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REST增强采样下大环化合物的构象景观

Conformational landscape of a macrocycle from REST enhanced sampling

Valentin Kasper, Nicole Holzmann, Sanjoy Ray, Matthias Kaiser, Alons Lends

arXiv 2609.18524首次发表:更新:

发表机构

PexMachina Inc.; National Institute of Research and Innovation(佩克斯马希纳公司; 国家研究与创新研究所)

机构由 AI 辅助整理,请以论文原文为准。

AI 中文总结

本研究利用副本交换分子动力学(REMD)绘制大环药物劳拉替尼的构象自由能景观,并结合第一性原理计算化学位移,与实验NMR谱对比验证方法有效性。

AI 中文摘要

我们使用副本交换分子动力学(REMD)来绘制大环药物劳拉替尼在显式水和氯仿中的构象自由能景观。在水中恢复了一个主导盆地;在氯仿中解析出两个构象状态。我们以这些构象体为起点,从第一性原理和连续溶剂模型计算质子化学位移。将得到的群体加权谱直接与实验CDCl$_3$谱进行比较,以实测NMR数据为基准评估计算方法。

英文摘要

We use replica-exchange molecular dynamics (REMD) to map the conformational free-energy landscape of the macrocyclic drug lorlatinib in explicit water and chloroform. In water a single dominant basin is recovered; in chloroform two conformational states are resolved. We use these conformers as the starting point to calculate proton chemical shifts from first principles and a continuum solvent model. The resulting population-weighted spectrum is compared directly to the experimental CDCl$_3$ spectrum, benchmarking the computational approach against measured NMR data.

论文原文

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