2505.01700
2026-04-28
cs.LG
q-bio.QM
PoseX: AI Defeats Physics Approaches on Protein-Ligand Cross Docking
PoseX:人工智能击败物理方法在蛋白质-配体交叉对接
Yize Jiang, Xinze Li, Yuanyuan Zhang, Jin Han, Youjun Xu, Ayush Pandit, Zaixi Zhang, Mengdi Wang, Mengyang Wang, Minjie Shen, Guang Yang, Yejin Choi, Wu-Jun Li, Tianfan Fu, Fang Wu, Junhong Liu
机构
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Microcyto
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Purdue University(普渡大学)
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State Key Laboratory for Novel Software Technology at Nanjing University(南京大学新型软件技术国家重点实验室)
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Anew Therapeutics
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Stanford University(斯坦福大学)
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Princeton University(普林斯顿大学)
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Peking University(北京大学)
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Virginia Tech(弗吉尼亚理工大学)
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Imperial College London(伦敦帝国理工学院)
AI总结
PoseX设计了一个开放源代码的基准测试,评估自我对接和交叉对接,通过23种方法和718/1312个数据集,发现AI方法在对接成功率上优于物理方法,并通过放松方法和结合口袋信息提升性能。