AI for Science

bioETH-Beacon: A Confidential On-Chain Genomic Beacon with Encrypted Counts, Filters, and Bounded Noise over a Fully Homomorphic EVM

bioETH-Beacon: 基于全同态EVM的机密基因组信标，支持加密计数、过滤和有界噪声

Christos Galanopoulos, Kimon Antonios Provatas, Ilias Georgakopoulos-Soares

专题命中 其他科学智能 ：基因组信标查询，隐私保护基因组学，属于科学智能

AI总结 提出基于全同态EVM的智能合约原型bioETH-Beacon，实现加密基因组信标查询，通过加密计数、有界噪声和访问控制抵御成员推理攻击，并优化查询成本。

Comments 11 pages, 6 figures, 8 tables. Research prototype for privacy-preserving genomics using Fully Homomorphic Encryption (FHE) on blockchain (fhEVM)

Two Flavon Froggatt-Nielsen Models with Genetic Algorithms

双味标量Froggatt-Nielsen模型与遗传算法

Miguel Crispim Romão, Stephen F. King

专题命中 其他科学智能 ：遗传算法扫描Froggatt-Nielsen模型

AI总结 利用遗传算法系统扫描双味标量Froggatt-Nielsen模型，发现其真空期望值相对相位提供CP破坏源，并找到超过10万个唯象可行模型。

Comments 37 pages, 7 figures

Calibration without labels in multiple testing

多重检验中的无标签校准

Adway S. Wadekar, Jake A. Soloff

专题命中 其他科学智能 ：提出多重检验无标签校准方法，应用于统计和神经科学

AI总结 针对多重检验中无法观测真实标签的难题，利用有序p值间距构造伪标签，实现局部错误发现率的校准，并揭示q值在心理学和神经科学文献中可能严重失准。

Oscillations and Spatial Patterns in Large-Scale Stochastic Gene Regulatory Networks

大规模随机基因调控网络中的振荡与空间模式

Manuel Eduardo Hernández-García, Jorge Velázquez-Castro

专题命中 其他科学智能 ：分析基因调控网络振荡与空间模式，数学建模

AI总结 研究负反馈与扩散的循环基因调控网络，通过确定性和随机方法分析其稳定性，发现随机波动可诱导图灵失稳，为理解发育中的模式形成提供新视角。

Comments 16 pages, 10 figures

BioHarness: Substrate-Aware Evidence Assembly for Biomedical Question Answering across Literature, Knowledge Bases, and Biological Atlases

BioHarness：面向生物医学问答的底物感知证据组装——跨文献、知识库和生物图谱

Meng Xiao, Chuan Qin, Jinmiao Chen, Yihang Cheng, Yuanchun Zhou, Hengshu Zhu

专题命中 其他科学智能 ：面向生物医学问答的检索增强生成系统

AI总结 提出BioHarness，通过级联控制机制在文献检索、知识库和生物图谱间选择性组装证据，提升生物医学问答准确率，在19,302个问答项上得分从65.9提升至71.0。

Comments 14 Pages, 11 Figures, Keywords: biomedical question answering; retrieval-augmented generation; large language models; evidence assembly; biomedical knowledge bases; biological atlases

SSH-Net: A Deep Neural Network for Predicting Failure Time Distribution Functions under Competing Risks with Application to GPU Data

SSH-Net: 一种用于竞争风险下预测失效时间分布函数的深度神经网络及其在GPU数据上的应用

Jie Min, Yueyao Wang, Mengkun Chen

专题命中 其他科学智能 ：提出深度神经网络预测失效时间，应用于GPU数据，属于科学智能

AI总结 提出结构化分段风险深度神经网络（SSH-Net），通过将网络结构与数据结构关联，允许不同协变量组通过子网络影响预测，在竞争风险框架下预测失效时间分布函数，仿真和GPU数据验证了准确性。

Variational Consensus Monte Carlo for Bayesian Mixture

变分共识蒙特卡洛用于贝叶斯混合模型

Julie Fendler, Francesca L. Crowe, Tom Marshall, Sylvia Richardson, Paul D. W. Kirk

专题命中 其他科学智能 ：提出贝叶斯混合模型用于联邦学习，在电子健康记录数据上验证

AI总结 提出变分共识蒙特卡洛方法扩展至过拟合贝叶斯混合模型，通过新颖的聚类匹配算法和聚合策略，在联邦学习设置下推断聚类数和所有参数，并在模拟和真实电子健康记录数据上验证了有效性。

Leveraging tails for adaptation

利用尾部进行自适应

Sergios Agapiou, Ismaël Castillo, Paul Egels

专题命中 其他科学智能 ：研究非参数贝叶斯后验收缩率，应用于白噪声回归和ReLU神经网络

AI总结 研究非参数贝叶斯中基于p-指数尾先验的后验收缩率，发现p越小收缩越快，且p→0时可实现光滑性自适应，应用于白噪声回归和ReLU神经网络。

Comments 59 pages, 3 figures

Vistas: A Visualization Interface for Particle Collision Simulations

Vistas：粒子碰撞模拟的可视化界面

Benoit Assi, Christan Bierlich, Rikab Gambhir, Philip Ilten, Tony Menzo, Stephen Mrenna, Manuel Szewc, Michael K. Wilkinson, Ahmed Youssef, Jure Zupan

专题命中 其他科学智能 ：可视化粒子碰撞模拟，用于物理教育

AI总结 提出Vistas工具，利用浏览器事件显示框架Phoenix可视化Pythia模拟的高能粒子碰撞各阶段，通过交互式3D图结构展示粒子，支持旋转、缩放和筛选，适用于物理教育。

Comments 20 pages, 9 figures, public code available

Agentic-AI Detector Co-design and Optimization in Vertically-Integrated Differentiable Full Simulations

Agentic-AI探测器协同设计与优化在垂直集成可微分全模拟中

Wonyong Chung, Qibin Liu, Liangyu Wu, Julia Gonski

专题命中 其他科学智能 ：高能物理探测器设计优化

AI总结 提出双层级优化框架，将AI智能体集成到高能物理探测器设计中，通过可微分全模拟联合优化几何、前端数字化和重建算法参数，在竞争性能指标下找到最优设计点。

Comments 7 pages, 3 figures

HEPTv2: End-to-End Efficient Point Transformer for Charged Particle Reconstruction

HEPTv2：用于带电粒子重建的端到端高效点变换器

Siqi Miao, Shitij Govil, Jack P. Rodgers, Mia Liu, Javier Duarte, Shih-Chieh Hsu, Yuan-Tang Chou, Pan Li

专题命中 其他科学智能 ：点变换器用于粒子物理轨迹重建

AI总结 提出HEPTv2，一种端到端点变换器架构，通过局部敏感哈希编码和扇区化解码，无需图构建即可从探测器击中点直接重建粒子轨迹，在TrackML上以0.8%假率实现98.6%追踪效率，延迟仅15ms。

Science Earth: Towards A Planet-Scale Operating System for AI-Native Scientific Discovery

Science Earth: 迈向面向AI原生科学发现的行星级操作系统

Zhe Zhao, Haibin Wen, Yingcheng Wu, Jiaming Ma, Yifan Wen, Jinglin Jian, Jiacheng Ge, Xiangru Tang, Bo An, Ming Yin, Sanfeng Wu, Mengdi Wang, Le Cong

专题命中 其他科学智能 ：提出行星级科学运行时，支持AI原生科学发现。

AI总结 提出Science Earth行星级科学运行时，通过EACN协议实现AI能力动态连接与自组织协作，在跨太平洋Kuramoto同步研究和单细胞分析中验证了分布式自校正科学推理。

Comments Withdrawn by the authors. (1) The author list and authorship roles had not been finalized and agreed upon by all listed authors prior to submission. (2) The specific contribution of the system in the K3 synchronization example (Section on Kuramoto/nonlinear physics) requires further validation before it can be reported. The authors are addressing both points and may resubmit a corrected version.

AK-MCS-C2 : Active Kriging Monte Carlo Simulation method with conformal certification for failure probability estimation

AK-MCS-C2: 具有共形认证的主动克里金蒙特卡洛模拟方法用于失效概率估计

Edgar Jaber, Vincent Chabridon, Mathilde Mougeot

专题命中 其他科学智能 ：主动学习框架用于结构可靠性失效概率估计

AI总结 提出一种结合主动克里金蒙特卡洛模拟与共形预测的主动学习框架，通过自适应交叉共形策略和J+GP共形估计器，在少量样本下提供无分布假设的预测误差保证，提高极限状态面附近样本分类可靠性，从而提升失效概率估计的准确性和鲁棒性。

Overfitted high-dimensional matrix factorizations via adaptive spectral shrinkage

通过自适应谱收缩的过拟合高维矩阵分解

Lorenzo Mauri, David B. Dunson

专题命中 其他科学智能 ：提出EigenBayes方法用于高维因子模型，应用基因组学

AI总结 提出EigenBayes方法，通过谱估计和自适应经验贝叶斯校准超参数，实现快速且具有不确定性量化的过拟合因子模型，在数值实验和基因组学应用中优于现有方法。

Robust probabilistic measurement of structural-functional module consistency in infant brain development

婴儿大脑发育中结构-功能模块一致性的鲁棒概率测量

Lingbin Bian, Feihong Liu, Qian Wang, Han Zhang, Dinggang Shen, the UNC/UMN Baby Connectome Project Consortium

专题命中 其他科学智能 ：婴儿脑网络结构-功能一致性概率测量方法

AI总结 提出基于随机模块的概率方法，鲁棒测量婴儿大脑结构-功能模块一致性，发现0-5岁间一致性下降，初级脑区一致性更高。

Understanding Key Features of Time Series Foundation Models from Epidemic Forecasting

从流行病预测理解时间序列基础模型的关键特征

Alireza Jafari, Judy Fox, Geoffrey C. Fox, Madhav Marathe, Aniruddha Adiga

专题命中 其他科学智能 ：评估时间序列模型用于流行病预测，属于科学智能

AI总结 系统评估多种时间序列模型在流感预测中的表现，发现混合专家模型性能最优，预训练在长时域提升显著，而LLM方法效果较差。

Comments 15 pages, 2 figures, 9 tables

Finishing Oltean's Completeness Proof in Lean 4 for Hybrid Logic $L(\forall)$

在 Lean 4 中完成 Oltean 关于混合逻辑 $L(\forall)$ 的完备性证明

Lars Warren Ericson

专题命中 其他科学智能 ：在Lean4中完成混合逻辑完备性证明

AI总结 本文在 Lean 4 中完成了混合逻辑 $L(\forall)$ 的机器检查完备性证明，通过结构新鲜性和存在引理 Henkin 构造两种工具解决了新鲜名称的生成问题。

Comments 147 pages, 5 figures

Multi-type branching inference on contact trees with application to COVID-19

接触树上的多类型分支推断及其在COVID-19中的应用

Augustine Okolie, Johannes Müller, Eno Akarawakc, Isaac Ajiboye

专题命中 其他科学智能 ：提出接触树上的多类型分支推断方法

AI总结 提出一种直接作用于接触树上传播树的似然框架，通过多类型分支过程考虑接触度异质性，从部分解析的传播树中推断流行病学参数，并在COVID-19接触追踪数据中验证。

Comments 26 pages, 8 Figures

On Second-Order Methods for Bilevel Optimization

关于双层优化的二阶方法

Jiawen Bi, Jiaxiang Li, Mingyi Hong, Shuzhong Zhang

专题命中 其他科学智能 ：提出双层优化二阶方法，达最优复杂度

AI总结 本文针对双层优化问题，提出了一种单循环三次正则牛顿算法，在非凸上层和强凸下层设置下，实现了最优的O(ε^{-1.5})总预言复杂度，首次达到二阶驻点的最优收敛率。

Constrained hybrid modelling to predict microbial dynamics and organic matter turnover in soil systems

约束混合建模预测土壤系统中微生物动态与有机质周转

Paul Collart, Juergen Gall, Andrea Schnepf, Holger Pagel, Lars Doorenbos

专题命中 其他科学智能 ：土壤微生物建模，环境科学机器学习

AI总结 提出首个混合建模框架，利用神经网络从宏基因组推断功能性状预测过程模型参数，并整合生态理论约束，有效预测微生物动态和有机质周转。

Comments Accepted at ICML '26

Trends, Volatility, Correlations, and Critical Phenomena in Financial Markets

金融市场中的趋势、波动率、相关性和临界现象

Sara A. Safari, Christoph Schmidhuber

专题命中 其他科学智能 ：金融市场趋势与波动率预测，属于经济物理

AI总结 基于当前市场趋势预测未来波动率和相关性，发现趋势强度与波动率、相关性呈二次关系，改进风险预测并支持临界点晶格气体模型。

Comments 31 pages, 9 figures

The Heat Kernel Expansion: Curvature for Shock Detection in Higher-Order Financial Networks

热核展开：高阶金融网络中的曲率用于冲击检测

Mohammad Elsayed, Sara Najem

专题命中 其他科学智能 ：热核展开检测金融网络冲击，属于经济物理

AI总结 本文通过热核展开系数定义曲率，用于检测高阶金融网络中的冲击，发现曲率比欧拉示性数和挠率更敏感地捕捉法律变化的影响。

Cell Division Changes Fate Decisions in a Genetic Toggle Switch

细胞分裂改变遗传开关中的命运决定

Charli Austin, Nikola Popovic, Ramon Grima

专题命中 其他科学智能 ：研究细胞分裂对遗传开关命运的影响

AI总结 本研究通过分析布尔型遗传开关模型，发现细胞分裂可将相同初始条件的轨迹导向不同稳定态，并定义了忽略分裂时命运预测错误的区域，表明分裂可重塑多稳态调控网络的命运边界。

Comments 16 pages;7 figures. Includes new Figure A.2 comparing the separatrices of the classical and Boolean toggle switches, with and without cell division. Two Appendices (previously H and I in the previous version) integrated into Appendix E for clarity

Root Clusters and Multiclusters over Imperfect Hilbertian Fields

根簇与多簇在不完美希尔伯特域上的推广

Shubham Jaiswal

专题命中 其他科学智能 ：将根簇理论推广到一般域，属于数学理论扩展

AI总结 将根簇理论从完美域推广到一般域，引入根簇大小、多簇大小等概念，并在希尔伯特域上建立了这些广义概念的逆问题结果。

Comments 37 pages. Updated version

Beating Product Constructions for Linear Equations Over Finite Fields

击败有限域上线性方程组的乘积构造

Paul Hametner, Fred Tyrrell

专题命中 其他科学智能 ：有限域上线性方程组的组合数学研究

AI总结 本文证明，对于任何避免非平凡解的亏格一平移不变线性方程的子集A，存在更高维度的子集B也避免非平凡解，且其密度大于A的密度，从而说明仅通过直接乘积无法得到渐近最优下界。

Comments 10 pages

KG-SoftMAP: Soft Knowledge-Graph Priors for Bayesian Network Structure Learning from Sparse Discrete Data

KG-SoftMAP: 基于软知识图谱先验的稀疏离散数据贝叶斯网络结构学习

Guoliang Xu, James E. Corter

专题命中 其他科学智能 ：贝叶斯网络结构学习，结合知识图谱先验

AI总结 针对稀疏离散数据中贝叶斯网络结构学习困难的问题，提出KG-SoftMAP方法，将加权有向知识图谱编码为软先验，结合BDeu评分与logit形式先验最大化MAP目标，在合成与真实数据上显著提升结构恢复性能。

Comments 41 pages including appendices, 2 figures

On the Smallest Counterexample to the Log-Concavity of the D'Arcais Polynomials

关于 D'Arcais 多项式对数凹性的最小反例

Steven Charlton, Bernhard Heim, Johann Stumpenhusen

专题命中 其他科学智能 ：D'Arcais多项式对数凹性反例的数学研究

AI总结 通过改进渐近方法，确定了 D'Arcais 多项式对数凹性猜想的最小反例为 λ=65,214,507,758,400，并研究了反例的渐近密度。

Comments 17 pages; minor typos corrected

On the Quartic-free A-groups

关于四次自由A-群

Prashun Kumar

专题命中 其他科学智能 ：有限群结构理论，纯数学研究

AI总结 研究四次自由A-群的结构，并确定可解四次自由A-群的导长。

Comments 7 pages

Quasimonophobic graphs and degree spectral sequences in discrete cubical homology

拟单恐惧图与离散立方同调中的度谱序列

Samira Sahar Jamil, Mark Behrens

专题命中 其他科学智能 ：离散立方同调与图论，纯数学研究

AI总结 引入图的离散立方链复形上的度过滤，定义基于奇异n-立方体面的最大内射维数，研究由此产生的度谱序列，该序列插值离散立方同调与内射同调，并引入拟单恐惧性条件证明谱序列消失及内射同调同构于填充子立方后的CW复形同调，应用于计算Greene球面图的H_2。

Comments v3: corrected minor typos

A High-Resolution Landscape Dataset for Concept-Based XAI With Application to Species Distribution Models

基于概念的可解释AI的高分辨率景观数据集及其在物种分布模型中的应用

Augustin de la Brosse, Damien Garreau, Thomas Houet, Thomas Corpetti

专题命中 其他科学智能 ：可解释AI用于物种分布模型

AI总结 提出首个基于概念的可解释AI方法用于物种分布模型，利用高分辨率多光谱和LiDAR无人机影像构建景观概念数据集，通过Robust TCAV量化景观概念对模型预测的影响，案例研究验证了方法的有效性。