Treillis de concepts et ontologies pour l'interrogation d'un annuaire de sources de données biologiques（BioRegistry）
Treillis de concepts et ontologies pour l'interrogation d'un annuaire de sources de données biologiques (BioRegistry)
摘要：
网络上的生物信息学数据源是多种多样的。由于缺乏文献资料和难以与这些数据源进行互动，因此需要用户具备信息学和生物学领域的能力，以便最佳利用仍然未得到充分利用的数据源内容。在本文中，我们提出了一种基于形式概念分析的方法来分类和搜索相关的生物信息数据源，为一个给定的查询。它包括从生物信息学数据源及其相关元数据之间的二元关系构建概念格。然后将从给定查询构建的概念合并到概念格中。结果是通过提取属于所得到的概念格中的查询概念包容者的范围的源集合来给出的。源排序由概念格中的概念特异性顺序给出。该方法的一个改进包括在自动查询细化感谢领域本体。两种形式的细化是可能的通过一般化和专业化。- Les sources de données biologiques disponibles sur le web sont multiple et hétérogènes. L'utilisation optimale de ces resources nécriminate aujourd'hui de la part des utilisaections des compétences à la fois en informatique et en biologie，du fait du manque de documentation et des difficultés d'interaction avec les sources de données.事实上，这些资源的所有权仍然受到剥削。我们在此提出一种基于对形式概念的分析的方法，以便组织和研究与此相关的生物学知识来源，以便提出一项要求。这项工作包括从与资料来源有关的资料中收集一系列概念。Le concept apriit à partir d'une requête donnée est alors intégré au treillis.对请求的响应是通过对包含请求概念的概念的扩展所包含的知识来源的提取来实现的。这些资料来源于《条约》中概念的特殊性。基于领域本体论的一种请求提取程序，允许通用化或专用化的简化
英文摘要：
Bioinformatic data sources available on the web are multiple and heterogenous. The lack of documentation and the difficulty of interaction with these data sources require users competence in both informatics and biological fields for an optimal use of sources contents that remain rather under exploited. In this paper we present an approach based on formal concept analysis to classify and search relevant bioinformatic data sources for a given query. It consists in building the concept lattice from the binary relation between bioinformatic data sources and their associated metadata. The concept built from a given query is then merged into the concept lattice. The result is given by the extraction of the set of sources belonging to the extents of the query concept subsumers in the resulting concept lattice. The sources ranking is given by the concept specificity order in the concept lattice. An improvement of the approach consists in automatic query refinement thanks to domain ontologies. Two forms of refinement are possible by generalisation and by specialisation. ----- Les sources de données biologiques disponibles sur le web sont multiples et hétérogènes. L'utilisation optimale de ces ressources nécessite aujourd'hui de la part des utilisateurs des compétences à la fois en informatique et en biologie, du fait du manque de documentation et des difficultés d'interaction avec les sources de données. De fait, les contenus de ces ressources restent souvent sous-exploités. Nous présentons ici une approche basée sur l'analyse de concepts formels, pour organiser et rechercher des sources de données biologiques pertinentes pour une requête donnée. Le travail consiste à construire un treillis de concepts à partir des méta-données associées aux sources. Le concept construit à partir d'une requête donnée est alors intégré au treillis. La réponse à la requête est ensuite fournie par l'extraction des sources de données appartenant aux extensions des concepts subsumant le concept requête dans le treillis. Les sources ainsi retournées peuvent être triées selon l'ordre de spécificité des concepts dans le treillis. Une procédure de raffinement de requête, basée sur des ontologies du domaine, permet d'améliorer le rappel par généralisation ou par spécialisation
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