arXiv 1503.038772015-03-12cs.DS

构建和使用树比对图进行系统发育综合

Constructing and Employing Tree Alignment Graphs for Phylogenetic Synthesis

Ruchi Chaudhary, David Fernandez-Baca, J. Gordon Burleigh

摘要：

树比对图（TAG）提供了一种直观的数据结构，用于存储系统发育树，该系统发育树展示了各个输入树的关系，并且可以潜在地解释嵌套的分类学关系。为TAG在遗传学中的应用提供了理论依据。我们提供了一个正式的TAG的定义-不像以前的定义-不依赖于输入树提供的顺序。在共识的情况下，当所有的输入树有相同的叶子标签，我们描述的算法构建多数规则和严格的共识树使用的标签。当输入树不具有相同的叶标签集时，我们描述如何确定输入树是否兼容，如果它们兼容，则构造包含输入树的超树。

英文摘要：

Tree alignment graphs (TAGs) provide an intuitive data structure for storing phylogenetic trees that exhibits the relationships of the individual input trees and can potentially account for nested taxonomic relationships. This paper provides a theoretical foundation for the use of TAGs in phylogenetics. We provide a formal definition of TAG that - unlike previous definition - does not depend on the order in which input trees are provided. In the consensus case, when all input trees have the same leaf labels, we describe algorithms for constructing majority-rule and strict consensus trees using the TAG. When the input trees do not have identical sets of leaf labels, we describe how to determine if the input trees are compatible and, if they are compatible, to construct a supertree that contains the input trees.

机构、总结、中文摘要均由AI分析而来，可能存在错误，请以论文正文为准。

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