使用综合Gröbner系统测试化学反应网络的二项式性
Testing Binomiality of Chemical Reaction Networks Using Comprehensive Gröbner Systems
AI总结：
本研究针对生化反应网络稳态理想的二项式性判定问题，提出以速率常数为参数、利用综合Gröbner系统推导参数多项式条件的方法，并通过Singular的grobcov库完成n位点磷酸化等模型的自动计算。
摘要：
我们研究生化反应网络稳态理想的二项式性问题，旨在找到参数上的多项式条件，使得当参数满足这些条件时，化学反应网络的稳态理想在参数的每一种特殊化下都具有二项式性。我们采用综合Gröbner系统来解决二项式性问题，将速率常数视为参数，为多种反应计算综合Gröbner系统。具体而言，我们利用计算机代数系统Singular的grobcov库，对n位点磷酸化反应以及Biomodels库中的生物模型进行了自动计算。
英文摘要：
We consider the problem of binomiality of the steady state ideals of biochemical reaction networks. We are interested in finding polynomial conditions on the parameters such that the steady state ideal of a chemical reaction network is binomial under every specialisation of the parameters if the conditions on the parameters hold. We approach the binomiality problem using Comprehensive Gröbner systems. Considering rate constants as parameters, we compute comprehensive Gröbner systems for various reactions. In particular, we make automatic computations on n-site phosphorylations and biomodels from the Biomodels repository using the grobcov library of the computer algebra system Singular.
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