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arXiv 1207.6090q-bio.QMmath.COq-bio.PE
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计算两棵树(不一定是二叉树)杂交数的一个简单的固定参数易处理算法

A simple fixed parameter tractable algorithm for computing the hybridization number of two (not necessarily binary) trees

Teresa Piovesan, Steven Kelk

摘要:

本文提出了一种新的固定参数的易处理算法,用于计算分类单元集合X上的两个有根的、不一定是二元的系统发育树在时间上的杂交数r(6^r.r!)。poly(n)$,其中n= |X|。这种方法的新颖之处在于它使用了终端,终端是X上自然偏序的最大元素,以及软件集群文献中的一些见解。这产生了一个令人惊讶的简单和实用的有界搜索算法,并提供了一个替代的角度对底层的组合结构的杂交数问题。

英文摘要:

Here we present a new fixed parameter tractable algorithm to compute the hybridization number r of two rooted, not necessarily binary phylogenetic trees on taxon set X in time (6^r.r!).poly(n)$, where n=|X|. The novelty of this approach is its use of terminals, which are maximal elements of a natural partial order on X, and several insights from the softwired clusters literature. This yields a surprisingly simple and practical bounded-search algorithm and offers an alternative perspective on the underlying combinatorial structure of the hybridization number problem.

机构、总结、中文摘要均由AI分析而来,可能存在错误,请以论文正文为准。

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