关于Nakhleh的最新系统发育网络度量

一般系统发育网络的两个度量

Two metrics for general phylogenetic networks

我们证明了Nakhleh的最新相异度测量系统发育网络分离可区分的系统发育网络，并稍微修改它提供了一个真正的距离类的所有系统发育网络。

A metric for galled networks

Galled networks, directed acyclic graphs that model evolutionary histories with reticulation cycles containing only tree nodes, have become very popular due to both their biological significance and the existence of polynomial time algorithms for their reconstruction. In this paper we prove that Nakhleh's $m$ measure is a metric for this class of phylogenetic networks and hence it can be safely used to evaluate galled network reconstruction methods.

三等分并不总是区分系统发育网络

Tripartitions do not always discriminate phylogenetic networks

系统发生网络是系统发育树的一种推广，它允许表示非树状的进化事件，如重组、杂交或横向基因转移。在最近一系列致力于研究系统发育网络可重构性的论文中，Moret，Nakhleh，Warnow及其合作者介绍了系统发育网络的所谓{三分区度量。在本文中，我们表明，事实上，这三分度量不满足分离公理的距离（零距离意味着同构，或者，在一个更宽松的版本，零距离意味着在某些特定意义上的不可分割性）在任何子类的系统发育网络，它声称这样做。我们还提出了一个子类的系统发育网络，其成员可以通过他们的三分区（甚至集群）的集合被挑出来，因此后者可以用来定义一个有意义的度量。

语言系统发育网络构建研究进展

Progress on Constructing Phylogenetic Networks for Languages

本研究针对WERN 2006语言演化模型下系统发育网络能否估计的遗留问题，证明在温和额外约束下网络拓扑具统计可识别性，提出推断算法，为语言系统发育网络实际估计提供理论与方法支撑。

系统发育网络的组合拓扑模型与 Mergegram 不变量

Combinatorial Topological Models for Phylogenetic Networks and the Mergegram Invariant

受拓扑数据分析启发，提出系统发育网络和过滤的格图模型 Cliquegram 和 Facegram 以严格求解网络重建问题，并定义了拓扑不变量 Mergegram 作为网络的可计算稳定代理。

phylo2vec: 一个基于向量的系统发育树操作库

phylo2vec: a library for vector-based phylogenetic tree manipulation

本研究推出最新版phylo2vec高性能软件包，基于整数向量的二元系统发育树表示法实现快速采样与树比较，采用Rust核心实现及R、Python封装，提升内存效率与易用性。