Symmetry-Aware Flow Matching for End-to-end Molecular Crystal Generation
Peking University Shenzhen Graduate School（北京大学深圳研究生院）；Peking University（北京大学）
本文提出对称感知流匹配模型SALA，通过状态-上下文分离生成分子晶体，在799个晶体上实现72%命中率，显著优于基线，适用于晶体结构预测和药物设计。
2026-09-29 physics.chem-ph
Heisenberg and Dzyaloshinskii-Moriya interactions controlled by molecular packing in tri-nuclear organometallic clusters
受最近合成和理论进展的启发，我们考虑了多核有机金属配合物晶体的磁性。我们计算了Heisenberg对称交换和Dzyaloshinskiii-Moriya反对称交换。我们展示了如何，在自旋轨道耦合的情况下，电子相关和量子干涉的相互作用导致一个准一维的有效自旋模型在一个典型的三核配合物，钼$_3$ S $_7$（dmit）$_3$，尽管其潜在的三维能带结构。我们发现，分子内和分子间的自旋轨道耦合可以导致有效的Dzyaloshinskiii-Moriya相互作用。此外，我们表明，即使是一个孤立的对分子的分子的相对取向控制的Dzyaloshinskiii-Moriya耦合的性质。我们发现，干扰效应也发挥了至关重要的作用，在确定Dzyaloshinskiii-Moriya相互作用。因此，我们认为，多核有机金属配合物代表了一个理想的平台，以调查量子磁体上的Dzyaloshinskiii-Moriya相互作用的影响。
2017-08-03 cond-mat.str-el physics.chem-ph
Molecular librations in a liquid investigated by ultrafast optical Kerr effect spectroscopy
提出了一种详细的理论方法，模拟了超快光外差探测光克尔效应（OHD-OKE）研究液体中分子的振动。将该方法应用于氟仿分子液体，获得了有关光谱、弛豫时间和时域振动的新信息。
2006-01-25 physics.chem-ph
Molecular Realism in Default Models for Information Theories of Hydrophobic Effects
这封信考虑了几个物理参数的贡献，惰性气体的疏水水化，构建默认模型来测试它们在信息理论，并给出信息理论预测使用这些默认模型与时刻信息来自模拟液态水。测试的物理特性包括：填充或空间效应、降低溶剂压力的吸引力的作用以及液态水中水分子的大致四面体配位。填充效应（硬球默认模型）和填充效应加上吸引力（Lennard-Jones默认模型）是无效的，在改进预测的疏水性水合自由能的惰性气体在以前使用的吉布斯和平坦的默认模型。然而，一个概念上简单的集群泊松模型，将四面体协调结构的默认模型是这些预测的更好的表现之一。这些结果提供了一个部分合理化的显着性能的平面默认模型在以前的应用程序中的两个时刻。因此，集群泊松违约模型将是进一步完善的主题。
1999-01-19 physics.chem-ph
Molecular kinetics of solid and liquid CHCl$_3$
我们提出了一个详细的分析的分子动力学的二氯甲烷$_3$在一个温度范围内，涵盖固相和液相。利用核四极共振技术，我们测定了预熔化条件下固体中分子转动的弛豫时间。分子动力学模拟用于表征固相和液相中的旋转动力学，并根据分子相对取向研究液体的局部结构。我们发现，在预熔化制度的分子旋转的C-H键，但旋转是各向同性的液体中，即使在过冷条件下。
2013-08-27 physics.chem-ph
Molecular dynamics simulation studies of 1,3-dimethyl imidazolium nitrate ionic liquid with water
对离子液体与水分子间相互作用的基本认识是预测离子液体性质的重要内容。采用量子力学（QM）和分子动力学（MD）模拟方法，研究了1，3-二甲基咪唑[DMIM]+和硝酸根[NO3]-与水分子间的相互作用和非共价相互作用.首先对分子二聚体进行了广泛的电子结构计算，使用各种水平的理论和基组来精确定位二聚体优化的几何形状并估计气相中的结合能。在6-311++G（d，p）基组下，对阳离子-阴离子对和阴离子-水对进行了大量的计算，得到了平面二聚体的几何构型。色散校正的交换相关泛函导致更有利的结合能为所有测试对相比，使用Moller-Plesset二阶微扰理论（MP2）获得的能量。接下来使用修正的多极可极化力场（PFF）进行分子动力学模拟。水对离子液体的热力学性质的影响进行了评估。热力学性质包括液体密度、过量摩尔体积和液体结构g（r）作为水浓度的函数。离子液体-水混合物的密度随着水浓度的增加而单调减小。一个负的过量体积得到低的水浓度证明强分子间相互作用的水与离子液体组分。离子液体-水混合物的液体结构揭示了当水浓度增加时阴离子与阳离子在较短的分子间距离处相互作用的趋势。
2022-06-08 physics.chem-ph
Classical density functional theory to tackle solvation in molecular liquids
本文简要回顾了原子和分子流体的经典密度泛函理论。我们着重讨论了该理论在确定任意分子溶质在任意分子溶剂中的溶剂化性质方面的应用。这包括溶剂化自由能的预测，以及微观，三维溶剂结构的表征。
2015-04-03 physics.chem-ph
First principles molecular dynamics simulation of a task-specific ionic liquid based on silver-olefin complex: atomistic insight into separation process
应期刊编辑的要求，作者撤回了这篇手稿。很抱歉给您带来的不便。
2008-05-30 physics.chem-ph physics.comp-ph
Molecular-scale remnants of the liquid-gas transition in supercritical polar fluids
一个电子粗粒度的水模型揭示了一个持久的痕迹的液-气过渡深入到超临界区域。分子偶极的密度依赖性中的交叉由非质子化氢键的发生引起。交叉点与缩放区域中的Widom线重合，但进一步延伸，跟踪热容最大值，为“单相”流体中的液体和气体状状态点提供证据。该效应甚至存在于偶极极限模型中，这表明它对于在液相中表现出偶极增强的所有分子液体是常见的。
2015-08-05 cond-mat.stat-mech physics.chem-ph
The Plastic and Liquid Phases of CCl$_3$Br Studied by Molecular Dynamics Simulations
采用分子动力学方法研究了CCl $_3$ Br的液晶相和塑性结晶相。我们研究了短程取向顺序使用最近开发的分类方法，我们发现，这两个阶段的行为非常相似的方式。唯一的差异发生在非常短的分子分离，这是非常罕见的。利用分子键的时间关联函数研究了分子的转动动力学。我们发现，弛豫动力学对应于各向同性扩散模式的液相，但偏离这种行为的温度降低，系统过渡到塑性相。
2013-07-12 cond-mat.soft physics.chem-ph
Bridgman formula for the thermal conductivity of atomic and molecular liquids
本文系统检验了布里奇曼关于液体热导率与声速线性相关的模型，发现该关系在简单流体和单、双原子液体中成立，但比例系数并非固定，而是随分子复杂性增大。
2023-05-25 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.chem-ph
Unexpectedly high pressure for molecular dissociation in liquid hydrogen by a reliable electronic simulation
氢的高压相图的研究已经持续了大约一个世纪，因为它仍然是实验和理论技术的基本挑战。本文采用了一种基于量子Monte Carlo方法的有效的分子动力学，它能精确地描述电子关联，并能处理大量的氢原子，从而能真实可靠地预测热力学性质。我们发现，分子液相是出乎意料的稳定和过渡到一个完整的原子液相发生在更高的压力比以前认为的。因此，低温雾化的老问题离实验还很远。
2014-04-22 cond-mat.mtrl-sci physics.chem-ph
On the quantification of the dissolved hydroxyl radicals in the plasma-liquid system using the molecular probe method
羟基（OH）自由基是等离子体-液体相互作用产生的最重要的反应性物种，并且液相中的OH（溶解的OH自由基，OHdis）由于其高反应性而在许多基于等离子体的应用中起作用。因此，血浆-液体系统中OHdis的定量是非常重要的，并且通常用于OHdis检测的分子探针方法可以被应用。本文研究了用分子探针法测定等离子体-液体体系中[OHdis]的有效性。以二甲基亚砜为分子探针测定空气等离子体-液体体系中的[OHdis]，部分OHdis与OHdis诱导生成的甲醛（HCHO）有关。分析表明，OHdis的真实浓度应根据三项之和来估计：形成的HCHO、现有的OH清除剂和OHdis生成的H2 O2。结果表明，由于HCHO在血浆-液体体系中的破坏不可忽略，因此需要对测定的[HCHO]进行校正。我们从结果和分析中得出结论，分子探针方法通常低估了血浆-液体系统中的[OH dis]。要获得等离子体-液体体系中OH_（dis）的真实浓度，需要了解OH_（dis）诱导衍生物的破坏行为、OH清除剂（如水合电子、原子氢等）的信息以及OH_（dis）生成H_2O_2的信息。
2017-09-27 physics.chem-ph physics.plasm-ph
Prediction of ternary vapor-liquid equilibria for 33 systems by molecular simulation,
本文以前人工作中建立的78种纯物质的分子模型为基础，系统地研究了三元体系的汽液平衡，并对这78种组分的33个有实验数据的三元混合物进行了分子模拟。混合物模型基于修正的Lorentz-Berthelot组合规则，该规则包含一个二元相互作用参数，该参数在以前的工作中被调整到每个二元子系统的单个实验二元蒸汽压，而不对三元数据进行调整。对33个三元混合物的分子模型预测结果与实验数据进行了比较，几乎在所有情况下，分子模型都能很好地预测三元混合物的性质。
2009-06-17 physics.chem-ph physics.comp-ph
Tautomerism in liquid 1,2,3-triazole: a combined Energy-Dispersive X-Ray Diffraction, Molecular Dynamics and FTIR study
在这项工作中，我们报告了一个多技术（能量色散X射线衍射，计算方法和FT-IR光谱）研究的互变异构平衡的1，2，3-三唑，少数几个小的含氮杂环液体在室温下。T-2 H形式（C2 v对称性）被发现在气相和固相中是强烈有利的，而纯液体给出的衍射图案可以用从T-2 H和T-1H互变异构体的一些分子动力学结果计算的结构函数满意地解释，尽管T-2 H形式给出稍微更好的一致性。
2013-01-18 cond-mat.soft physics.chem-ph
Transport properties of room temperature ionic liquids from classical molecular dynamics
室温离子液体（RTIL）由于其新颖的和高度可定制的性质在过去十年中吸引了科学界的广泛关注。然而，它们的高粘度对RTIL在实际应用中的使用造成严重限制。为了阐明RTIL传输特性背后的一些物理方面，广泛的经典分子动力学（MD）计算报告。体积粘度和离子电导率的丁基甲基咪唑基RTIL在很宽的温度范围内。分析了模拟参数对液体性质的依赖性，例如系统尺寸效应和相互作用势的选择。
2012-03-24 cond-mat.soft physics.chem-ph
Cavity molecular dynamics simulations of liquid water under vibrational ultrastrong coupling
我们用经典的分子动力学模拟模拟了液态水的强振动耦合（VSC）和超强耦合（V-USC）。当腔模与液态水的O-H伸缩模共振耦合时，红外光谱出现不对称拉比分裂。根据腔模式的频率，下极化激元（LP）可以相对于上极化激元（UP）被抑制或增强。此外，尽管在垂直超临界和垂直超临界下水分子的静态性质和平移扩散没有发生变化，但我们发现H $_2$ O分子的取向自相关函数发生了变化，特别是在垂直超临界下，这可能在基态化学中发挥作用.
2020-06-10 physics.chem-ph physics.optics
Machine Learning Inference of Molecular Dipole Moment in Liquid Water
液态水中的分子偶极矩是一个有趣的性质，部分原因是没有唯一的方法将总电子密度划分为单个分子的贡献。规避这个问题的流行方法是使用最大局域化的Wannier函数，它通过最小化Boys的扩展函数来执行所占据的分子轨道的幺正变换。在这里，我们使用满足两个物理约束的数据驱动方法来重新审视这个问题，即：i）原子电荷的位移与Berry相位极化成比例; ii）每个水分子的形式电荷为零。事实证明，从潜变量推断的分子偶极矩在液态水中的分布是惊人的相似，从最大本地化的Wannier函数。除了把一个最大似然脚注建立的方法，这项工作突出了图形卷积为基础的收费模型的能力和物理约束的重要性，提高解释性。
2021-05-14 cond-mat.soft physics.chem-ph
Liquid Water through Density-Functional Molecular Dynamics: Plane-Wave vs Atomic-Orbital Basis Sets
我们确定和比较结构，动力学和电子性质的液态水在附近的环境条件下，通过密度泛函分子动力学模拟，当使用平面波或原子轨道基组。在这两个框架中，电子结构和原子力的自洽确定在同一理论方案的基础上的非局部密度泛函占范德华相互作用。在这两个框架内实现的液态水的整体性质是非常一致的。因此，我们的研究支持平面波或原子轨道基组的实现产生等效的结果，可以不加区别地用于液态水或水溶液的研究。
2016-07-29 cond-mat.mtrl-sci cond-mat.soft physics.chem-ph
