Blinking membrane patterns induced by protein binding/unbinding
Institute for Solid State Physics, University of Tokyo（东京大学固体物理研究所）
采用无网格膜模拟（非格点活性Potts模型），发现蛋白质结合/解离循环可诱导闪烁畴，该畴在无张力膜中即可形成，区别于热平衡下需正表面张力的六边形凸畴。
2026-10-19 cond-mat.soft nlin.PS physics.bio-ph
MOLS 2.0: Software Package for Peptide Modelling and Protein-Ligand Docking
MOLS 2.0的源代码和二进制文件是免费发布的（在GNU Lesser General Public License下）。它们可以在https://sourceforge.net/projects/mols2-0/files/上免费下载。
2016-09-24 physics.bio-ph q-bio.BM
maze: Heterogeneous Ligand Unbinding along Transient Protein Tunnels
增强采样方法的最新发展表明，有可能重建配体解结合途径的空间和时间分辨率无法达到实验。理想情况下，这样的技术应该提供一个原子的定义可能有许多反应途径，因为粗略的估计可能会导致高估的能量障碍，或无法采样隐藏的能量障碍，没有捕捉到的反应途径估计。在这里，我们提供了一个新方法的实现[J. Rydzewski \& O. Valsson，J. Chem. Phys. { \bf 150}，221101（2019）]完全致力于对配体-蛋白质解离过程的反应途径进行采样。该程序被称为\texttt{maze}，是作为PLUMED 2的官方模块实现的，PLUMED 2是一个用于分子系统中增强采样的开源库，并且包括在原子模拟期间找到配体从蛋白质解结合的多个异质反应途径的算法。\texttt{maze}模块只需要晶体结构就可以开始模拟，并且不依赖于许多\textit{ad hoc}参数。该方案是基于增强采样和非凸优化方法。为了展示其适用性和灵活性，我们提供了几个例子，配体解结合途径沿瞬时蛋白质隧道重建的\texttt{maze}在一个模型配体-蛋白质系统，并讨论了实施的细节。
2019-12-16 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph physics.chem-ph
Markov modeling of peptide folding in the presence of protein crowders
我们使用马尔可夫状态模型（MSMs）来分析动态的$β$ -发夹形成肽在Monte Carlo（MC）模拟与相互作用的蛋白质拥挤，两种不同类型的拥挤蛋白质[牛胰胰蛋白酶抑制剂（BPTI）和GB 1]。在这些系统中，在使用的温度下，肽可以折叠或解折叠，并与拥挤分子结合或不结合。可以确定四个或五个主要的自由能极小值。为了估计肽的主要MC弛豫时间，我们使用一系列不同的时间分辨率或滞后时间来构建MSM。我们表明，稳定的弛豫时间的估计，可以通过拟合自相关数据的MSM特征函数。本征函数保持足够的准确性，允许稳定的松弛时间估计到小的滞后时间，在这一点上，简单的估计相应的本征值的基础上有很大的系统不确定性。拥挤物的存在对肽具有稳定作用，特别是对于BPTI拥挤物，这可归因于降低的解折叠速率$k_\text{u}$，而折叠速率$k_\text{f}$基本保持不变。
2018-01-29 physics.bio-ph q-bio.BM
Neutron Reflectometry Reveals Conformational Changes in a Mechanosensitive Protein Induced by an Antimicrobial Peptide in Tethered Lipid Bilayers
本研究利用中子反射法首次直接证明抗菌肽pexiganan可诱导机械敏感蛋白MscL的C末端突出部分发生构象变化，突出长度从约46 Å降至约38 Å。
2025-06-20 physics.bio-ph
Finding Multiple Reaction Pathways of Ligand Unbinding
寻找描述大系统中罕见事件的反应途径是化学和物理学中的一个长期挑战。不正确计算的反应途径导致微观构型的简并性和无法对隐藏的能垒进行采样。为此，我们提出了一种通用的增强采样方法，通过描述配体-蛋白质相互作用的损失函数的非凸优化来找到多个不同的配体解结合反应途径。该方法成功地克服了大的能量障碍，使用自适应偏置电位，并构建可能的反应途径沿瞬态隧道没有中间或最终状态的初始猜测，只需要晶体学信息。我们研究的方法上的T4溶菌酶L99 A突变体，这是经常被用作一个模型系统来研究配体结合蛋白质，提供了一个以前未知的反应途径，并表明，使用偏置电位和隧道宽度，它是可能的捕获异质性的解结合机制之间发现的瞬时蛋白质隧道。
2019-06-17 physics.bio-ph physics.chem-ph
Role of hydration and intramolecular interactions in the helix-coil transition and helix-helix assembly in a deca-alanine peptide
对于模型十-丙氨酸肽，腔（理想疏水性）对水合的贡献有利于螺旋到螺旋转变中的螺旋状态和两个螺旋组装中的成对螺旋束。有吸引力的蛋白质-溶剂相互作用的能量贡献被分离成在第一水合壳层中与溶剂的相互作用产生的短程部分和剩余的长程部分。在螺旋-卷曲转变中，短程有吸引力的蛋白质-溶剂相互作用超过疏水水合作用，并有利于未折叠的卷曲状态。对折叠效应的分析表明，肽骨架的有利水合作用有利于未折叠状态。蛋白质分子内相互作用有利于螺旋状态，并在折叠中起决定性作用。在配对的两个螺旋，空腔的贡献超过了短程有吸引力的蛋白质-水的相互作用。然而，远距离的蛋白质-溶剂吸引相互作用可以增强或逆转这一趋势，具体取决于螺旋的相互方向。在螺旋-螺旋组装中，由吸引蛋白质-溶剂相互作用的变化引起的焓变化有利于拆卸。在螺旋配对以及，有利的蛋白质分子内相互作用被发现是一样重要的水合作用。
2015-08-23 physics.bio-ph physics.chem-ph
IR Spectroscopic Studies of Gas-Phase Peptides
本文综述了气相肽的红外光谱研究，表明红外光谱结合量子化学计算可有效推断分子结构，并有助于评估适用于更大蛋白质的量子化学模型。
2025-09-10 physics.atm-clus physics.bio-ph
Guiding Peptide Kinetics via Collective-Variable Tuning of Free-Energy Barriers
The Wolfson Department of Chemical Engineering, Technion - Israel Institute of Technology（以色列理工学院）；Faculty of Mathematics, Technion - Israel Institute of Technology（以色列理工学院）
本文提出一种高效框架，通过理性重塑自由能景观控制蛋白质构象动力学，利用HLDA集体变量预测突变对展开过渡速率的影响。
2026-04-28 physics.bio-ph
A nested mixture model for protein identification using mass spectrometry
质谱法提供了一种高通量的方法来鉴定生物样品中的蛋白质。在一个典型的实验中，样品中的蛋白质首先被分解成它们的组成肽。然后将所得的肽混合物进行质谱分析，质谱分析产生数千个光谱，每个光谱都具有其生成肽的特征。在这里，我们考虑的问题推断，从这些光谱，蛋白质和肽存在于样品中。我们开发了一个统计方法来解决这个问题，基于嵌套混合模型。与常用的两阶段方法相比，该模型提供了一个一阶段的解决方案，可以同时识别哪些蛋白质存在，以及哪些肽被正确识别。通过这种方式，我们的模型结合了蛋白质及其组成肽之间的证据反馈。使用模拟数据和酵母数据集，我们比较和对比我们的方法与现有的广泛使用的方法（PeptideProphet/ProteinProphet）和最近发表的新方法，HSM。对于肽鉴定，我们的单阶段方法始终产生更准确的结果。对于蛋白质鉴定的方法在大多数情况下具有相似的准确性，尽管我们展示了一些现有方法表现不佳的情况。
2010-11-09 physics.bio-ph q-bio.BM q-bio.QM
Absolute FKBP binding affinities obtained via non-equilibrium unbinding simulations
我们计算绝对结合亲和力结合到FKBP蛋白质的两个配体使用非平衡非结合模拟。该方法是直接的，需要很少或不需要修改许多现代分子模拟软件包。该方法利用物理路径，消除了对复杂的炼金术解耦方案的需要。这项研究的结果是有希望的。对于本文研究的配体，结合亲和力通常估计在目标值的小于4.0 kJ/mol内;并且目标值在实验的小于1.0 kJ/mol内。这些结果表明，非平衡模拟可以提供一个简单而强大的手段来估计蛋白质-配体结合亲和力。
2008-11-24 physics.bio-ph physics.comp-ph
Nanoparticle mobility over a surface as a probe for weak transient disordered peptide-peptide interactions
弱相互作用形成了大量生物过程的核心基础，特别是那些涉及内在无序蛋白质的过程。在这里，我们建立了一种新的技术，能够探测这些弱相互作用之间的合成未折叠的多肽使用方便而有效的，定量的方法基于单粒子跟踪的肽包被的金纳米粒子在肽包被的表面。我们证明，我们的技术是足够灵敏的观察到一个单一的氨基酸突变的影响上的瞬时肽-肽的相互作用。此外，缓冲盐度的影响，预计改变弱静电相互作用，也很容易检测和详细检查。本文提出的方法具有以高通量方式评价广泛的无序蛋白质、多肽和其他生物分子的弱相互作用的潜力。
2019-08-29 cond-mat.soft physics.bio-ph
The Lawnmower: an autonomous, protein-based artificial molecular motor
本文合成并表征了由球形枢纽和蛋白酶构成的蛋白质人工分子马达Lawnmower，其通过切割肽底物实现“烧桥”式定向运动，速度可达80 nm/s并能沿微加工轨道运动。
2023-08-11 physics.bio-ph
Sensitivity of peptide conformational dynamics in carbon nanotubes to directional mechanical forces
本研究通过力探针分子动力学模拟，探究碳纳米管受限环境中定向拉/推十肽对其构象动力学的影响，发现力加载速率和肽序列的作用更显著，拉动肽的穿管过程更顺畅，为理解细胞内短肽受限空间穿行机制提供了依据。
2025-02-23 cond-mat.soft physics.bio-ph
How Cations Change Peptide Structure
阳离子和蛋白质之间的特异性相互作用对肽和蛋白质结构具有强烈的影响。我们在这里阐明了潜在的相互作用的性质，特别是关于对聚酰胺主链结构的影响。要做到这一点，我们比较的构象合奏模型肽在隔离和存在下的Li+或Na+阳离子的国家的最先进的密度泛函理论（包括范德华效应）和气相红外光谱。这些单价阳离子对转角形成肽的局部骨架构象具有剧烈的影响，通过破坏H键合网络和由此产生的骨架构象的严重扭曲。事实上，Li+和Na+甚至可以对同一肽具有不同的构象效应。我们还评估了当前近似密度泛函对肽-阳离子系统的预测能力，并将其与已建立的蛋白质力场以及高水平量子化学（CCSD（T））的结果进行比较。
2013-04-29 physics.bio-ph physics.chem-ph q-bio.BM
Stochastic Ratchet Mechanisms for Replacement of Proteins Bound to DNA
实验表明，蛋白质与DNA的解结合速率取决于附近溶液中蛋白质的浓度。在这里，我们提出了一个理论的多步骤取代DNA结合蛋白质的溶液相蛋白质。对于四种不同的动力学方案，我们计算了蛋白质解结合和置换率对溶液蛋白质浓度的依赖性。我们发现：（1）溶液相蛋白质的逐渐“重新压缩”对最初结合蛋白质的“解压缩”释放的DNA位点的强烈影响;（2）溶液相蛋白质与DNA非特异性结合的模型可以描述非特异性DNA结合蛋白质Fis-Fis和Fis-HU之间的交换实验;（3）结合特异性模型描述了CueR蛋白在特异性结合位点上交换的实验。
2014-05-26 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.BM
Protein Folding Simulations in a Deformed Energy Landscape
随机隧道，最近推出的全局优化技术的修改版本，作为一种新的广义集成技术，并测试了基准肽，蛋氨酸脑啡肽。它表明，新技术允许评估这种肽的折叠特性
2000-01-13 physics.bio-ph physics.comp-ph q-bio
Harnessing the Peripheral Surface Information Entropy from Globular Protein-Peptide Complexes
University of North Carolina at Charlotte（北卡罗来纳大学夏洛特分校）
本文提出边缘表面信息熵作为热信息描述符，用于量化蛋白质-肽结合的有利约束，通过分子对接和动力学模拟验证其在不同条件下的稳定性及进化选择压力。
2026-01-31 cs.IT math.IT physics.bio-ph
Transient hydrophobic exposure in the molecular dynamics of Abeta peptide at low water concentration
Abeta是一种对阿尔茨海默病至关重要的无序肽。Abeta的聚集已被广泛研究，但其分子拥挤程度较低。Abeta所在的突触间隙仅能容纳60-70个水分子。我们进行了Abeta 40到100个不同的模拟与可变的水细胞大小。我们表明，即使对于这种无序的聚集倾向的肽，许多属性是不依赖于细胞大小，即一个小的细胞是很容易证明。的回转半径，内肽，和肽-水氢键是很好的采样短（50 ns）的时间尺度在任何细胞大小。Abeta主要以0-30%的α螺旋无序，但在5-10%的模拟中，无论细胞大小如何，都经历了高达14%链的一致的α-β转变。类似的患病率在长和短的模拟表明小的扩散障碍的结构转变，相反，折叠的球状蛋白质，我们认为这是一个定义的内在无序的蛋白质的标志。重要的是，疏水表面在小细胞中显著增加（置信水平95%，双尾t检验），暴露和骨架构象的变化也是如此（增加>40%和>27%的标准偏差）。而亲水性暴露占主导地位的疏水性暴露在大细胞，这种趋势打破了低水浓度。我们将这些发现解释为浓度依赖性疏水效应，小水层无法保持蛋白质不暴露，这种效应主要是由分层的水-水相互作用引起的，而不是由肽动力学引起的。暴露与回转半径（R2 0.35-0.50）相关，并且在拥挤的环境（例如突触间隙）中可能是重要的。
2019-05-20 physics.bio-ph q-bio.BM
Helix vs. Sheet Formation in a Small Peptide
具有氨基酸序列EKAYLRT的片段在天然存在的蛋白质中以$α$ -螺旋和$β$ -折叠出现。因此，我们利用这种肽来研究蛋白质二级结构的形成如何依赖于局部环境。我们的数据依赖于多正则蒙特卡罗模拟，其中考虑了所有原子之间的相互作用。气相中的结果进行了比较，在一个隐式溶剂。我们发现，无论是在气相和溶剂化EKAYLRT形成一个$α$ -螺旋时，不与其他分子相互作用。然而，在$β$ -链附近，肽形成$β$ -链。由于这种二级结构的变化，我们的肽可能为$α\to β$转变提供一个简单的模型，该转变被认为与朊病毒疾病和类似疾病的爆发有关。
2003-08-20 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.BM
The influence of T cell development on pathogen specificity and autoreactivity
T细胞在激活时协调适应性免疫应答。T细胞活化需要其表面上的T细胞受体与短肽足够强的结合，所述短肽来源于与主要组织相容性（MHC）基因产物的蛋白产物结合的外源蛋白，所述主要组织相容性（MHC）基因产物展示在抗原呈递细胞的表面上。T细胞也可以与肽-MHC复合物相互作用，其中肽来源于宿主（自身）蛋白。在胸腺中选择相对自身耐受的T细胞受体的多样性库。我们研究了一个模型，计算和分析，描述如何胸腺选择形状的T细胞受体库，使T细胞受体识别的致病肽是特异性和退化。我们还讨论了自身免疫性T细胞从胸腺逃逸的可能性。
2011-08-02 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.CB
Unbinding of Retinoic Acid from its Receptor Studied by Steered Molecular Dynamics
视黄酸受体（RAR）是一种配体依赖性转录因子，调节细胞生长、分化和发育相关基因的表达。视黄酸激素与RAR的结合伴随着蛋白质的构象变化，其诱导靶基因的反式激活或反式阻遏。在本文中，我们提出了一个激素的结合/解结合过程的研究，以澄清一些氨基酸接触的作用，并确定可能的途径，全反式维甲酸结合/解结合/从人维甲酸受体（hRAR）-g。三种可能的途径进行了探索，使用转向分子动力学模拟。通过对激素施加外力以1 ns的时间尺度诱导解结合。模拟表明，激素可能采用一种结合途径和另一种“后门”途径解结合。
1999-03-31 physics.bio-ph physics.comp-ph q-bio
Anisotropic membrane curvature sensing by amphipathic peptides
本研究通过模拟单个两亲性抗菌肽与屈曲脂质双层的方向依赖性相互作用，揭示了不同肽的各向异性曲率感知特征，并挑战现有疏水插入理论。
2016-09-12 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.BM
Membrane domain formation induced by binding/unbinding of curvature-inducing molecules onto both membrane surfaces
在热平衡和非平衡稳态下，利用无网格膜模拟研究了曲率诱导分子（如外周或跨膜蛋白和锥形表面活性剂）的结构域形成。这些分子可以结合到双层膜的两个表面上，也可以通过触发器移动到相对的小叶。在对称条件下的两个小叶，除了条纹和斑点图案的膜域形成棋盘图案。未绑定的膜稳定棋盘格的顶点。在非对称条件下，畴形成kagome格状畴和线状畴。在非平衡稳态中，结合分子在上溶液和下溶液之间的流动可以通过触发器发生。
2022-12-25 cond-mat.soft physics.bio-ph
Sequence-specific size, structure, and stability of tight protein knots
大约1%的已知蛋白质结构在其天然折叠中显示打结构型，但其功能尚不清楚。据推测，缠结可能抑制机械蛋白质解折叠或运输，例如，如通过狭窄的生物孔的细胞穿线或移位过程。在这里，我们研究了紧肽结（TPK）的特点，详细拉选定的3_1和4_1结肽使用全原子分子动力学计算机模拟。我们发现，对于宽范围的张力（F <1.5nN），3_1和4_1-TPK长度通常分别为Δ 1 ~ 4.7nm和6.9nm，这表明孔直径为~ 2nm，低于该孔直径，易位的打结蛋白可能卡住。4_1节长度与最近的AFM拉伸实验一致。然而，详细的TPK特征可能是序列特异性的：我们发现聚甘氨酸具有不同的大小和结构行为，并且引人注目的是，由于极性TPK核心的侧链屏蔽，疏水性TPK具有强氢键和水分子捕获能力。水的捕获和释放在少数情况下被发现是由收紧力控制的。这些机制导致TPK的序列特异性“锁定”和亚稳定性，这可能导致在指定序列位置处的打结肽转运的阻断。有趣的是，宏观上紧密的4_1结结构在微观上被复制（“8字形”与“椒盐卷饼”），并且可以通过与数学预测相反的序列进行调整。我们的发现可能解释天然蛋白质中结的功能，挑战以前对大分子结的研究，并可能在生物和纳米技术中找到用途。
2008-09-04 physics.bio-ph physics.chem-ph
Multiple barriers in forced rupture of protein complexes
在动态力谱（DFS）中观察到的生物分子复合物的最可几断裂力（$f^*$）与对数加载速率（$\log{r_f}$）的曲率解释使用一维自由能分布与多个障碍或一个单一的障碍与力依赖的过渡态。在这里，我们提供了一个标准来选择一个场景。如果断裂动力学是通过跨越描述解束缚的物理自由能曲线中的单个势垒而发生的，则从$(1- f^*/f_c)^{1/ν}\sim(\log r_f)$得到的指数$ν$（其中$f_c$是在没有力的情况下的临界力）被限制为$0.5 \leq ν\leq 1$。对于生物素配体复合物和白细胞相关抗原-1结合细胞间粘附分子，其在DFS数据中显示大曲率，与实验数据拟合产生$ν<0.5$，表明配体解结合与多屏障穿越相关。
2012-04-06 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.BM
Impact of vibrational entropy on the stability of unsolvated peptide helices with increasing length
螺旋是蛋白质结构中的关键折叠基序。对于给定的多肽或蛋白质，哪些因素决定螺旋稳定性的问题是一个持续的挑战。在这里，我们使用范德华修正的密度泛函理论，以解决这个问题的一部分，在自下而上的方法。我们展示了如何内在的螺旋结构是稳定的长度和温度为一系列的实验研究良好的非溶剂化丙氨酸为基础的多肽，Ac-Alan-LysH+。通过广泛探索这些分子的构象空间，我们发现，螺旋出现的长度范围n=4-8的首选结构，不仅由于双因素（氢键和他们的协同性，范德华色散相互作用，静电），但重要的是，也通过在室温下竞争构象的振动熵稳定。稳定是由于软的低频振动模式的螺旋构象比在更紧凑的。这一观察结果得到证实，包括明确通过\emph{ab initio}分子动力学的非谐效应，并通过测试不同的终端和考虑较大的螺旋肽模型推广。
2012-08-30 physics.bio-ph physics.chem-ph q-bio.BM
Interactive molecular dynamics in virtual reality for accurate flexible protein-ligand docking
模拟药物结合和解结合是一个挑战，因为分离结合和未结合状态的崎岖的能量景观需要消耗大量计算资源的大量采样。在这里，我们描述了使用交互式分子动力学在虚拟现实（iMD-VR）作为一个准确的低成本的策略灵活的蛋白质配体对接。我们概述了一个实验方案，使专家iMD-VR用户能够引导配体进出胰蛋白酶，神经氨酸酶和HIV-1蛋白酶的结合口袋，并在5 - 10分钟内重新创建各自的晶体蛋白-配体结合姿势。经过短暂的培训阶段，我们的研究表明，iMD-VR新手能够在与iMD-VR专家相似的时间尺度上生成解结合和再结合途径，其中大多数能够在晶体学结合位姿的2.15埃RMSD内恢复结合位姿。这些结果表明，iMD-VR为用户提供了足够的控制来进行将柔性配体对接到动态酶活性位点并恢复晶体学姿势所需的详细原子操作，为模拟药物对接和生成结合假设提供了一种有趣的新方法。
2020-02-04 physics.bio-ph physics.comp-ph q-bio.BM
Effects of electrostatic interactions on ligand dissociation kinetics
我们研究了多价阳离子配体从带相反电荷的聚合物结合位点稀疏地接枝在平坦的中性基底上的解结合。我们的分子动力学（MD）模拟建议蛋白质-DNA相互作用的单分子研究。我们考虑单价盐浓度跨越大约一千倍的范围，以及各种浓度的过量配体在溶液中。为了揭示离子对自发和易化解离机制的解束缚动力学的影响，我们在Debye-Hückel（DH）或“隐式”离子，即，使用具有规定衰减长度的静电势）水平，以及通过在模拟中明确考虑所有离子种类的更精确方法。我们发现，DH的方法系统地高估解结合率，相对于所有离子对都明确存在于溶液中的计算，虽然这两种类型的计算的许多方面是定性相似的。对于易化解离（FD，溶液中游离配体加速解结合），明确的离子模拟导致在较低的游离配体浓度下解结合。我们的模拟预测各种FD制度作为自由配体和离子浓度的函数;一个特别有趣的制度是在中间浓度的配体，其中非静电结合强度控制FD。我们的结论是明确的离子静电建模是一个重要组成部分，定量解决问题的分子配体解离，包括核酸结合蛋白。
2017-11-03 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.BM
PARCE: Protocol for Amino acid Refinement through Computational Evolution
作为结合剂的肽和蛋白质的计算机设计由于它们的低副作用和主要特异性而可用于诊断和治疗。为了选择最有希望的候选物，关键问题是了解它们与蛋白质靶标的相互作用。在这项工作中，我们提出了PARCE，一个开源的协议，通过计算进化的氨基酸细化，实现了一个先进的和有前途的方法设计的肽和蛋白质。该方案在结合剂序列中进行随机突变，然后使用分子动力学模拟对结合的构象进行采样，并通过多个评分评估蛋白质相互作用。最后，它通过应用基于结合分数的一致性标准来接受或拒绝突变。迭代该过程的目的是有效地探索新的序列与潜在的更好的亲和力对他们的目标。我们还提供了一个教程运行和再现的方法。
2020-04-27 physics.bio-ph q-bio.BM q-bio.QM
Can all-atom protein dynamics be reconstructed from the knowledge of C-alpha time evolution?
我们询问在何种程度上蛋白质肽平面和侧链动力学可以从C-α动力学的知识重建。由于缺乏实验数据，我们分析了Anton超级计算机上所有的原子分子动力学轨迹，为了清楚起见，我们将注意力限制在肽平面O原子和侧链C-β原子上。我们尝试用四种不同的方法来重建它们的动态。其中三个是公开可用的重建计划Pulchra，Remo Scwrl 4。第四个是统计方法，完全基于蛋白质数据库（PDB）结构的统计分析。所有四种方法都将O和C-β原子精确地放置在安东轨道上。然而，统计方法表现最好。结果表明，在生理条件下，所有的原子动力学是奴隶的C-α原子。这些结果可以帮助改善所有原子力场，并推进简化蛋白质结构的重建和细化方法。这些结果为在简化坐标系下发展有效的粗粒力场提供了动力。
2019-01-21 cond-mat.soft physics.bio-ph q-bio.BM
