基于规则的生化系统分子有限自动机建模与仿真
Rule-based Modeling and Simulation of Biochemical Systems with Molecular Finite Automata
摘要：
我们提出了一种理论形式主义，分子有限自动机（MFA），描述个别蛋白质作为基于规则的计算机器。MFA形式主义提供了一个框架，通过构建可编程和可执行的机器来建模单个蛋白质行为和系统级动力学。在这种形式主义中指定的模型明确表示由外部输入驱动的单个蛋白质的上下文敏感的动力学，并表示蛋白质相互作用作为同步的机器重新配置。确定性模拟和随机模拟都可以用于定量计算MFA模型的动力学。我们应用MFA形式主义建模和模拟一个简单的例子，涉及MAP激酶级联和支架蛋白的信号转导系统。
英文摘要：
We propose a theoretical formalism, molecular finite automata (MFA), to describe individual proteins as rule-based computing machines. The MFA formalism provides a framework for modeling individual protein behaviors and systems-level dynamics via construction of programmable and executable machines. Models specified within this formalism explicitly represent the context-sensitive dynamics of individual proteins driven by external inputs and represent protein-protein interactions as synchronized machine reconfigurations. Both deterministic and stochastic simulations can be applied to quantitatively compute the dynamics of MFA models. We apply the MFA formalism to model and simulate a simple example of a signal transduction system that involves a MAP kinase cascade and a scaffold protein.
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