrian Academy of Science（奥地利科学院）；Imperial College London（帝国理工学院）
本研究利用爱尔兰传统曲调流行度数据，通过生态出生过程模型发现曲调存在内在适应性差异，并揭示选择与多样性可共存，确立了定量研究文化演化的系统。
2026-09-10 cs.SD physics.soc-ph q-bio.PE
Robust model selection between population growth and multiple merger coalescents
我们研究了生物混杂因素对人口增长的金曼聚结和同时多个合并的Xi聚结之间的模型选择问题的影响。我们使用一个低维的，计算易处理的汇总统计量，被称为单尾统计量，进行近似似然比测试这些模型类之间。单尾统计已被证明是区分它们之间的高功率在简单的设置中性进化，panmictic人口没有重组。我们扩展这项工作表明，神秘的重组和选择不减少测试的力量，但人口结构的错误。此外，我们证明了单尾统计也可以解决更具挑战性的模型选择问题之间的多个合并，由于选择性扫描，多个合并，由于高繁殖力与中等功率高达30%。
2019-03-05 q-bio.PE stat.ME
Modeling Protein Evolution via Generative Inference From Monte Carlo Chains to Population Genetics
Politecnico di Torino（都灵理工大学）；Sorbonne Université（索邦大学）；CNRS（法国国家科学研究中心）；Laboratory of Computational and Quantitative Biology（计算与定量生物学实验室）；École Normale Supérieure（巴黎高等师范学院）；PSL Université（巴黎文理研究大学）；Université de Paris（巴黎大学）；The James Franck Institute（詹姆斯·弗兰克研究所）；The University of Chicago（芝加哥大学）；Department of Physics, The University of Chicago（芝加哥大学物理系）；INFN, Sezione di Torino（意大利国家核物理研究所都灵分部）；Italian Institute for Genomic Medicine, IRCCS Candiolo（意大利基因组医学研究所坎迪奥洛医院）；Dipartimento di Fisica, Sapienza Università di Roma（罗马大学物理系）
本文通过比较三种模拟方案，探讨了生成推断在建模蛋白质进化中的应用，发现群体遗传动态能有效捕捉进化特征，但需权衡采样精度与模型准确性。
2026-02-09 cond-mat.dis-nn q-bio.BM q-bio.PE
