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arXiv 1606.088932016-06cs.DS

一种高效的系统树间成对子树剪枝-嫁接邻接关系的推断方法

Efficiently Inferring Pairwise Subtree Prune-and-Regraft Adjacencies between Phylogenetic Trees

Chris Whidden, Frederick A. Matsen

备注：: 21 pages, 3 figures. Revised in response to peer review

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摘要：

我们开发了一个时间最优的$O(mn^2)$ -时间算法来构建子树修剪-嫁接（SPR）图的m个系统发育树的集合与n叶。这改进了$O(mn^3)$的先前界限。这样的图表用于更好地理解系统发育方法的行为，并推荐参数选择和诊断标准。在这些分析的限制因素一直是在构建这样的图为大量的树木的困难。我们还开发了第一个有效的算法，用于构建最近邻交换（NNI）和树平分和重连（TBR）图

英文摘要：

We develop a time-optimal $O(mn^2)$-time algorithm to construct the subtree prune-regraft (SPR) graph on a collection of m phylogenetic trees with n leaves. This improves on the previous bound of $O(mn^3)$. Such graphs are used to better understand the behaviour of phylogenetic methods and recommend parameter choices and diagnostic criteria. The limiting factor in these analyses has been the difficulty in constructing such graphs for large numbers of trees. We also develop the first efficient algorithms for constructing the nearest-neighbor interchange (NNI) and tree bisection-and-reconnection (TBR) graphs

机构、总结、中文摘要均由AI分析而来，可能存在错误，请以论文正文为准。

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