Atlas：由 Mayo Clinic、Charité 和 Aignostics 推出的新型病理学基础模型
Atlas: A Novel Pathology Foundation Model by Mayo Clinic, Charité, and Aignostics
Mayo Clinic（梅奥诊所）；Charité（夏里特医学院）；Aignostics（艾格诺斯蒂克斯公司）；Technische Universität Berlin（柏林工业大学）；BIFOLD – Berlin Institute for the Foundations of Learning and Data（柏林学习与数据基础研究所）；Korea University（高丽大学）；Max-Planck Institute for Informatics（马克斯·普朗克信息学研究所）；German Cancer Research Center（德国癌症研究中心）
Maximilian Alber, Stephan Tietz, Jonas Dippel, Timo Milbich, Timothée Lesort, Panos Korfiatis, Moritz Krügener, Beatriz Perez Cancer, Neelay Shah, Alexander Möl… 展开作者
Maximilian Alber, Stephan Tietz, Jonas Dippel, Timo Milbich, Timothée Lesort, Panos Korfiatis, Moritz Krügener, Beatriz Perez Cancer, Neelay Shah, Alexander Möllers, Philipp Seegerer, Alexandra Carpen-Amarie, Kai Standvoss, Gabriel Dernbach, Edwin de Jong, Simon Schallenberg, Andreas Kunft, Helmut Hoffer von Ankershoffen, Gavin Schaeferle, Patrick Duffy, Matt Redlon, Philipp Jurmeister, David Horst, Lukas Ruff, Klaus-Robert Müller, Frederick Klauschen, Andrew Norgan
Recent advances in digital pathology have demonstrated the effectiveness of foundation models across diverse applications. In this report, we present Atlas, a novel vision foundation model based on the RudolfV approach. Our model was trained on a dataset comprising 1.2 million histopathology whole slide images, collected from two medical institutions: Mayo Clinic and Charité - Universtätsmedizin Berlin. Comprehensive evaluations show that Atlas achieves state-of-the-art performance across twenty-one public benchmark datasets, even though it is neither the largest model by parameter count nor by training dataset size.
fastMRI+: Clinical Pathology Annotations for Knee and Brain Fully Sampled Multi-Coil MRI Data
Microsoft Research（微软研究院）；University of Wisconsin-Madison（威斯康星大学麦迪逊分校）；University of Minnesota（明尼苏达大学）；Stanford University（斯坦福大学）；Duke University（杜克大学）；New York University（纽约大学）
Towards Launching AI Algorithms for Cellular Pathology into Clinical & Pharmaceutical Orbits
University of Warwick（华威大学）；University of Birmingham（伯明翰大学）；University Hospitals Coventry & Warwickshire（考文垂和沃里克郡大学医院）；The Alan Turing Institute（艾伦·图灵研究所）
Multimodal Whole Slide Foundation Model for Pathology
Mass General Brigham, Harvard Medical School（哈佛医学院，麻省总医院布里格姆医疗系统）；Dana-Farber Cancer Institute（丹娜法伯癌症研究院）；Broad Institute of Harvard and MIT（哈佛与麻省理工学院博德研究所）；John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences, Harvard University（哈佛大学约翰·A·保尔森工程与应用科学学院）；Helmholtz Munich – German Research Center for Environment and Health（亥姆霍兹慕尼黑中心——德国环境与健康研究中心）；School of Computation, Information and Technology, Technical University of Munich（慕尼黑工业大学计算、信息与技术学院）；Department of Electrical Engineering and Computer Science, Massachusetts Institute of Technology（麻省理工学院电气工程与计算机科学系）；Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology, Massachusetts Institute of Technology（麻省理工学院哈佛-麻省卫生科学与技术分部）；Department of Pathology, Pusan National University（釜山大学病理学系）；Department of Pathology and Laboratory Medicine, Emory University School of Medicine（埃默里大学医学院病理学与检验医学系）；Harvard Data Science Initiative, Harvard University（哈佛大学哈佛数据科学计划）；Department of Systems Biology, Harvard Medical School（哈佛医学院系统生物学系）；Department of Preventive Medicine, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo（东京大学医学部预防医学系）
Atlas 2 -- Foundation models for clinical deployment
Aignostics, Germany（德国Aignostics公司）；Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN, US（美国梅奥诊所实验室医学与病理学部门）；Department of Radiology, Mayo Clinic, Rochester MN, US（美国梅奥诊所放射学部门）；Department of Information Technology, Mayo Clinic, Rochester MN, US（美国梅奥诊所信息技术部门）；Mayo Clinic, Rochester MN, US（美国梅奥诊所）；Digital Pathology, Mayo Clinic, Rochester MN, US（美国梅奥诊所数字病理学部门）；Machine Learning Group, Technische Universität Berlin, Germany（德国柏林技术大学机器学习小组）；BIFOLD – Berlin Institute for the Foundations of Learning and Data, Germany（德国柏林学习与数据基础研究所）；Department of Artificial Intelligence, Korea University, Republic of Korea（韩国韩国大学人工智能系）；Max-Planck Institute for Informatics, Germany（德国马克斯·普朗克信息研究所）；German Cancer Research Center (DKFZ) & German Cancer Consortium (DKTK), Berlin & Munich Partner Sites, Germany（德国癌症研究中心（DKFZ）及德国癌症联盟（DKTK）柏林与慕尼黑合作站点）；Institute of Pathology, Ludwig-Maximilians-Universität München, Germany（德国慕尼黑路德维希-马克西米利安大学病理学研究所）；Institute of Pathology, Charité – Universitätsmedizin Berlin, Germany（德国柏林夏里特大学医学中心病理学研究所）；Bavarian Cancer Research Center (BZKF), Germany（德国巴伐利亚癌症研究中心（BZKF））；Helmholtz Munich, Germany（德国海德堡-慕尼黑亥姆霍兹中心）；Technical University Munich, Germany（德国慕尼黑技术大学）
Paired Uterine Whole-Slide Images and Pathology Reports for Multimodal Computational Pathology
Institute of Pathology, Technical University of Munich（慕尼黑工业大学病理研究所）；Computer Aided Medical Procedures (CAMP), Technical University of Munich（慕尼黑工业大学计算机辅助医疗程序（CAMP））；Munich Center for Machine Learning (MCML)（慕尼黑机器学习中心）；Department of Human Pathology, Juntendo University Graduate School of Medicine（顺天堂大学医学研究生院人体病理学部）；The Hong Kong University of Science and Technology（香港科技大学）；Munich Data Science Institute (MDSI)（慕尼黑数据科学研究所）
PRISM2: Unlocking Multi-Modal General Pathology AI with Clinical Dialogue
Paige, NYC, NY United States（美国纽约市帕伊公司）；Microsoft Research, Cambridge, MA United States（微软研究院）；Memorial Sloan Kettering Cancer Center, NYC, NY United States（纪念斯隆凯特林癌症中心）；University of Yale, New Haven, CT United States（耶鲁大学）
Towards Robust Foundation Models for Digital Pathology
Berlin Institute for the Foundations of Learning and Data (BIFOLD)（柏林学习与数据基础研究所）；Aignostics GmbH（Aignostics公司）；The Netherlands Cancer Institute Amsterdam (NKI)（荷兰癌症研究所）；Antoni van Leeuwenhoek Hospital (AvL)（安东尼·范·列文虎克医院）；Ludwig Maximilian University（慕尼黑大学）；German Cancer Research Center（德国癌症研究中心）；Korea University（高丽大学）；Max-Planck Institute for Informatics（马克斯·普朗克信息学研究所）
WsiCaption: Multiple Instance Generation of Pathology Reports for Gigapixel Whole-Slide Images
College of Computer Science and Technology, Zhejiang University（浙江大学计算机科学与技术学院）；Research Center for Industries of the Future, Westlake University（西湖大学未来产业研究中心）；School of Engineering, Westlake University（西湖大学工程学院）
TumorChain: Interleaved Multimodal Chain-of-Thought Reasoning for Traceable Clinical Tumor Analysis
Zhejiang University（浙江大学）；DAMO Academy, Alibaba Group（阿里集团达摩院）；Hupan Lab（虎扑实验室）；Shanghai Institution of Pancreatic Disease（上海胰腺疾病研究所）；Shengjing Hospital of China Medical University（中国医科大学盛京医院）；Sun Yat-sen University Cancer Center（中山大学肿瘤中心）
Joining Forces for Pathology Diagnostics with AI Assistance: The EMPAIA Initiative
Charité – Universitätsmedizin Berlin（柏林夏里特医学院）；Freie Universität Berlin（柏林自由大学）；Humboldt Universität zu Berlin（柏林洪堡大学）；Fraunhofer Institute for Digital Medicine MEVIS（弗劳恩霍夫数字医学MEVIS研究所）；Technische Universität Berlin（柏林工业大学）；QuIP GmbH（QuIP有限公司）；University Hospital RWTH Aachen（亚琛工业大学附属医院）
Data Efficient and Weakly Supervised Computational Pathology on Whole Slide Images
Brigham and Women’s Hospital（布莱根妇女医院）；Harvard Medical School（哈佛医学院）；Broad Institute of Harvard and MIT（哈佛-麻省理工学院博德研究所）；Dana-Farber Cancer Institute（达纳-法伯癌症研究所）
Sorbonne Université（索邦大学）；Institut du Cerveau - Paris Brain Institute - ICM（巴黎大脑研究所（ICM））；CNRS（法国国家科学研究中心）；Inria（法国国家信息与自动化研究所）；Inserm（法国国家健康与医学研究院）；AP-HP（巴黎公共援助医院）；Hôpital Pitié Salpêtrière（皮蒂耶-萨尔佩特里埃医院）
Assessing and Enhancing Robustness of Deep Learning Models with Corruption Emulation in Digital Pathology
College of Engineering, Peking University（北京大学工学院）；Third Hospital, Peking University Health Science Center（北京大学医学部第三医院）；Institute of Biomedical Engineering, Beijing Institute of Collaborative Innovation（北京协同创新研究院生物医学工程研究所）
From Whole-slide Image to Biomarker Prediction: A Protocol for End-to-End Deep Learning in Computational Pathology
Technical University Dresden（德累斯顿工业大学）；University of St Andrews（圣安德鲁斯大学）；Helmholtz Munich – German Research Center for Environment and Health（亥姆霍兹慕尼黑中心-德国环境与健康研究中心）；Technical University of Munich（慕尼黑工业大学）；University Hospital Aachen（亚琛大学医院）；University Medical Center Mainz（美因茨大学医学中心）；University of Leeds（利兹大学）；National Center for Tumor Diseases (NCT)（国家肿瘤疾病中心 (NCT)）；University Hospital Heidelberg（海德堡大学医院）；Technische Universität Dresden（德累斯顿工业大学）
Highdicom: A Python library for standardized encoding of image annotations and machine learning model outputs in pathology and radiology
Martinos Center for Biomedical Imaging（马蒂诺斯生物医学成像中心）；Massachusetts General Hospital（麻省总医院）；MGH & BWH Center for Clinical Data Science（麻省总医院与布莱根妇女医院临床数据科学中心）；Mass General Brigham（麻省医疗布列根）；Isomics, Inc.（Isomics公司）；Center for Integrated Diagnostics（综合诊断中心）；Harvard Medical School（哈佛医学院）；PixelMed Publishing, LLC.（PixelMed出版有限责任公司）；Surgical Planning Laboratory（外科规划实验室）；Brigham and Women’s Hospital（布莱根妇女医院）
HistoEncoder: a digital pathology foundation model for prostate cancer
University of Helsinki（赫尔辛基大学）；Helsinki University Hospital（赫尔辛基大学医院）；Skåne University Hospital（斯科讷大学医院）；Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), HiLIFE, University of Helsinki（赫尔辛基大学HiLIFE项目下属芬兰分子医学研究所（FIMM））；iCAN Digital Precision Cancer Medicine Flagship（iCAN数字精准癌症医学旗舰项目）
Unlocking the Potential of Digital Pathology: Novel Baselines for Compression
German Cancer Research Center (DKFZ)（德国癌症研究中心 (DKFZ)）；Heidelberg University（海德堡大学）；Ulm University Medical Centre（乌尔姆大学医学中心）；Technical University of Munich（慕尼黑工业大学）；University Medicine Essen（埃森大学医学中心）；Heidelberg University Hospital（海德堡大学医院）；PixelMed Publishing
Physical Color Calibration of Digital Pathology Scanners for Robust Artificial Intelligence Assisted Cancer Diagnosis
Karolinska Institutet（卡罗林斯卡学院）；FFEI Ltd（FFEI有限公司）；University of Turku（图尔库大学）；Stavanger University Hospital（斯塔万格大学医院）；University of Stavanger（斯塔万格大学）；Aarhus University Hospital（奥胡斯大学医院）；Aarhus University（奥胡斯大学）；Tampere University（坦佩雷大学）
The impact of tissue detection on diagnostic artificial intelligence algorithms in digital pathology
Karolinska Institutet（卡罗林斯卡学院）；Stavanger University Hospital（斯塔万格大学医院）；University of Stavanger（斯塔万格大学）；University of Bergen（卑尔根大学）；Synlab；Medical University of Lodz（罗兹医科大学）；University of Helsinki（赫尔辛基大学）；Mehiläinen Oy（梅希莱宁公司）；Mehiläinen Länsi-Pohja Hospital（梅希莱宁兰西波赫亚医院）；Aarhus University Hospital（奥胡斯大学医院）；Aarhus University（奥胡斯大学）；Griffith University（格里菲斯大学）；SciLifeLab（瑞典生命科学实验室）
Computational Pathology: A Survey Review and The Way Forward
Qualcomm AI Research（高通人工智能研究院）；Qualcomm Technologies Netherlands B.V.（高通科技荷兰有限公司）；Institute for Research in Immunology and Cancer of the University of Montreal（蒙特利尔大学免疫与癌症研究所）；University of Toronto（多伦多大学）
Artificial Intelligence for Digital and Computational Pathology
Harvard Medical School（哈佛医学院）；Massachusetts General Hospital（麻省总医院）；Broad Institute of Harvard and MIT（哈佛大学与麻省理工学院博德研究所）；Dana-Farber Cancer Institute（丹娜-法伯癌症研究所）；Massachusetts Institute of Technology（麻省理工学院）
