医学 AI

Role of Large Language Models and Retrieval-Augmented Generation for Accelerating Crystalline Material Discovery: A Systematic Review

Agada Joseph Oche, Arpan Biswas

机构 * Bredesen Center for Interdisciplinary Research, University of Tennessee, Knoxville, USA（跨学科研究中心，田纳西大学，诺克斯维尔，美国） ； University of Tennessee-Oak Ridge Innovation Institute, University of Tennessee, Knoxville, USA（田纳西大学橡树岭创新研究所，田纳西大学，诺克斯维尔，美国） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 10 pages, 2 figures

Optimal Linear Baseline Models for Scientific Machine Learning

Alexander DeLise, Kyle Loh, Krish Patel, Meredith Teague, Andrea Arnold, Matthias Chung

机构 * Department of Scientific Computing and Department of Mathematics, Florida State University（科学计算系和数学系，佛罗里达州立大学） ； Department of Mathematics and Statistics, Florida Atlantic University（数学与统计学系，佛罗里达亚特兰大大学） ； Department of Mathematics, Emory University（数学系，埃默里大学） ； Department of Quantitative Theory and Methods, Emory University（定量理论与方法系，埃默里大学） ； Department of Mathematical Sciences, Worcester Polytechnic Institute（数学科学系，沃斯特理工学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 40 pages, 10 Figures, 9 Tables

A Foundational Multi-Modal Model for Few-Shot Learning

Pengtao Dang, Tingbo Guo, Sha Cao, Chi Zhang

机构 * Oregon Health & Science University（俄勒冈健康与科学大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 11 pages, 5 figures

MetaGen Blended RAG: Unlocking Zero-Shot Precision for Specialized Domain Question-Answering

Kunal Sawarkar, Shivam R. Solanki, Abhilasha Mangal

机构 * IBM 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Can Performant LLMs Be Ethical? Quantifying the Impact of Web Crawling Opt-Outs

Dongyang Fan, Vinko Sabolčec, Matin Ansaripour, Ayush Kumar Tarun, Martin Jaggi, Antoine Bosselut, Imanol Schlag

机构 * EPFL（苏黎世联邦理工学院） ； ETH Zürich（苏黎世联邦理工学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments COLM 2025 Camera Ready version

Quantum Neural Network applications to Protein Binding Affinity Predictions

Erico Souza Teixeira, Lucas Barros Fernandes, Yara Rodrigues Inácio

机构 * Excellence Center in Quantum Computing（量子计算卓越中心） ； Department of Computer Science（计算机科学系） ； CESAR School（CESAR学校） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 16 pages, 7 figures

Balancing Information Accuracy and Response Timeliness in Networked LLMs

Yigit Turkmen, Baturalp Buyukates, Melih Bastopcu

机构 * School of Computer Science University of Birmingham Birmingham, UK（计算机科学学院 布拉姆斯希尔大学 布拉姆斯希尔英国） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

BSL: A Unified and Generalizable Multitask Learning Platform for Virtual Drug Discovery from Design to Synthesis

Kun Li, Zhennan Wu, Yida Xiong, Hongzhi Zhang, Longtao Hu, Zhonglie Liu, Junqi Zeng, Wenjie Wu, Mukun Chen, Jiameng Chen, Wenbin Hu

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Programmable Virtual Humans Toward Human Physiologically-Based Drug Discovery

You Wu, Philip E. Bourne, Lei Xie

机构 * Ph.D. Program in Computer Science The Graduate Center The City University of New York（计算机科学博士项目 美国城市大学研究生中心 新 York 美国） ； School of Data Science & Department of Biomedical Engineering University of Virginia（数据科学学院与生物医学工程系 美国弗吉尼亚大学） ； School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences & Center for Drug Discovery Northeastern University（药学与药学科学学院及药物发现中心 美国东北大学） ； Department of Computer Science Hunter College The City University of New York（计算机科学系 美国城市大学霍顿学院） ； Helen & Robert Appel Alzheimer’s Disease Research Institute Feil Family Brain & Mind Research Institute Weill Cornell Medicine Cornell University（海伦与罗伯特·阿普尔阿尔茨海默病研究所 费尔家族脑与心灵研究研究所 威尔·康奈尔医学院 康奈尔大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Under Review

Linking Properties to Microstructure in Liquid Metal Embedded Elastomers via Machine Learning

Abhijith Thoopul Anantharanga, Mohammad Saber Hashemi, Azadeh Sheidaei

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 25 pages, 9 figures, submitted to the journal of Composites Science and Technology

Sparser2Sparse: Single-shot Sparser-to-Sparse Learning for Spatial Transcriptomics Imputation with Natural Image Co-learning

Yaoyu Fang, Jiahe Qian, Xinkun Wang, Lee A. Cooper, Bo Zhou

机构 * Department of Radiology, Northwestern University, Chicago, IL, USA（放射科，西北大学，芝加哥，伊利诺伊州，美国） ； Department of Cell and Developmental Biology, Northwestern University, Chicago, IL, USA（细胞与发育生物学系，西北大学，芝加哥，伊利诺伊州，美国） ； Department of Pathology, Northwestern University, Chicago, IL, USA（病理学系，西北大学，芝加哥，伊利诺伊州，美国） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

Comments 16 pages, 5 figure, under review

Batch Normalization in Cytometry Data by kNN-Graph Preservation

Muhammad S. Battikh, Artem Lensky

机构 * New Mexico State University（新墨西哥州立大学） ； The University of New South Wales（新南威尔士大学） ； Australian National University（澳大利亚国立大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

Comments 12 pages, 6 figures

Physics-Aware Style Transfer for Adaptive Holographic Reconstruction

Chanseok Lee, Fakhriyya Mammadova, Jiseong Barg, Mooseok Jang

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Keywords: holographic imaging, style transfer, phase retrieval, deep learning

Contactless Precision Steering of Particles in a Fluid inside a Cube with Rotating Walls

Lucas Amoudruz, Petr Karnakov, Petros Koumoutsakos

机构 * Computational Science and Engineering Laboratory, Harvard University（计算科学与工程实验室，哈佛大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Journal ref J. Fluid Mech. 1014 (2025) A15

Emerging Microelectronic Materials by Design: Navigating Combinatorial Design Space with Scarce and Dispersed Data

Hengrui Zhang, Alexandru B. Georgescu, Suraj Yerramilli, Christopher Karpovich, Daniel W. Apley, Elsa A. Olivetti, James M. Rondinelli, Wei Chen

机构 * Department of Mechanical Engineering, Northwestern University, Evanston, IL 60208, United States（机械工程系，西北大学） ； Department of Materials Science and Engineering, Northwestern University, Evanston, IL 60208, United States（材料科学与工程系，西北大学） ； Department of Industrial Engineering and Management Sciences, Northwestern University, Evanston, IL 60208, United States（工业工程与管理科学系，西北大学） ； Department of Materials Science and Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, United States（材料科学与工程系，麻省理工学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 31 pages, 9 figures

Journal ref Acc. Mater. Res. 6, 730-741 (2025)

Spatially Gene Expression Prediction using Dual-Scale Contrastive Learning

Mingcheng Qu, Yuncong Wu, Donglin Di, Yue Gao, Tonghua Su, Yang Song, Lei Fan

机构 * Faculty of Computing, Harbin Institute of Technology, Harbin, China（哈尔滨工业大学计算机学院） ； School of Astronautics, Harbin Institute of Technology, Harbin, China（哈尔滨工业大学航天学院） ； School of Software, Tsinghua University, Beijing, China（清华大学软件学院） ； School of Computer Science and Engineering, UNSW, Sydney, Australia（新南威尔士大学计算机科学与工程学院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：pathology(abstract)；分类 cs.CV

Comments Our paper has been accepted by MICCAI 2025

Toward ground-truth optical coherence tomography via three-dimensional unsupervised deep learning processing and data

Renxiong Wu, Fei Zheng, Meixuan Li, Shaoyan Huang, Xin Ge, Linbo Liu, Yong Liu, Guangming Ni

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 eess.IV

Journal ref IEEE Transactions on Medical Imaging (2024)

Neural networks for the prediction of peel force for skin adhesive interface using FEM simulation

Ashish Masarkar, Rakesh Gupta, Naga Neehar Dingari, Beena Rai

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Imputation of Longitudinal Data Using GANs: Challenges and Implications for Classification

Sharon Torao Pingi, Md Abul Bashar, Richi Nayak

机构 * School of Computer Science & Centre for Data Science（计算机科学学院及数据科学中心） ； Queensland University of Technology（昆士兰理工大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 68 pages (excluding bibliography), 10 figures

Actionable Interpretability via Causal Hypergraphs: Unravelling Batch Size Effects in Deep Learning

Zhongtian Sun, Anoushka Harit, Pietro Lio

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Latent Noise Injection for Private and Statistically Aligned Synthetic Data Generation

Rex Shen, Lu Tian

机构 * Stanford University（斯坦福大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

GAMORA: A Gesture Articulated Meta Operative Robotic Arm for Hazardous Material Handling in Containment-Level Environments

Farha Abdul Wasay, Mohammed Abdul Rahman, Hania Ghouse

机构 * Department of Computer Science \& AI Muffakham Jah College of Engineering 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

Physics-informed generative real-time lens-free imaging

Ronald B. Liu, Zhe Liu, Max G. A. Wolf, Krishna P. Purohit, Gregor Fritz, Yi Feng, Carsten G. Hansen, Pierre O. Bagnaninchi, Xavier Casadevall i Solvas, Yunjie Yang

机构 * SMART Group, Institute for Imaging, Data and Communications, School of Engineering（SMART组、成像与数据通信研究所、工程学院） ； Institute Regeneration and Repair, College of Medicine and Veterinary Medicine（再生与修复研究所、医学与兽医学学院） ； Biomimetics Group, Department of Biosystems（仿生学组、生物系统系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.CV

Large Language models for Time Series Analysis: Techniques, Applications, and Challenges

Feifei Shi, Xueyan Yin, Kang Wang, Wanyu Tu, Qifu Sun, Huansheng Ning

机构 * School of Computer and Communication Engineering, University of Science and Technology Beijing（计算机与通信工程学院，北京科技大学） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Feature Shift Localization Network

Míriam Barrabés, Daniel Mas Montserrat, Kapal Dev, Alexander G. Ioannidis

机构 * Department of Biomedical Data Science, Stanford University（斯坦福大学生物医学数据科学系） ； Department of Computer Science, Munster Technological University（穆尔斯特技术大学计算机科学系） ； Department of Biomolecular Engineering, University of California Santa Cruz（加州大学圣克鲁兹分校生物分子工程系） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 9 pages, 2 figures, 4 tables

Paths to Causality: Finding Informative Subgraphs Within Knowledge Graphs for Knowledge-Based Causal Discovery

Yuni Susanti, Michael Färber

机构 * Fujitsu Limited（富士通有限公司） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Accepted at KDD 2025 (full research paper)

Enhancing Automatic PT Tagging for MEDLINE Citations Using Transformer-Based Models

Victor H. Cid, James Mork

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 26 pages, 8 tables, 3 figures

Kernel-based estimators for functional causal effects

Yordan P. Raykov, Hengrui Luo, Justin D. Strait, Wasiur R. KhudaBukhsh

机构 * School of Mathematical Sciences, Horizon Digital Economy Institute, University of Nottingham, Nottingham, UK（数学科学学院，Horizon数字经济研究所，诺丁汉大学，诺丁汉，英国） ； Department of Statistics, Rice University, USA（统计学系，里士满大学，美国；伯克利国家实验室，美国） ； Lawrence Berkeley National Laboratory, USA（统计科学组，洛斯阿拉莫斯国家实验室，美国） ； Statistical Sciences Group, Los Alamos National Laboratory, USA（数学科学学院，诺丁汉大学，诺丁汉，英国） ； School of Mathematical Sciences, University of Nottingham, Nottingham, UK 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments Code is available at https://github.com/JordanRaykov/Kernel-based-estimators-for-Functional-Causal-Effects

A Dynamic Framework for Semantic Grouping of Common Data Elements (CDE) Using Embeddings and Clustering

Madan Krishnamurthy, Daniel Korn, Melissa A Haendel, Christopher J Mungall, Anne E Thessen

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

A Scalable k-Medoids Clustering via Whale Optimization Algorithm

Huang Chenan, Narumasa Tsutsumida

机构 * Graduate school of Science & Engineering（科学与工程研究生院） 纠错

专题命中 生物医学文本 ：biomedical(abstract)；分类 cs.LG

Comments 19 pages, 7 figures