Melting process of twisted DNA in a thermal bath
我们研究了嵌入在朗之万涨落耗散热浴中的DNA序列的熔化转变。通过沿分子主链堆叠的相邻碱基对之间的扭转角$φ$来考虑扭转效应。我们的模拟结果表明，扭转角的增加线性平移的熔化温度与一个正的斜率。在所谓的平衡角$φ_\mathrm{eq}$之后，DNA链变得非常刚性而不能打开，因此需要非常高的温度来引发解链过程。然而，在这种情况下，DNA的生物功能性在之前被破坏，因此在我们的模型中观察到的熔化过程变得与生物学无关。我们相信，这一调查的结果将更深入地了解DNA的扭曲和熔融转变之间的相互作用，为精确控制DNA的行为。
2021-08-04 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Force Induced DNA Melting
当沿着轴拉动时，双链DNA经历大的构象变化，并且在约70 pN的拉力下伸长约两倍于其初始轮廓长度。这种高度过度伸展的DNA形式的转变是非常合作的。施加垂直于DNA轴的力（解链），双链DNA也可以分离成两个单链DNA，这是DNA复制的基本过程。我们用全原子分子动力学（MD）模拟方法研究了DNA的过度拉伸和解链转变，并认为与上述过程相关的双链DNA构象变化可以看作是力诱导的DNA解链.随着DNA一端的力增加，DNA在取决于拉动方向的临界力之后开始突然/平滑地熔化。DNA完全熔化的临界力fm随着系统温度的升高而降低。解链情况下的解链力小于沿螺旋轴拉动DNA时的解链力。在通过解链解链的情况下，双链分离具有跳跃，其对应于由于不同碱基对序列而产生的不同能量最小值。Watson-Crick碱基对氢键断裂的分数作为力的函数不显示平滑和连续的行为，并且由平台和随后的急剧跳跃组成。
2008-09-10 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Force induced melting of the constrained DNA
我们建立了一个简单的模型来研究外加力对双链DNA（dsDNA）解链的影响。利用这个模型，我们可以研究双链DNA的拉伸、解链、断裂和类滑移转变。我们表明，在没有施加的力，dsDNA的熔解温度和熔解曲线强烈依赖于对dsDNA的末端施加的约束。剪切型相变的相边界的性质与DNA解压缩的相边界的性质明显不同
2009-12-12 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Melting a stretched DNA
我们通过三维蒙特卡罗模拟、精确可解模型和启发式论证研究了拉伸力作用下双链DNA的解链。所得的力-温度相图是显着不同的情况下，力施加到只有一个股或两个。对单链和双链DNA单体大小的不同假设导致了相反的结论，即DNA是否会在过度拉伸时融化。
2008-07-21 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Kinetic Pathways of the DNA Melting Transition
我们调查的DNA熔化过渡的动力学途径，使用可变范围版本的波兰-Scheraga（PS）和Peyrard-Dauxois-Bishop（PDB）模型的DNA。在PS模型中，我们构造了φ ^4-场论来计算临界液滴轮廓、初始生长模式和表征旋节线附近磁化率发散的指数。在PDB模型中，我们使用平均场分析来计算磁化率指数。我们比较这些理论结果与Monte Carlo和布朗动力学模拟PS和PDB模型，分别。我们发现，通过增加相互作用的范围，系统可以被带到接近pseudosinodal，并且在这个区域中的成核液滴是扩散的，与经典成核理论预测的紧凑液滴相反。
2013-03-28 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Reparametrizing loop entropy weights: Effect on DNA melting curves
最近的进展，在理解双链DNA的熔解行为与统计力学方法导致改进的估计的权重因子的链的解离事件，特别是内环熔解。到目前为止，在DNA解链的建模中，变性环的熵已经从闭合的自避免行走的构型的数量中估计。现在很好地理解，嵌入在链中的循环的特征在于循环闭合指数c，其高于孤立循环的循环闭合指数。在这里，我们报告了一个基于MELTSIM算法的程序计算的宽范围长度（从10到10^6个碱基对）序列的DNA熔解曲线分析。使用嵌入式循环指数，我们发现，协同性参数是一个数量级大于目前的估计。我们认为，在解链区的双螺旋的持久性长度大大减少相比，其室温值，使使用的嵌入式环闭合指数的真实DNA序列是合理的。
2004-01-06 cond-mat.stat-mech q-bio
The thermal denaturation of DNA studied with neutron scattering
脱氧核糖核酸（DNA）的熔化转变，即双螺旋结构的链在一定温度下完全分离，已经用中子散射表征。从B型纤维DNA的布拉格峰已被测量为温度的函数，其宽度和积分强度已被解释使用Peyrard-Bishop-Dauxois（PBD）模型，只有一个自由参数。该实验是独一无二的，因为它通过其他技术无法实现的熔融转变提供了分子的空间相关性。
2011-01-10 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Dynamics of DNA Melting
研究了DNA变性转变时的环动力学。一个缩放参数是用来评估互补基地（开放或关闭）的状态的自相关函数的渐近行为。自相关函数的长时间渐近行为用循环的熵指数c表示。的缩放参数的有效性进行了测试，使用一个孤立的循环和互动循环的玩具模型的微观模型。这表明了一种使用单分子实验如荧光相关光谱测量熵指数的方法。
2008-07-02 cond-mat.stat-mech
Melting behavior and different bound states in three-stranded DNA models
DNA的热变性经常用粗粒模型来研究，其中天然连续碱基配对通过仅在沿着链的相同位置处的单体之间存在吸引力相互作用来模拟（波兰和Scheraga模型）。在此框架内，在双链体DNA将处于变性状态的条件下，三链DNA结合状态的存在最近从简化的分级晶格（$d>2$）和$1+1$维度上的三个定向聚合物模型的研究中预测。这种类似于核物理学中埃菲莫夫效应的现象被称为埃菲莫夫-DNA。在本文中，我们研究了尺寸为$d<2$的Sierpinski垫片上的三链DNA的熔化，通过分配额外的权重因子到叉的开口和闭合，以诱导双链DNA熔化。在这样的背景下，我们可以再次发现Efimov-DNA样状态的存在，但令人惊讶的是，我们还发现了一种不同的相的存在，称为混合状态，其中链是成对结合的，但没有三个链接触。而Efimov DNA原来是一个交叉附近融化，混合相是一个热力学相。
2014-01-21 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Role of loop entropy in the force induced melting of DNA hairpin
在恒力系综中研究了单链DNA的动力学行为，它可以形成发夹结构。利用Langevin动力学模拟，我们得到了力-温度图，这与基于晶格模型的理论预测不同。对茎的极端碱基的概率分析表明，在高温下，发夹到卷曲的转变是熵主导的，并且环在其打开中起重要作用。然而，在低温下，转变是力驱动的，发夹从茎侧打开。结果表明，弹性能起着至关重要的作用，在高的力。结果表明，相图与理论预测有很大差异。
2011-07-01 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Role of bubble positioning in force induced melting of DNA
本研究通过布朗动力学模拟和高斯网络模型，发现DNA序列中气泡的定位影响力诱导熔化，高力下熔化始于拉伸约9个GC碱基对，且自由链熵起关键作用。
2025-06-23 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Local Cooperativity Mechanism in the DNA Melting Transition
提出了一个新的DNA解链转变的统计力学模型。碱基配对和堆叠被视为单独的自由度，配对和堆叠之间的相互作用是由一组本地规则，模仿在真实分子的几何约束。这种微观机制内在地解释了与气泡成核的自由能惩罚相关的协同性。该模型描述了光谱测定的实验熔化曲线的未配对和未堆叠部分。此外，该模型解释了所观察到的最近邻（NN）型模型中使用的有效热力学参数的温度依赖性。我们计算的配分函数的模型通过传递矩阵的形式主义，我们也推广到包括非局部链熵项。这一部分介绍了一个新的参数化的Yeramian样的转移矩阵方法的波兰-Scheraga描述的DNA熔解。该模型在齐次热力学极限下是精确可解的，并且我们计算了所有的可观测量而不使用大配分函数。众所周知，这类模型在完全链分离的温度下具有一阶或连续的相变，这取决于气泡熵的指数值。
2005-06-02 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Inter-strand distance distribution of DNA near melting
本文研究了DNA分子两条链的互补碱基对在解链转变附近的距离分布。本文讨论了一个包含自回避相互作用的广义Poland-Scheraga型模型的标度参数。在转变温度下，对于较大的距离r，分布衰减为1/r^κ，其中κ=1+（c-2）/ ν。这里v是自避免行走相关长度指数，c是与链中开环的熵相关的指数。还给出了刚好低于熔点的分布函数结果。数值模拟充分考虑了自回避相互作用，与标度方法一致。
2002-11-12 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio
Dynamical Scaling and Phase Coexistence in Topologically-Constrained DNA Melting
有一个长期的实验观察，拓扑约束的DNA，如环状封闭质粒的解链，是不那么突然比线性分子。这一发现指出了拓扑学在DNA变性物理学中的有趣作用，然而这一点却知之甚少。在这里，我们揭示了这个问题相结合的大规模布朗动力学模拟与解析可解的现象学朗道平均场论。我们发现，熔融和超螺旋之间的竞争导致在单分子水平上的变性相和完整相共存。这种共存发生在很宽的温度范围内，从而解释了转变的加宽。最后，我们的模拟显示了一个有趣的拓扑结构依赖的标度律管理的超螺旋质粒中的变性气泡的增长，这可以理解内提出的平均场论。
2017-03-24 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Rigidity of Melting DNA
研究了在拉伸力和解压缩力存在下DNA柔性的温度依赖性。考虑两类模型。在一种情况下，弹性的起源是熵，由于聚合物的相关性，而在另一种情况下，双链DNA被认为具有弯曲的固有刚性。在这两种情况下，单链都是完全柔性的。由于热产生的气泡的弹性常数的变化的灵活的情况下，准确地获得。对于内禀刚性的情况下，弹性常数被发现是成正比的气泡数波动的平方根。
2016-06-24 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Exons, introns and DNA thermodynamics
真核生物的基因的特征在于蛋白质编码片段，外显子，被内含子中断，即DNA片段，其不携带任何对蛋白质合成有用的信息。我们分析了随机选择的人类cDNA序列的熔解行为，这些cDNA序列是通过去除所有内含子从基因组DNA中获得的。外显子和解链域之间观察到明确的对应关系。这一发现可能为基因进化的物理机制提供新的见解。
2005-09-27 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.BM
DNA bubble dynamics as a quantum Coulomb problem
本文在Poland-Scheraga模型的基础上研究了双链DNA中变性泡的动力学。我们证明了相应的福克-普朗克方程等价于库仑问题。在熔化温度以下，气泡的寿命与排斥库仑势的散射态的连续性有关，在熔化温度下库仑势消失，第一次出口动力学表现出长时间的幂律尾，在熔化温度以上，对应于吸引库仑势，长时间动力学受最低束缚态控制。相关性和有限尺寸效应进行了讨论。
2006-08-21 cond-mat.stat-mech
Modeling DNA beacons at the mesoscopic scale
我们报告模型计算DNA单链描述的平衡动力学和动力学的发夹形成和熔化。建模是在单基地的水平。链刚性描述在简单的聚合物模型;替代计算使用自由旋转链和离散Kratky-Porod模型进行报告。根据Peyrard-Bishop-Dauxois哈密顿量对茎形成进行建模。在一个有效的自由能景观的扩散控制的运动方面的动力学的开放和关闭。解链曲线，解链温度对环长度的依赖性，以及动力学时间尺度与从形成聚（T）环的荧光DNA信标获得的实验数据半定量一致。链刚性的变化不足以解释闭合的大活化焓和在形成聚（A）环的发夹中观察到的强环长度依赖性。单链DNA或RNA建模的影响进行了讨论。
2007-06-17 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Effects of mechanical strain on thermal denaturation of DNA
当暴露于高温时，由于链上的DNA片段变性，多余的连接数被分子的未变性部分吸收。由于未变性部分的过度卷绕而产生的机械能原则上可以改变热变性过程的性质。假设与这种过度缠绕相关的应变没有得到缓解，我们发现，一个简单的模型应变改变熔化导致抑制的熔化过渡时，不变的过渡是连续的。当熔化转变是第一级时，在没有与过卷绕相关的应变的情况下，修改是第三级相变。
2001-05-14 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Influence of Media Disorder on DNA Melting: A Monte Carlo Study
本研究利用蒙特卡罗模拟探讨了大气无序对晶格DNA熔化的影响，发现无序程度在弱和强两个区域内分别对熔化温度和气泡统计产生不同程度的非线性影响。
2025-03-05 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
A 1-dimensional statistical mechanics model for nucleosome positioning on genomic DNA
真核生物中DNA的第一级折叠是由所谓的"10 nm染色质纤维"提供的，其中DNA包裹在组蛋白蛋白周围（约10 nm）。10纳米大小）形成核小体，核小体继续在弦结构上产生锯齿状珠。在这项工作中，我们提出了一个一维统计力学模型来研究核小体定位在一个这样的10 nm纤维。我们专注于基因组绵羊DNA的情况下，我们从有效的潜力，在无限稀释和确定从高分辨率在体外盐透析实验。我们研究定位在一个多核小体链，并比较基因组DNA的结果，在最简单的情况下得到的均匀的DNA，其中的问题可以映射到一个唐克斯气体。首先，我们考虑简单的，解析可解的情况下，假设核小体是点状的。然后，我们进行数值模拟，以衡量其有限的大小对核小体分布概率的影响。最后，我们比较核小体的分布和模拟的核酸酶消化模式的两种情况下（均质和绵羊DNA），从而提供可测试的预测序列的影响，实验观察到的数量在实验中的多核小体染色质纤维在体外重建。
2016-01-20 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.bio-ph
Secondary structure formation of homopolymeric single-stranded nucleic acids including force and loop entropy: implications for DNA hybridization
环是折叠的DNA和RNA分子中必不可少的二级结构元件，并且在接近解链转变时增殖。使用的核酸二级结构的理论，占对数熵cln m的长度为m的循环，我们研究均聚单链核酸链下的外力和不同的温度。在长链的热力学极限中，链显示低温/低力紧凑（折叠）结构和高温/高力熔融（未折叠）结构之间的相变。c对相图，临界指数，熔化，和力延伸曲线的影响，推导出解析。当拉力为零时，只有在环指数2 < c < 2.479的有限范围内，才可能发生熔融转变;当c <= 2时，链总是处于折叠相，而当2.479 < c时，链总是处于展开相。力诱导的熔融转变与奇异行为是可能的所有环指数c < 2.479，可以观察到实验单分子力谱。这些发现对双链核酸的杂交或变性有意义。用于核酸双链体解链的波兰-谢拉加模型不允许双链的变性区域中相同链上的核苷酸之间的碱基配对。如果序列允许这些链内碱基对，我们表明，对于一个现实的循环指数C ~ 2.1明显的二级结构内出现的单链。这导致双链体的熔化温度低于Poland-Scheraga模型的预测。此外，这些二级结构使表征双链的变性区域的重量的有效环指数重新归一化，并且因此影响双链体解链转变的普遍方面。
2011-04-28 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.BM
Dynamics of DNA-breathing: Weak noise analysis, finite time singularity, and mapping onto the quantum Coulomb problem
本文在Poland-Scheraga模型的基础上研究了双链DNA中变性泡的动力学。我们表明，长时间分布的DNA气泡的生存和大小的自相关函数可以从一个渐进的弱噪声的方法。特别是，低于熔化温度的气泡闭合对应于一个嘈杂的有限时间奇点。我们证明了相应的Fokker-Planck方程等价于一个量子库仑问题。低于熔化温度的气泡寿命与连续的散射状态的排斥库仑势;在熔化温度下的库仑势消失和底层的第一出口动力学表现出长时间的幂律尾;熔化温度以上，对应于一个有吸引力的库仑势，长时间的动力学控制的最低束缚态。相关性和有限尺寸效应进行了讨论。
2007-06-29 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Order of the phase transition in models of DNA thermal denaturation
我们研究了一个描述双链DNA链解链的模型的行为。对具有位移相关刚度常数和Morse现场势的模型进行了数值分析;取决于刚度参数，示出具有（i）具有“nu_vertical”= -β = 1的二阶过渡，“nu_parallel”= gamma/2 = 2（Morse势的短程吸引部分的特征）或（ii）具有有限熔化熵、不连续的束缚对分数、发散的关联长度的一级跃迁，临界指数“nu_vertical”= - beta = 1/2，“nu_parallel”= gamma/2 = 1。
2000-04-29 cond-mat.stat-mech physics.bio-ph q-bio.BM
Denaturation of Heterogeneous DNA
研究了异质序列组成对双链DNA变性的影响。由此产生的对结合能的变化被发现有一个可以忽略不计的影响，在最简单的（Peyrard-Bishop）模型的光滑的二阶熔融过渡的临界特性。然而，在采用更现实的主链刚度处理后，序列异质性被显著放大。该模型产生的“多步熔化”的功能类似于在实验中观察到的。
1997-07-09 cond-mat.stat-mech q-bio
The self-assembly of DNA Holliday junctions studied with a minimal model
在本文中，我们探讨了使用粗粒度模型来模拟DNA纳米结构的自组装的可行性。我们介绍了一个简单的DNA模型，其中每个核苷酸是由两个相互作用位点对应的磷酸-糖骨架和基地。利用这个模型，我们能够模拟DNA双链体和霍利迪连接从单链DNA的自组装。我们发现，组装是最成功的温度窗口低于熔化温度的目标结构和以上的熔融温度的错键聚集体。此外，在霍利迪交界处的情况下，我们展示了如何一个层次的组装机制，降低了被困在错键配置的可能性。该模型还能够准确地再现不同结构的相对解链温度，并允许发生链置换。
2008-12-22 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio.BM
The probability analysis of opening of DNA
我们研究了双链DNA的分离，这是由温度或力驱动。通过监测整个碱基对沿链开放的概率，我们表明，开放的dsDNA不仅取决于序列，而且在实验设置链上的约束。我们的结果清楚地表明，力诱导的双链DNA的熔融，其一端是受约束的，是显着不同的热熔融，当两端自由。
2011-05-02 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech physics.chem-ph
Melting and unzipping of DNA
对DNA热变性的实验研究强烈表明，这种转变是一级的。自六十年代初以来，这种转变一直在理论上进行研究，主要是在一种方法中，DNA分子的微观构型由非相互作用的结合片段和变性环的交替序列给出。这些模型的研究忽略了排斥，自我回避，不同的环和片段之间的相互作用，总是产生连续的变性转变。在这项研究中，我们利用最近的结果的任意拓扑结构的聚合物网络的标度特性，以考虑到排除体积之间的相互作用变性的循环和其余的链。因此，我们得到一个一阶相变在d=2维及以上，与实验一致。我们还考虑在我们的方法中的解压缩转换，这发生在两个DNA链被拉开时，由外力作用在一端。我们发现解压缩转变也是一阶的。虽然变性和解压缩转换是一级的，但它们在某些性质上确实表现出临界波动。例如，环尺寸分布在过渡处代数地衰减，并且变性末端段的长度随着接近过渡而发散。我们在我们的方法中评估这些关键属性。
2001-08-21 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio
Adsorption of melting deoxyribonucleic acid
该研究用晶格自回避行走模型和PERM算法，考察不可穿透吸引表面上双链DNA的熔融与吸附耦合转变，并揭示表面作用计数对相稳定性和相变级数的影响。
2023-06-07 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Efimov effect of triple-stranded DNA: Real-space renormalization group and Zeros of the partition function
利用实空间重整化群和精确递推关系研究了三链DNA的解链。一个不寻常的Efimov类似物三链结合状态，出现在临界熔化的双链DNA的预测，证实了由配分函数的零。已详细研究了各种情况下的零点的分布。我们表明，Efimov DNA可以发生，即使三链（即。例如，三单体）相互作用本质上是排斥的。在更高的维度中，在这个排斥区出现的一个惊人的结果是从临界状态到Efimov DNA的连续过渡。
2012-10-29 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech quant-ph
DNA Unzipping Transition
本综述回顾了双链DNA力诱导解链相变的研究，从DNA熔融历史、Ising模型到聚合物模型的理论演进，以及1999年提出的力诱导解链机制及其后续进展。
2025-09-14 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech
Consequences of local inter-strand dehybridization for large-amplitude bending fluctuations of double-stranded DNA
蠕虫状链（WLC）模型的DNA弯曲准确地再现单分子力延伸的长链（酶）的配置文件。然而，这些大尺度上的弯曲统计数据并没有建立1-10 bp尺度上独特的弹性微观模型，而这在生物学背景下特别令人感兴趣。在这里，我们研究了一类允许碱基配对中断的微观模型（即，"熔化“或”扭结“，一般称为”激发“），从而增强局部柔性。我们首先分析了蠕虫链中空间自由度的积分对激发自由能的影响。基于这种分析，我们提出了一个配方，这些模型，确保与完善的热力学熔化长链的一致性。使用一种新的方法来计算环化统计的短链从增强采样蒙特卡罗模拟，我们计算J-因子的可熔蠕虫状链（MWLC）在很宽的链长范围内，包括非常短的分子（30 bp），尚未被实验探索。对于超过约120 bp的链，包括迄今为止在实验室中研究的大多数分子，我们发现，熔融激发环化动力学的影响不大。强烈的签名融化，这可能是解决在典型的实验散射，出现只有较短的链。
2011-10-31 cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Bubble coalescence in breathing DNA: Two vicious walkers in opposite potentials
我们研究了两个DNA气泡的合并，最初位于弱段，并在一个设计的双链DNA结构中由一个更稳定的屏障区域分开。导出了气泡聚并的特征时间及其分布，以及聚并位置沿壁面的分布。低于熔化温度，我们发现一个Kramers型的障碍交叉行为，而在高温下，气泡角落进行漂移扩散聚结。结果是通过将气泡动力学映射到两个相反势的恶性步行者问题上得到的。
2006-10-26 cond-mat.stat-mech
Effect of defects on thermal denaturation of DNA Oligomers
利用Peyrard-Bishop哈密顿量计算了缺陷对短异质DNA链解链分布的影响。在缺陷位上的在位势用一个只有短程排斥和Morse势的无阱平坦部分的势来表示。还对涉及缺陷位置的两个相邻对之间的堆叠能进行了修正。计算结果与实验结果吻合较好。
2001-08-29 cond-mat.stat-mech q-bio
Denaturation transition of stretched DNA
我们推广的波兰-Scheraga模型考虑DNA变性存在的外部拉伸力。我们证明了力诱导的DNA变性转变的存在，并获得了温度-力相图。该跃迁由循环指数$c$确定，我们为该循环指数找到新值$c=4ν-1/2$，使得跃迁是二阶的，其中$c=1.85<2$在$d=3$中。我们表明，一个有限的拉伸力$F$不稳定的DNA，对应于一个较低的熔化温度$T(F)$，在协议与单分子DNA拉伸实验。
2008-01-10 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Duplex-single strand denaturing transition in DNA oligomers
我们测量了不同长度的聚d（A）-聚d（T）DNA寡聚体在不同缓冲液条件下的温度驱动的变性或熔融转变。我们的研究结果是在明确的分歧与两个国家，反应动力学模型，我们发现，所谓的拉链模型，其中通过开放的双链体在末端的变性收益描述以及开放碱基对的平均数量的温度依赖性。然而，过渡参数的长度依赖性的分析表明，气泡的形成是重要的，过渡，在热力学极限，是连续的，虽然接近一阶。
2003-04-24 cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Modelling Disorder: the Cases of Wetting and DNA Denaturation
我们研究了双链DNA的熔解温度的基因序列的组成的影响，使用一些简单的分析可解模型提出的框架中的润湿问题。我们回顾了以前的工作，这些模型的无序版本，并解决它们时，没有预先存在的解决方案。我们用蒙特卡罗模拟和传递矩阵数值计算来检验解。我们提出的数值证据表明，对数校正的临界温度，由于无序，以前发现在RSOS模型，适用于更普遍的ASOS和连续模型。理论模型和实验数据之间的一致性表明，在这种情况下，无序应该是任何模型的关键成分，而其他方面可以保持非常简单，这种方法可以用于更广泛的问题。我们的工作也暗示了DNA序列中相关性的存在。
2007-05-04 cond-mat.stat-mech q-bio.BM
Phase diagram of force-induced DNA unzipping in exactly solvable models
由拉开两条DNA链的力（"解链“）引起的双螺旋DNA结构的机械分离一直是最近实验的主题。在（1，1，. 1)方向上的超立方晶格，并在力-温度平面的相图研究了各种情况下。在解链和熔化过渡的缩放行为被确定。我们证实了最近在数值模拟中观察到的冷变性转变的存在：对于有限范围的力，系统通过{ \it降低}温度而被拉开。这种过渡的存在是严格建立一般的晶格和连续空间模型。
2001-09-05 cond-mat.soft cond-mat.stat-mech q-bio
