arXiv 1206.37892012-06-17q-bio.QMcs.DS

RNA结构-序列比对的树分解和参数化算法

Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots

Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise

备注：: (2012)
发表信息：: WABI - 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics - 2012 (2012)

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摘要：

我们提出了一个一般的设置在一个大类的RNA结构的结构序列比较，统一和概括了一些最近的作品对特定的家庭结构。我们的方法是基于树分解的结构，并给出了一个一般的参数化算法，其中指数部分的复杂性取决于家庭的结构。对于以前研究的每个家庭，我们的算法具有相同的复杂性，以前已经给出的具体算法。

英文摘要：

We present a general setting for structure-sequence comparison in a large class of RNA structures that unifies and generalizes a number of recent works on specific families on structures. Our approach is based on tree decomposition of structures and gives rises to a general parameterized algorithm, where the exponential part of the complexity depends on the family of structures. For each of the previously studied families, our algorithm has the same complexity as the specific algorithm that had been given before.

机构、总结、中文摘要均由AI分析而来，可能存在错误，请以论文正文为准。

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