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带参考序列的隧穿(Tunnelling with a reference)

Tunnelling with a reference

Travis Gagie

arXiv 2609.06596首次发表:更新:

AI 中文总结

本文修改Baier隧穿方法,利用非重复短参考序列和辅助数据结构,通过r-index加速高度重复长文本中的模式反向搜索。

AI 中文摘要

我们展示了如何修改Baier的隧穿(tunnelling)方法,以适用于以下情形:我们有一个非重复且相对较短的参考序列,以及一个高度重复且长得多的文本。给定一个模式(pattern),该模式主要仅匹配参考序列中的一个子串,我们可以使用相当小的辅助数据结构,借助针对整个文本的r-index来加速反向搜索。

英文摘要

We show how to modify Baier's tunnelling for the case in which we have a non-repetitive and relatively short reference for a highly repetitive and much longer text. Given a pattern that mostly matches only one substring of the reference, we can use fairly small auxiliary data structures to speed up backward searching with an r-index for the whole text.

论文原文

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