如何寻找长最大精确匹配并忽略短匹配
How to Find Long Maximal Exact Matches and Ignore Short Ones
AI总结：
本文针对泛基因组背景下寻找长最大精确匹配（MEMs）的计算挑战，提出利用紧凑文本索引在O(m)时间加每个长MEM仅O(log n)额外时间内高效找出所有长度至少为L的MEMs。
摘要：
在字符串之间寻找最大精确匹配（MEMs）是生物信息学中的一项重要任务，但随着遗传学家转向泛基因组参考，这一任务正变得越来越具有挑战性。幸运的是，我们通常只对相对较少的、长度超过随机预期水平的MEMs感兴趣。在本文中，我们证明在合理假设下，使用适用于泛基因组学的紧凑文本索引，可以在O(m)时间内找到长度为m的模式与长度为n的文本之间所有长度至少为L的MEMs，并且仅对每个长度至少接近L的MEM额外花费O(log n)时间。
英文摘要：
Finding maximal exact matches (MEMs) between strings is an important task in bioinformatics, but it is becoming increasingly challenging as geneticists switch to pangenomic references. Fortunately, we are usually interested only in the relatively few MEMs that are longer than we would expect by chance. In this paper we show that under reasonable assumptions we can find all MEMs of length at least $L$ between a pattern of length $m$ and a text of length $n$ in $O (m)$ time plus extra $O (\log n)$ time only for each MEM of length at least nearly $L$ using a compact index for the text, suitable for pangenomics.
机构、总结、中文摘要均由AI分析而来，可能存在错误，请以论文正文为准。
