基于联合介数的酿酒酵母基因功能注释
Functional Annotation of Genes in Saccharomyces cerevisiae based on Joint Betweenness
摘要：
这篇论文被撤回了。
英文摘要：
This paper has been withdrawn.
机构、总结、中文摘要均由AI分析而来，可能存在错误，请以论文正文为准。
继续探索
相关论文
基因调控网络推断的实验设计权衡：酿酒酵母细胞周期的计算机模拟研究
Experimental design trade-offs for gene regulatory network inference: an in silico study of the yeast Saccharomyces cerevisiae cell cycle
由于采样细胞系统的高成本，用于基因调控网络（GRN）推断的高通量基因测序数据的时间序列通常很短。此外，实验学家缺乏一套定量的指导方针，规定推断可靠的GRN模型所需的最小样本数。我们研究了数据的时间分辨率与GRN推理的质量，以最终克服这一缺陷。以许多不同的速率对酿酒酵母细胞周期G1期蛋白质和代谢物的Ras/cAMP/PKA途径的马尔可夫跳跃过程模型的演变进行采样。对于每个时间序列，我们推断的GRN使用LASSO方法的线性回归模型。推断出的网络拓扑结构根据精确度-召回率曲线AUPR下的面积进行评估。通过绘制AUPR对样本数量，我们表明，权衡有一个，粗略地说，S形。样本的最佳数量对应于S形曲线的脊上的值。
math.OCq-bio.QM
基于酵母发酵电化学动力学的生物传感器
The Biosensor based on electrochemical dynamics of fermentation in yeast Saccharomyces Cerevisiae
CYBRES GmbH（CYBRES有限公司）；Research Center of Advanced Robotics and Environmental Science（先进机器人与环境科学研究中心）；Orel State University（奥廖尔国立大学）；IFFP GmbH（IFFP有限公司）
酵母Saccharomyces Cerevisiae的酶活性对环境参数敏感，因此可用作水质评估、生态毒理学表征或环境监测的微生物传感器。与细菌生物发光法相比，该方法无毒性，不使用转基因微生物，且可实现低成本的快速分析。本文主要研究了基于多通道压力传感和电化学阻抗谱的酵母发酵动力学测量方法。测量结果进行了比较，彼此在准确性，再现性和易用性方面的现场条件。它已被证明，EIS提供了更多的信息，离子动力学代谢过程，需要较简单的测量。进行的实验表明，这种方法的灵敏度评估生物光子现象，非化学水处理和环境压力的影响。
cs.ROphysics.bio-phphysics.ins-det
高静水压下酿酒酵母的形态、细胞分裂和活力
Morphology, cell division, and viability of Saccharomyces cerevisiae at high hydrostatic pressure
高静水压在许多环境中是常见的，但高压对真核细胞的影响尚未得到充分研究。为了了解静水压力在模型真核生物酿酒酵母中的作用，我们在宽范围的压力下进行了细胞分裂、细胞形态和细胞死亡的定量实验。我们开发了一种自动化的图像分析方法，用于定量的酵母芽殖指数-细胞周期状态的测量-以及芽殖的连续模型，以研究压力对细胞分裂和细胞形态的影响。我们发现，出芽指数，平均细胞大小，和偏心率-测量多少细胞形态不同的椭圆形-的细胞随着压力的增加而减少。此外，高静水压导致细胞通过凋亡和坏死死亡的概率小但有限。我们的实验表明，芽殖指数的降低是由于细胞在细胞分裂的不同阶段在细胞周期检查点的细胞停滞或死亡。
q-bio.CBq-bio.PEq-bio.QM
光漂白后荧光恢复法分析Ras2在酿酒酵母中的扩散
Analysis of Diffusion of Ras2 in Saccharomyces cerevisiae Using Fluorescence Recovery after Photobleaching
结合、侧向扩散和交换是蛋白质与细胞膜结合的基本动力学过程。在这项研究中，我们开发了数值模拟的横向扩散和交换的荧光团在膜与任意漂白几何形状和交换的膜局部荧光团与细胞溶质在荧光恢复后光漂白（FRAP）实验。该模型模拟被用来设计FRAP实验与不同的漂白区域大小的质膜本地化野生型GFP-Ras 2与一个双脂质锚和突变GFP-Ras 2C 318 S与一个单一的脂质锚在活酵母细胞研究扩散流动性和存在的任何交换过程中操作的时间尺度的实验。使用来自具有1微米X 1微米漂白感兴趣区域（ROI）和0.5微米X 0.5微米漂白ROI的FRAP实验的数据估计的模型参数显示，GFP-Ras 2（单或双脂质修饰）作为单一物质扩散，没有与细胞质池交换的证据。这是首次报道Ras 2在酵母细胞膜上的迁移。在这项研究中开发的方法一般适用于研究扩散和交换膜相关的荧光团使用FRAP商业共聚焦激光扫描显微镜。
q-bio.QMq-bio.SC
脉冲电场电刺激酿酒酵母及其对发酵性能的影响
Electro-stimulation of Saccharomyces cerevisiae wine yeasts by Pulsed Electric Field and its effect on fermentation performance
研究了脉冲电场处理葡萄酒酵母菌的分批发酵过程。酿酒酵母Actiflore F33）。将PEF处理施加到水性酵母悬浮液（0.12%wt.）在E=100和6000 V/cm的电场强度下，使用相同的脉冲方案（脉冲数n=1000，脉冲持续时间ti=100 mks，脉冲重复时间dt=100 ms）。通过观察到的悬浮液电导率的增长证实了电刺激。发酵在同步搅拌的培养箱中于30°C下运行150小时。所获得的结果清楚地证明了PEF处理对分批发酵过程的积极影响。电刺激导致诸如质量损失、可溶性物质含量（°Brix）的消耗和蛋白质的合成等过程特性的改善。它还导致在滞后期发酵的初始阶段糖消耗的显著加速。在滞后期结束时（t=40小时），当在E=100 V/cm下活化时，具有电活化接种物的样品中的果糖消耗超过具有对照接种物的样品中的果糖消耗2.33倍，并且在E=6000 V/cm下处理后超过3.98倍。在对数期结束时（发酵120小时），用PEF处理的接种物（E=6000 V/cm）的样品达到30%的质量减少，而对照样品的相同质量减少需要大约20小时的额外发酵。并对电刺激的可能机制进行了详细的讨论。
physics.bio-phq-bio.QM
酿酒酵母蛋白质复合体的整体结构
Global organization of protein complexome in the yeast Saccharomyces cerevisiae
生物体中的蛋白质，而不是单独作用，通常形成蛋白质复合物来执行细胞功能。我们分析了蛋白质复合物及其组成蛋白质在芽殖酵母中的拓扑网络结构的二分网络及其投影，其中复合物和蛋白质是其两个不同的组成部分。与传统的蛋白质相互作用网络相比，由蛋白质复合物形成的网络比二元蛋白质相互作用的网络显示出更均匀的结构，这意味着复合物的形成导致了相对更均匀数量的相互作用伴侣。此外，我们提出了一种新的优化方法来确定蛋白质复合物的丰度和功能，基于他们的全球组织的信息。通过提供对细胞行为的定量描述，而不仅仅是蛋白质相互作用列表的“目录”，估计丰度和生物学功能对于许多研究来说是非常重要的。通过我们新的优化方法，我们提出了全基因组范围内的丰度和复合物的生物学功能的分配，以及以前未知的蛋白质丰度和功能，这可以为蛋白质组学的进一步研究提供重要信息。它得到了许多生物学相关实例的有力支持，例如细胞骨架蛋白与信号转导之间的关系以及代谢酶Eno 2参与细胞分裂过程。我们相信，我们的方法和发现不仅适用于蛋白质组学的特定领域，而且适用于系统生物学更广泛的领域与优化原则的概念。
physics.bio-phq-bio.QM
更多相关论文收起更多论文
人类与七种模式生物基因组单元功能元件组成的同质性与异质性
Homogeneity and heterogeneity of functional element composition of genome units across human and seven model organisms
Centre for Neural Circuits & Behaviour, University of Oxford（牛津大学神经环路与行为中心）
该研究分析人类与七种模式生物的基因组单元功能元件组成，发现多数基因组存在同质性，同时存在三类结构化异质性，且均匀性与重复序列位置相关，植物和果蝇的组成比脊椎动物更均匀。
q-bio.GNq-bio.QM
