Comment on ``Statistical Mechanics of a Nonlinear Model for DNA Denaturation''
Su-Long Nyeo, I-Ching Yang
在这封信中，我们指出了Peyrard和Bishop的一封信中的不准确数字，他们研究了DNA变性的非线性模型的统计力学。我们给出了正确的数字。
In this letter, we point out the inaccurate figures in a letter by Peyrard and Bishop, who investigated the statistical mechanics of a nonlinear model for DNA denaturation. We give the correct figures.
机构、总结、中文摘要均由AI分析而来，可能存在错误，请以论文正文为准。
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Statistical Mechanics of Torque Induced Denaturation of DNA
本文提出了一个由温度T驱动或由外加机械力矩γ引起的DNA变性转变的统一理论。我们的模型耦合氢键打开和螺旋状分子结构的解扭。我们发现，变性对应于一个一阶相变从B-DNA到d-DNA阶段，共存区域自然参数化的超螺旋σ的程度。计算了该体系的变性自由能、扭转角与温度的关系、T、Gamma平面上的相图和Sigma、Gamma平面上的等温线，并与实验数据吻合较好。
DNA denaturation as a new kind of phase transition
双链DNA的解结合减少到未筛选的长程相互作用并映射各种问题。异质结使相互作用重新正常化。重整化是温度相关的。在一个无约束的过渡，它接近临界维数。这意味着巨大的非通用的临界指标和无效的吉布斯分布充分接近的临界温度Tc。在Tc以下，波动是宏观上大的。上面没有波动。
Dynamical model based on finite stacking enthalpies for homogeneous and inhomogeneous DNA thermal denaturation
我们提出了一个DNA热变性的非线性动力学模型，它是基于化学最近邻计算中所使用的有限堆积模型。在这个模型中，有限的堆叠hysterpies被证明是负责计算熔化曲线的尖锐性。转移积分和分子动力学计算表明，所提出的模型导致良好的协议与已知的实验结果均质和非均质DNA。
Mapping between the order of thermal denaturation and the shape of the critical line of mechanical unzipping in 1-dimensional DNA models
在这封信中，我们调查的热变性和机械解压缩的两个模型的DNA，即Dauxois-Peyrard-Bishop模型和我们最近提出的一个变体之间的联系。我们表明，在机械解压缩实验中，将压缩的DNA序列与解压缩的DNA序列分开的临界线是温度-力平面中的幂律。我们还证明了相应的临界指数是成比例的临界指数α，它表征的行为的比热在附近的热变性的临界温度的调查模型。
Single molecule study of the DNA denaturation phase transition in the force-torsion space
我们使用“磁镊”技术来揭示DNA在力-扭转空间中的结构转变。特别是，我们专注于对应于负超螺旋的区域。这些区域的特征在于形成所谓的变性泡，其在DNA的复制和转录中具有重要作用。我们实验映射的力扭转空间的变性发生的区域。我们观察到DNA延伸的大波动发生在该区域的边界之一，即，当变性气泡和原丝体的形成竞争时。为了描述实验，我们引入了一个适当的扩展的经典模型。该模型正确地描述了变性区域的位置，过渡边界，和DNA延伸波动的测量值。
In the demanding biosensing environment, improving selection efficiency strategies has become an issue of great significance. DNA minicircles containing between 200 and 400 base-pairs, also named microDNA, are representative of the supercoiled DNA loops found in nature. Their short size makes them extremely susceptible to writhe and twist, which is known to play a central role in DNA denaturation. We investigate minicircle lengths and superhelical densities that induce DNA denaturation bubbles of nanometer size and control well-defined long-life. Mesoscopic modeling and accelerated dynamics si…
The dynamics of the DNA denaturation transition
用Peyrard-Bishop-Dauxois模型研究了DNA变性的动力学。在变性温度以下，双链聚合物的变性速率作为长度的函数呈指数下降。在Tc以上，速率显示最小值，但随后作为长度的函数增加。我们还研究了顺序和溶剂摩擦的影响。根据碱基对的顺序，具有相同数量的弱碱基对和强碱基对的分子可以具有显著不同的打开速率。
Thermal Denaturation of Fluctuating DNA Driven by Bending Entropy
一个统计模型的均聚物DNA，耦合内部碱基对状态（未断裂或断裂）和外部的热链波动，准确地解决了使用转移核技术。推导了变性气泡分数及其相关长度对温度和DNA长度的依赖关系。当链波动被整合出来时，热变性转变自然出现，并且由断裂和未断裂链段之间的弯曲（熵主导）自由能的差异驱动。DNA的构象性质，如持续长度和均方半径，也被明确计算，导致，例如，实验观察到的热粘度转变的一个连贯的解释。
Driving denaturation: Nanoscale thermal transport as a probe of DNA melting
DNA变性由于其与DNA转录的关系及其作为非线性结构转变的基本重要性而长期以来一直是深入研究的主题。然而，对这一现象的许多方面仍然知之甚少。现有的模型拟合得很好，与实验结果的分数与温度的未结合的碱基对。然而，这些相同的模型对其他基本量给出了不正确的结果。例如，预测的碱基对波动时间尺度-与转录相关-与实验观察到的数量级不同。在这里，我们表明，纳米级的热传输可以作为一个敏感的探针的基本微观机制负责的动态DNA变性。具体来说，我们表明，DNA的热传输特性发生显着和突然改变，因为它变性，这种改变编码的详细信息的动力学的热波动及其相互作用沿链。这一发现允许明确区分DNA变性模型。因此，测量热导率将使人们对这种重要分子的性质有新的了解。
Denaturation of Circular DNA: Supercoil Mechanism
通过将Poland-Scheraga模型扩展到包含缠绕自由度，分析了环状DNA中发生的变性转变。我们考虑的情况下，均聚物的双链螺旋的缠绕数，释放的环变性，被吸收的\emph{supercoils}。我们发现，在线性DNA的情况下，由循环指数$c$决定的过渡的顺序。当$c$接近2时，线性DNA中$c>2$的PS模型所显示的一级跃迁被任意高阶的连续跃迁所取代，而$1<c\le2$体系中线性情况下的二级跃迁消失.此外，我们的分析表明，在固定的连接数下的熔化是一个\emph{condensation transition}，其中的冷凝物是一个宏观环，出现在临界温度以上。
Direct observation of large temperature fluctuations during DNA thermal denaturation
本文报道了直接测量双链DNA热变性相变时低频温度涨落的方法。仅在变性发生的温度范围内发生的波动比预期的平衡波动大几个数量级。在相同序列的单链DNA中不存在。在给定温度下的波动也取决于等待时间，并在几个小时的范围内消失。结果表明，在25-30 k_{B} T_{0}（T_{0} = 300 K）的温度范围内，由于通过势垒跃迁而处于动态平衡的变性碱基对和闭合碱基对的共存，导致了大的涨落.
DNA denaturation bubbles at criticality
在Peyrard-Bishop-Dauxois模型的框架内详细研究了DNA变性气泡的平衡统计性质。气泡的形成在均匀的DNA中被发现关键取决于非线性碱基堆积相互作用的存在。延伸超过小于10个碱基对的小气泡与比较大气泡大得多的每个位点的形成自由能相关。当接近临界温度时，与气泡进一步生长相关的自由能变得非常小。在不同温度下不同大小的气泡的平均位移曲线的分析显示，在没有非线性堆叠的情况下，几乎相同的缩放形状;非线性堆叠导致大小气泡的不同缩放形状。
The thermal denaturation of DNA studied with neutron scattering
脱氧核糖核酸（DNA）的熔化转变，即双螺旋结构的链在一定温度下完全分离，已经用中子散射表征。从B型纤维DNA的布拉格峰已被测量为温度的函数，其宽度和积分强度已被解释使用Peyrard-Bishop-Dauxois（PBD）模型，只有一个自由参数。该实验是独一无二的，因为它通过其他技术无法实现的熔融转变提供了分子的空间相关性。
1/f fluctuations of DNA temperature at thermal denaturation
我们从理论上研究了DNA接近变性时的温度波动，并观察到这些波动在临界温度处的强烈增强。虽然在低得多的频率范围内，但在Nagaptori等人的最近实验工作中也报道了这种急剧增加[Phys. Rev. Lett. 96，038102（2006）]。我们发现，而不是有没有增强的温度波动时，朗之万方程的耗散系数被假定为大于几十ps-1，并指出在实际实验中的溶剂可能的作用。我们寻求大气泡的生长和温度波动的增强之间可能的相关性，但没有发现直接的证据。最后，我们发现，无论是增强的波动，也没有1/f的依赖性观察到在一个单一的碱基对的规模，而这些属性时，大量的碱基对的贡献求和。因此，我们的结论是，这两种效果的结果从集体运动的相关长度在变性的发散促进。
Localization of Denaturation Bubbles in Random DNA Sequences
我们研究了长的、拉伸的DNA随机序列中扭曲诱导的变性泡的热力学和动力学行为。与弱扭曲相关联的小气泡是离域的。在阈值扭矩以上，几十个碱基或更大的气泡变得优先定位于富含\AT的区段。在本地化的制度，气泡表现出“老化”和移动亚扩散与连续变化的动态指数。这些性质是使用大偏差理论的结果与标度参数，并验证了蒙特卡罗模拟。
Thermal and mechanical denaturation properties of a DNA model with three sites per nucleotide
在本文中，我们表明，粗粒模型的DNA，这已经提出了最近由Knotts，Rathore，Schwartz和de Pablo（J. Chem. Phys. 126，084901（2007）），可以适用于描述的热和机械变性的长DNA序列通过稍微调整的碱基配对的贡献。调整后的模型导致（i）临界温度与实验的和从统计模型中获得的一致性很好的长均匀序列，（ii）一个现实的阶梯状变性行为的长不均匀序列，和（iii）在环境温度下的临界力的顺序为10 pN，接近测量值。调整后的模型进一步支持的结论，即热变性的长均匀序列对应于一阶相变，并产生一个临界力等于σ =0.70的临界指数。这个模型在几何和能量上都是现实的，在这个意义上，大多数蛋白质结合的螺旋结构和凹槽都得到了令人满意的再现，而破坏碱基对所需的能量和力都在预期的范围内。因此，它代表了一个有前途的工具，研究动态的DNA-蛋白质特异性相互作用在一个前所未有的细节水平。
Bubbles, clusters and denaturation in genomic DNA: modeling, parametrization, efficient computation
本文使用介观，非线性晶格动力学（Peyrard-Bishop-Dauxois，PBD）建模来描述DNA在变性温度以下和附近的热性质。计算效率的符号介绍了相关的统计力学。计算的熔化配置文件的长和短的异质序列，使用最近推出的重新参数化的PBD模型，并严格讨论。扩展开放的气泡和绑定集群的统计制定和结果，为选定的例子。
The continuum limit of the Poland-Scheraga DNA denaturation model
本文基于场论推导了长DNA分子的相图，发现两种稳定固定点，其中一种导致连续相变，另一种导致一级相变。
The phase transition of $(PolyA/PolyT)_{100}$ duplex into the denaturated state is studied in the Peyrard-Bishop-Dauxois model by the method of direct molecular-dynamical modeling. The temperature dependencies of the total energy and heat capacity of the duplex are calculated. The approach applied can be used to calculate the statistical properties of the duplexes of any length and nucleotide composition.
Dynamical versus statistical mesoscopic models for DNA denaturation
最近，我们提出了一个动态介观模型的DNA，这是基于，像统计的，网站相关的有限堆叠和配对的双折射。在本文中，我们首先描述了如何改变这个模型的参数，以获得更好的协议与实验结果，没有解决到现在为止，如机械解压缩，临界温度的序列长度的演变，和温度分辨率的预测。我们表明，新参数的模型提供的结果是在定量的统计模型所获得的协议。动力学模型的临界性质的调查表明，DNA变性看起来像一个一级相变在一个广泛的温度区间，但必然存在，非常接近的临界温度，交叉到另一个政权。在第二种状态下熔融动力学的确切性质仍有待阐明。我们最后指出，从统计和动力学模型推断的熔化过渡的物理描述是不完全相同的，并讨论我们的模型从生物学的角度来看的相关性。
The Peyrard-Bishop DNA model describes the molecular interactions with simple potentials which allow efficient calculations of melting temperatures. However, it is based on a Hamiltonian that does not consider the helical twist or any other relevant molecular dimensions. Here, we start from a more realistic 3D model and work out several approximations to arrive at a new non-linear 1D Hamiltonian with a twist angle dependence. Our approximations were numerically compared to full 3D calculations, and established its validity in the regime of small angles. For long DNA sequences we obtain sharp, …
Effects of mechanical strain on thermal denaturation of DNA
当暴露于高温时，由于链上的DNA片段变性，多余的连接数被分子的未变性部分吸收。由于未变性部分的过度卷绕而产生的机械能原则上可以改变热变性过程的性质。假设与这种过度缠绕相关的应变没有得到缓解，我们发现，一个简单的模型应变改变熔化导致抑制的熔化过渡时，不变的过渡是连续的。当熔化转变是第一级时，在没有与过卷绕相关的应变的情况下，修改是第三级相变。
On scaling laws at the phase transition of systems with divergent order parameter and/or internal length : the example of DNA denaturation
在不确定度小于5%的条件下，利用转移积分方法计算了两个DNA热变性动力学模型的六个基本特征指数，并研究了标度律的有效性.关于这一点的疑问出现，因为所研究的系统（i）有一个发散的内部长度，（ii）由一个发散的序参量描述，（iii）是1维。我们发现，自由能可以描述为一个单一的齐次函数的假设是强大的，尽管发散的序参量，使Rushbrooke和Widom的身份是有效的关系。约瑟夫森的身份反而不满意。这可能是由于内部长度的发散，这使相关长度仅对热力学量的奇异贡献负责的假设无效。费舍尔的身份更是错误的。我们证明了这是由于d=1维数，并得到了一个替代的法律，这是很好地满足DNA热变性。
Bubbles and denaturation in DNA
从统计物理学的角度来看，DNA的局部开放是一个有趣的现象，但也是其生物功能所必需的。例如，如果没有DNA双螺旋的解旋，我们遗传密码的转录和复制就无法发生。虽然这些生物过程是由蛋白质驱动的，但这些生物开口与由于热波动而自发形成的气泡之间可能存在关系。介观模型，如Peyrard-Bishop-Dauxois模型，相当准确地再现了一些实验变性曲线和急剧的相变的热力学极限。因此，人们很想知道这些模型是否可以用来预测DNA的生物活性。在以前的研究中，我们介绍了一种方法，可以获得非常准确的结果，这表明，在这个方向上，以前的一些索赔，基于分子动力学研究，是不成熟的。这可能意味着目前的PBD应该得到改善，或者生物活性只能在涉及与蛋白质和超螺旋应力相互作用的更复杂的框架中预测。在本文中，我们对前面介绍的统计方法进行了详细的描述。此外，对于几个DNA序列，我们给出了一个彻底的分析的气泡统计作为位置和气泡大小的函数和所谓的$l$ -变性曲线，可以通过实验测量。这表明，一些重要的实验观察在本模型中丢失。我们将讨论如何改进现有的模型。
Strand separation in negatively supercoiled dna
我们考虑了负超螺旋dna链分离的模型，并利用统计力学的概念研究了超螺旋对变性局部化的影响。该模型是基于平均场伊辛系统，耦合一个随机场一维伊辛模型。在小周长假设下，研究了AT和Gc中与DNA相关的字对变性定位的影响。
Denaturation of Circular DNA: Supercoils and Overtwist
环形DNA的变性过渡的波兰-Scheraga型的方法内进行了研究，广义占的事实，即总连接数（LK），其中测量的一条链的绕组围绕其他的数量，是保守的。在该模型中，LK守恒通过调用过度扭曲和扭曲（超螺旋）机制来维持。这概括了以前的研究，分别考虑每种机制。该模型的相图分析作为一个函数的温度和弹性常数$κ$与任何给定的回路熵指数，$c$的过扭转能量。正如两种机制分别适用的情况一样，该模型没有表现出$c \le 2$的变性转变。对于$c>2$和$κ=0$，我们发现模型存在一级相变.对于任何$κ>0$，跃迁都变得更高阶。我们还分别计算了这两种机制在保持连接数守恒方面的贡献，发现它对循环指数$c$的依赖性很弱。
Tunable Thermal Switching via DNA-Based Nano Devices
DNA有一个明确的结构转变-双链形式变性为两条单链-这强烈影响其热传输特性。我们表明，根据广泛实施的DNA变性模型，可以设计DNA“heattronic”设备，在变性转变（~350 K）的狭窄温度范围内具有快速增加的热导率。电导的这种快速增加或“切换”的起源是当温度越过转变温度和DNA变性时晶格的软化和非线性效应的抑制。最重要的是，我们证明了DNA纳米结具有广泛的热可调性，由于不同的序列和长度，并利用潜在的非线性行为。我们讨论了碱基序列中无序的作用，以及与基因组DNA的关系。这些结果为开发具有非线性结构动力学的材料的热器件以及理解DNA变性的潜在机制奠定了基础。
Order of the phase transition in models of DNA thermal denaturation
我们研究了一个描述双链DNA链解链的模型的行为。对具有位移相关刚度常数和Morse现场势的模型进行了数值分析;取决于刚度参数，示出具有（i）具有“nu_vertical”= -β = 1的二阶过渡，“nu_parallel”= gamma/2 = 2（Morse势的短程吸引部分的特征）或（ii）具有有限熔化熵、不连续的束缚对分数、发散的关联长度的一级跃迁，临界指数“nu_vertical”= - beta = 1/2，“nu_parallel”= gamma/2 = 1。
Stacking Interactions in Denaturation of DNA Fragments
在路径积分理论框架下建立了非均相DNA变性的介观模型。碱基对拉伸被视为一维的，时间依赖的路径，有助于配分函数。的路径合奏的大小，它测量系统的协同性的程度，计算与温度一致的模型潜在的物理要求。它示出的系综尺寸强烈变化的分子骨架刚度提供堆叠和熔融转变的功能之间的定量关系。后者是从片段的富含\emph{adenine-thymine}的部分开始的整体平滑交叉。谐波堆积耦合沿$T$轴移动多步变性的发生，但不改变交叉的特征。计算开放碱基对与温度的分数的方法进行了讨论：通过平均的路径合奏的碱基对位移，我们发现，这样的分数信号的多步骤的过渡，在很好的协议所提供的指示比热图。
The issue of the nucleation and slow closure mechanisms of non superhelical stress-induced denaturation bubbles in DNA is tackled using coarse-grained MetaDynamics and Brownian simulations. A minimal mesoscopic model is used where the double helix is made of two interacting bead-spring rotating strands with a prescribed torsional modulus in the duplex state. We demonstrate that timescales for the nucleation (resp. closure) of an approximately 10 base-pair bubble, in agreement with experiments, are associated with the crossing of a free-energy barrier of $22~k_{\rm B}T$ (resp. $13~k_{\rm B}T$) …
The thermal denaturation of Peyrard-Bishop model with an external potential
利用统计力学方法研究了不同类型的外电势对DNA Peyrard-Bishop变性的影响。用转移积分方法得到配分函数，并进一步用含时微扰法计算了氢键的伸缩。结果表明，在较低的温度下，所有类型的外电位都加速了变性过程。特别是，它是认为，高斯潜力与无穷小的宽度复制一个恒定的力在一端的DNA序列已经做了一些以前的工作。
Plectoneme tip bubbles: Coupled denaturation and writhing in supercoiled DNA
生物信息不仅存储在双螺旋DNA的数字化学序列中，而且还编码在DNA链的机械特性中，这可以影响涉及其读出的生化过程。例如，Lac操纵子中的环的形成可以调节关键基因的表达，并且DNA超螺旋与蓝藻中的节律性圆曲线基因表达密切相关。超螺旋对于真核和原核细胞中基因组的大规模组织也很重要。DNA可以通过扭曲形成环状结构来对扭转应力做出反应，这种环状结构被称为原丝，从而将储存在扭曲中的能量转化为储存在弯曲中的能量。变性气泡也可以放松扭转应力，其吸收欠扭转的能力补偿了断裂键的破坏成本。在这里，我们预测一个新的制度，泡沫形成的plectonemes的尖端，并研究其性质，使用粗粒度的模拟。这些尖端气泡可以发生积极和消极的超螺旋，大大减少了钉扎机制的plectoneme扩散。它们可以导致plectonemes优先定位于AT丰富的区域，因为气泡更容易在那里形成。尖端气泡制度发生的超螺旋密度和力量，通常遇到的DNA在体内，并可用于生物控制的基因组过程。
Comment on "A generalized Langevin formalism of complete DNA melting transition"
我们表明，计算的DNA变性曲线有限（Peyrard-Bishop-Dauxois（PBD）链本质上是不确定的。
On the effect of force on DNA in the Peyrard-Bishop-Dauxois model
本文研究了外力对DNA双螺旋断裂动力学的影响，利用PBD模型分析了力作用点对氢键断裂和变性过程的影响，并探讨了滞回现象。
On the Pseudo-Schrödinger Equation approximation of the Transfer-Integral operator for 1-dimensional DNA models
转移积分（TI）算子是研究一维模型的统计物理的一种强有力的方法，例如用于描述DNA变性的模型。以一定次数的近似为代价，TI方程可以简化为伪薛定谔方程（PSE），根据该方程，DNA序列等效于在势阱中运动的点粒子。在本文中，我检查了两个不同的一维DNA模型的标准PSE近似的有效性，并表明它不能提供正确的结果，他们都。然后，我提出了一个广义的PSE，这对两个模型之一。最后，我讨论了粒子描述的DNA变性，这是来自这个广义PSE。
Twist versus Nonlinear Stacking in Short DNA Molecules
双螺旋的变性是基本生物学功能的模板，例如涉及局部波动开口形成的复制和转录。在介观哈密顿模型的框架下研究了DNA的异质短序列，即$\sim 100$碱基对的变性转变，该模型考虑了分子的螺旋几何形状。讨论了路径积分方法应用于分子物理性质预测分析的理论背景。相对于基态的碱基对位移被视为路径，其温度依赖的幅度由热波长。在任何温度下，碱基对路径的集合都是按照模型势和热力学第二定律来选择的。配分函数结合了碱基对热波动的影响，其在接近变性时变得更强。这种转变表现为从富含腺嘌呤-胸腺嘧啶碱基对的分子片段开始的渐进现象。计算平衡热力学，我们专注于扭转的互补链的分子轴和非线性堆积势之间的相互作用：它表明，后者影响的熔融配置文件，只有当旋转自由度包括在哈密顿量。使用阶梯哈密顿模型的DNA互补链在预熔化制度的质疑。
Nonlinear waves in double-stranded DNA
我们提出了一个基于第一性原理的非线性模型来描述DNA的气泡动力学。我们的模型方程包括来自分子间振动模式的耗散效应的一项。这种模式是由传播的气泡激发的，我们称之为“曲率耗散”。我们推导的方程允许稳定的钉扎局部扭结形成的气泡。我们进行的稳定性分析，并指定本地化的解决方案的运动的能量要求。我们的研究结果与DNA动力学的性质是一致的，并可用于变性气泡，RNA和DNA转录，核苷酸切除修复和减数分裂重组的模型。
Comment on "Fluctuations in the DNA double helix: A critical review" by Frank-Kamenetskii and Prakash
DNA melting: intra base-pair dynamics and a vector generalization of the Peyrard-Bishop-Dauxois model
本文提出一个原子级
Comment on "Bubble nucleation and cooperativity in DNA melting" [Phys. Rev. Letters 94, 035504 (2005), arXiv:cond-mat/0412591]
本函arXiv：cond-mat/0412591中给出的结论依赖于不收敛的计算，应谨慎考虑。
Thermal and mechanical properties of a DNA model with solvation barrier
本文在考虑溶剂相互作用的介观Peyrard-Bishop-Dauxois模型框架下研究了DNA变性的热力学行为。通过分析均匀A-T序列的熔化转变，我们可以设定合适的模型参数值，并研究系统中气泡的形成和稳定性。然后，我们专注于P5启动子序列的情况下，并使用主成分分析的轨迹提取的主要信息的动力学行为的系统。我们发现，这种分析方法给出了一个很好的协议与以前的生物学结果。
Anharmonic stacking in supercoiled DNA
用考虑螺旋几何的介观哈密顿模型分析了短环状DNA分子的多步变性。通过路径积分方法计算的熔融曲线表明，堆叠非谐稳定的双螺旋对氢键的热破坏。扭转是必不可少的模型，以捕捉非线性效应的重要性的材料性能。在零扭曲的梯形模型中，非谐堆积对热力学几乎没有影响。相对于平衡构象，适度非扭曲螺旋显示出对过度扭曲螺旋的能量优势。因此，适度解扭的螺旋更好地维持局部波动开口，并使热驱动的完全链分离更不可能。
Simple Combined Model for Nonlinear Excitations in DNA
基于Englander \cite{A1}的钟摆模型和Peyrard { \it et al.}的微观模型，提出了一个新的DNA变性的简单模型，\cite{A3}所谓的“组合模型”。模型的主要参数为：链间的耦合常数$k$、氢键的平均伸展量$y^\ast$、阻尼常数与驱动力之比$γ/F$。我们证明了不成对碱基的长度$L$和扭结的速度$v$不仅依赖于耦合常数$k$，而且依赖于温度$T$ .我们的结果与以前的工作是一致的。
Statistical mechanics of base stacking and pairing in DNA melting
我们提出了一个统计力学模型，其中明确引入碱基堆积和配对作为不同的自由度的DNA熔解。与以前的方法不同，该模型描述了在整个实验可达的温度范围内DNA二级结构的热变性。碱基配对通过拉链模型描述，碱基堆叠通过伊辛模型描述。我们目前的实验数据的unstacking过渡，利用观察，在适度低的pH值，这种过渡移动到实验可访问的温度。这些测量证实了伊辛模型方法确实是一个很好的描述基地堆积。另一方面，与实验的比较指出了简单的拉链模型描述碱基配对的局限性。
Comment on Why is the DNA Transition First Order? and Griffiths Singularities in Unbinding of Strongly Disordered Polymers
论文[1，2]考虑了无序杂聚物的解束缚。他们发现当无序很强（即结合能的比值v很大;在DNA中v约为1.1）时会发生一级相变[1]，否则会发生格里菲斯奇点，即无限级相变[2]。这个问题很重要，因为许多物理现象都映射到同一个模型上（见参考文献1）。在[1，2]中）。无序强度的剧烈非普遍性是意料之外的。不幸的是，这两个标题都是误导性的：他们声称的结果只被证明是均聚物。
Comment on "Can one predict DNA Transcription Start Sites by Studying Bubbles?"
关于T. S van Erp，S. Cuesta-Lopez，J. G. Hagmann和M. Peyrard，Phys. Rev. Lett. 95，218104（2005）[arXiv：physics/0508094].
Long range interaction yields a new kind of phase transition
DNA变性、二维润湿、通量线的去钉扎和其它问题映射到具有有效长程相互作用的相变上。它产生巨大的非普适临界指数，任意大的宏观关联长度和波动在有限距离的临界温度。在这个区域附近，吉布斯分布是无效的，热力学必须从第一原理计算。在临界温度以上没有波动。
Reply to Comment on "Why is the DNA Transition First Order?" and "Griffiths Singularities in Unbinding of Strongly Disordered Polymers" by M. Ya. Azbel
它表明，在评论中提出的各种索赔M。Ya. Azbel（物理学/0403106）在两个出版物物理。91，055502（2003）和Phys. Rev. Lett. 85，4988（2000）无效。这是对这两份文件要点的误解造成的。
Nonlinear structures and thermodynamic instabilities in a one-dimensional lattice system
从二维非线性Morse映射精确计算了一端固定的离散Peyrard-Bishop哈密顿量的平衡态。这些精确的非线性结构被解释为域壁（DW），插入之间的绑定和未绑定的链段。在高斯近似下，计算了DWs的自由能。热力学不稳定性（例如DNA解链和/或热变性）可以根据DW形成来理解。
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