基因复制模型中计算简约第一物种形成的3-近似算法
A 3-approximation algorithm for computing a parsimonious first speciation in the gene duplication model
摘要：
我们考虑以下问题：从一组基因组上的一组给定的基因家族树中，找到第一个物种形成，将这些基因组分成两个子集，最小化在此物种形成之前发生的基因复制的数量。我们称这个问题为最小重复二分问题。利用最小边割问题的一个推广，即次模函数极小化，我们提出了一个多项式时间和空间3-近似算法的最小重复二分割问题。
英文摘要：
We consider the following problem: from a given set of gene families trees on a set of genomes, find a first speciation, that splits these genomes into two subsets, that minimizes the number of gene duplications that happened before this speciation. We call this problem the Minimum Duplication Bipartition Problem. Using a generalization of the Minimum Edge-Cut Problem, known as Submodular Function Minimization, we propose a polynomial time and space 3-approximation algorithm for the Minimum Duplication Bipartition Problem.
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