rsx: A high-performance streaming toolkit for RAD-seq sex determination
rsx: 用于RAD-seq性别鉴定的高性能流式工具包
专题命中 工具调用 :workflow(abstract)
AI总结 针对RAD-seq性别鉴定中大规模数据的内存和效率问题,提出Rust实现的rsx工具包,通过2-bit DNA键、并行读取、内存映射、外部排序、位集分组计数和流式Gram矩阵PCA等优化,并添加共轭Beta-Binomial贝叶斯因子,实现8.38倍几何平均加速并保持结果一致性。
Comments 48 pages, 14 figures. Software: https://github.com/HaoZeke/rsx-rs . Reproducibility archive: https://doi.org/10.5281/zenodo.21764999